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- EMDB-22871: Cryo-EM Structures of AdeB from Acinetobacter baumannii: AdeB-ET-III -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22871
タイトルCryo-EM Structures of AdeB from Acinetobacter baumannii: AdeB-ET-III
マップデータDensity modified map of AdeB-ET-III
試料
  • 複合体: AdeB
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter
  • リガンド: ETHIDIUM
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
キーワードAdeB / Acinetobacter baumannii / Membrane Protein / Cryo-EM / RND transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Morgan CE / Yu EW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Cryoelectron Microscopy Structures of AdeB Illuminate Mechanisms of Simultaneous Binding and Exporting of Substrates.
著者: Christopher E Morgan / Przemyslaw Glaza / Inga V Leus / Anhthu Trinh / Chih-Chia Su / Meng Cui / Helen I Zgurskaya / Edward W Yu /
要旨: is a Gram-negative pathogen that has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant bacteria worldwide. Multidrug efflux within these highly drug-resistant strains and other opportunistic ... is a Gram-negative pathogen that has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant bacteria worldwide. Multidrug efflux within these highly drug-resistant strains and other opportunistic pathogens is a major cause of failure of drug-based treatments of infectious diseases. The best-characterized multidrug efflux system in is the prevalent rug fflux B (AdeB) pump, which is a member of the resistance-nodulation-cell division (RND) superfamily. Here, we report six structures of the trimeric AdeB multidrug efflux pump in the presence of ethidium bromide using single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). These structures allow us to directly observe various novel conformational states of the AdeB trimer, including the transmembrane region of trimeric AdeB can be associated with form a trimer assembly or dissociated into "dimer plus monomer" and "monomer plus monomer plus monomer" configurations. We also discover that a single AdeB protomer can simultaneously anchor a number of ethidium ligands and that different AdeB protomers can bind ethidium molecules simultaneously. Combined with molecular dynamics (MD) simulations, we reveal a drug transport mechanism that involves multiple multidrug-binding sites and various transient states of the AdeB membrane protein. Our data suggest that each AdeB protomer within the trimer binds and exports drugs independently. has emerged as one of the most highly antibiotic-resistant Gram-negative pathogens. The prevalent AdeB multidrug efflux pump mediates resistance to a broad spectrum of clinically relevant antimicrobial agents. Here, we report six cryo-EM structures of the trimeric AdeB pump in the presence of ethidium bromide. We discover that a single AdeB protomer can simultaneously anchor a number of ligands, and different AdeB protomers can bind ethidium molecules simultaneously. The results indicate that each AdeB protomer within the trimer recognizes and extrudes drugs independently.
履歴
登録2020年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kgi
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22871.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22871.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map of AdeB-ET-III
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.08 Å/pix.
x 118 pix.
= 127.44 Å		1.08 Å/pix.
x 113 pix.
= 122.04 Å		1.08 Å/pix.
x 139 pix.
= 150.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-1.2675834 - 2.2193172
平均 (標準偏差)-0.00000000000268 (±0.18880765)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin11693117
サイズ113139118
Spacing118113139
セルA: 127.44 Å / B: 122.04001 Å / C: 150.12001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z118113139
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z127.440122.040150.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ11711693
NX/NY/NZ118113139
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS93116117
NC/NR/NS139113118
D min/max/mean-1.2682.219-0.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of AdeB-ET-III

ファイルemd_22871_additional_1.map
注釈Unsharpened map of AdeB-ET-III
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AdeB

全体名称: AdeB
要素
  • 複合体: AdeB
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter
  • リガンド: ETHIDIUM
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

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超分子 #1: AdeB

超分子名称: AdeB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)

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分子 #1: Efflux pump membrane transporter

分子名称: Efflux pump membrane transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量理論値: 112.588297 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSQFFIRRPV FAWVIAIFII IFGLLSIPKL PIARFPSVAP PQVNISATYP GATAKTINDS VVTLIERELS GVKNLLYYSA TTDTSGTAE ITATFKPGTD VEMAQVDVQN KIKAVEARLP QVVRQQGLQV EASSSGFLML VGINSPNNQY SEVDLSDYLV R NVVEELKR ...文字列:
MSQFFIRRPV FAWVIAIFII IFGLLSIPKL PIARFPSVAP PQVNISATYP GATAKTINDS VVTLIERELS GVKNLLYYSA TTDTSGTAE ITATFKPGTD VEMAQVDVQN KIKAVEARLP QVVRQQGLQV EASSSGFLML VGINSPNNQY SEVDLSDYLV R NVVEELKR VEGVGKVQSF GAEKAMRIWV DPNKLVSYGL SISDVNNAIR ENNVEIAPGR LGDLPAEKGQ LITIPLSAQG QL SSLEQFK NISLKSKTNG SVIKLSDVAN VEIGSQAYNF AILENGKPAT AAAIQLSPGA NAVKTAEGVR AKIEELKLNL PEG MEFSIP YDTAPFVKIS IEKVIHTLLE AMVLVFIVMY LFLHNVRYTL IPAIVAPIAL LGTFTVMLLA GFSINVLTMF GMVL AIGII VDDAIVVVEN VERIMATEGL SPKDATSKAM KEITSPIIGI TLVLAAVFLP MAFASGSVGV IYKQFTLTMS VSILF SALL ALILTPALCA TILKPIDGHH QKKGFFAWFD RSFDKVTKKY ELMLLKIIKH TVPMMVIFLV ITGITFAGMK YWPTAF MPE EDQGWFMTSF QLPSDATAER TRNVVNQFEN NLKDNPDVKS NTAILGWGFS GAGQNVAVAF TTLKDFKERT SSASKMT SD VNSSMANSTE GETMAVLPPA IDELGTFSGF SLRLQDRANL GMPALLAAQD ELMAMAAKNK KFYMVWNEGL PQGDNISL K IDREKLSALG VKFSDVSDII STSMGSMYIN DFPNQGRMQQ VIVQVEAKSR MQLKDILNLK VMGSSGQLVS LSEVVTPQW NKAPQQYNRY NGRPSLSIAG IPNFDTSSGE AMREMEQLIA KLPKGIGYEW TGISLQEKQS ESQMAFLLGL SMLVVFLVLA ALYESWAIP LSVMLVVPLG IFGAIIAIMS RGLMNDVFFK IGLITIIGLS AKNAILIVEF AKMLKEEGMS LIEATVAAAK L RLRPILMT SLAFTCGVIP LVIATGASSE TQHALGTGVF GGMISATILA IFFVPVFFIF ILGAVEKLFS SKKKISS

UniProtKB: Efflux pump membrane transporter

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分子 #2: ETHIDIUM

分子名称: ETHIDIUM / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: ET
分子量理論値: 314.404 Da
Chemical component information

ChemComp-ET:
ETHIDIUM / エチジウム

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分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 9781
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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