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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2276 | |||||||||
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タイトル | Ribosome structures to near-atomic resolution from thirty thousand cryo-EM particles | |||||||||
![]() | Reconstruction of S.cereviseae 80S ribosome (conformation 2) | |||||||||
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![]() | cryo-EM / single-particle analysis / direct electron detectors / ribosome / RELION / statistical movie processing | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
![]() | Bai XC / Fernandez IS / McMullan G / Scheres SHW | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosome structures to near-atomic resolution from thirty thousand cryo-EM particles. 著者: Xiao-Chen Bai / Israel S Fernandez / Greg McMullan / Sjors H W Scheres / ![]() 要旨: Although electron cryo-microscopy (cryo-EM) single-particle analysis has become an important tool for structural biology of large and flexible macro-molecular assemblies, the technique has not yet ...Although electron cryo-microscopy (cryo-EM) single-particle analysis has become an important tool for structural biology of large and flexible macro-molecular assemblies, the technique has not yet reached its full potential. Besides fundamental limits imposed by radiation damage, poor detectors and beam-induced sample movement have been shown to degrade attainable resolutions. A new generation of direct electron detectors may ameliorate both effects. Apart from exhibiting improved signal-to-noise performance, these cameras are also fast enough to follow particle movements during electron irradiation. Here, we assess the potentials of this technology for cryo-EM structure determination. Using a newly developed statistical movie processing approach to compensate for beam-induced movement, we show that ribosome reconstructions with unprecedented resolutions may be calculated from almost two orders of magnitude fewer particles than used previously. Therefore, this methodology may expand the scope of high-resolution cryo-EM to a broad range of biological specimens.DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00461.001. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 279.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of S.cereviseae 80S ribosome (conformation 2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : S.cereviseae 80S ribosome
全体 | 名称: S.cereviseae 80S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: S.cereviseae 80S ribosome
超分子 | 名称: S.cereviseae 80S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa |
-超分子 #1: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.45 詳細: 3mM Hepes-KOH, 6.6 mM Tris-acetate pH 7.2, 3 mM NH4Cl, 6.6 mM NH4-acetate, 48 mM K-acetate, 4 mM Mg-acetate, 2.4 mM DTT |
グリッド | 詳細: Quantifoil grids (2/2) with 3 nm thin carbon on top |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot 2.5 seconds before plunging |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification |
日付 | 2012年7月15日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of sixteen frames recorded by the direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 79096 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.44 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.191 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Use a newly developed statistical movie processing to compensate for beam-induced movement |
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CTF補正 | 詳細: each image |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND3, RELION 詳細: Use a newly developed statistical movie processing approach to compensate for beam-induced movement 使用した粒子像数: 22638 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5b |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | Protocol: Rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using program Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5c |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | Protocol: Rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using program Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5d |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | Protocol: Rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using program Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 4
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5e |
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ソフトウェア | 名称: ![]() |
詳細 | Protocol: Rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using program Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |