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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22706 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of mtTiME-FL (Rv3705c-FL) in Mycobacterium tuberculosis with C1 symmetry | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | PknH-like extracellular domain / PknH-like extracellular domain superfamily / PknH-like extracellular domain / Conserved protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Cai X / He Y / Zhou ZH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Identification and architecture of a putative secretion tube across mycobacterial outer envelope. 著者: Xiaoying Cai / Lei Liu / Chunhong Qiu / Chongzheng Wen / Yao He / Yanxiang Cui / Siyu Li / Xuan Zhang / Longhua Zhang / Changlin Tian / Lijun Bi / Z Hong Zhou / Weimin Gong / 要旨: Tuberculosis-causing mycobacteria have thick cell-wall and capsule layers that are formed from complex structures. Protein secretion across these barriers depends on a specialized protein secretion ...Tuberculosis-causing mycobacteria have thick cell-wall and capsule layers that are formed from complex structures. Protein secretion across these barriers depends on a specialized protein secretion system, but none has been reported. We show that Rv3705c and its homologous MSMEG_6251 in are tube-forming proteins in the mycobacterial envelope (TiME). Crystallographic and cryo-EM structures of these two proteins show that both proteins form rotationally symmetric rings. Two layers of TiME rings pack together in a tail-to-tail manner into a ring-shaped complex, which, in turn, stacks together to form tubes. TiME was detected mainly in the cell wall and capsule. Knocking out the TiME gene markedly decreased the amount of secreted protein in the culture medium, and expression of this gene in knocked-out strain partially restored the level of secreted protein. Our structure and functional data thus suggest that TiME forms a protein transport tube across the mycobacterial outer envelope. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22706.map.gz | 6.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22706-v30.xml emd-22706.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22706.png | 82.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22706 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22706_validation.pdf.gz | 311.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22706_full_validation.pdf.gz | 311 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22706_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22706_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22706 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : mtTiME-FL (Rv3705c-FL)
全体 | 名称: mtTiME-FL (Rv3705c-FL) |
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要素 |
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-超分子 #1: mtTiME-FL (Rv3705c-FL)
超分子 | 名称: mtTiME-FL (Rv3705c-FL) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28290 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |