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- EMDB-22652: Structure of full-length influenza HA with a head-binding antibod... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22652
タイトルStructure of full-length influenza HA with a head-binding antibody at pH 7.8
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of hemagglutinin with antibody
    • 複合体: hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: antigen-binding fragment
      • タンパク質・ペプチド: antibody Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza / virus / hemagglutinin / antibody / low pH / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gui M / Gao J / Xiang Y
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Structural intermediates in the low pH-induced transition of influenza hemagglutinin.
著者: Jingjing Gao / Miao Gui / Ye Xiang /
要旨: The hemagglutinin (HA) glycoproteins of influenza viruses play a key role in binding host cell receptors and in mediating virus-host cell membrane fusion during virus infection. Upon virus entry, HA ...The hemagglutinin (HA) glycoproteins of influenza viruses play a key role in binding host cell receptors and in mediating virus-host cell membrane fusion during virus infection. Upon virus entry, HA is triggered by low pH and undergoes large structural rearrangements from a prefusion state to a postfusion state. While structures of prefusion state and postfusion state of HA have been reported, the intermediate structures remain elusive. Here, we report two distinct low pH intermediate conformations of the influenza virus HA using cryo-electron microscopy (cryo-EM). Our results show that a decrease in pH from 7.8 to 5.2 triggers the release of fusion peptides from the binding pockets and then causes a dramatic conformational change in the central helices, in which the membrane-proximal ends of the central helices unwind to an extended form. Accompanying the conformational changes of the central helices, the stem region of the HA undergoes an anticlockwise rotation of 9.5 degrees and a shift of 15 Å. The HA head, after being stabilized by an antibody, remains unchanged compared to the neutral pH state. Thus, the conformational change of the HA stem region observed in our research is likely to be independent of the HA head. These results provide new insights into the structural transition of HA during virus entry.
履歴
登録2020年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k37
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22652.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å		1.33 Å/pix.
x 300 pix.
= 399. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.30589017 - 0.6067564
平均 (標準偏差)0.00029989894 (±0.009645645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 399.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.3060.6070.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22652_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of hemagglutinin with antibody

全体名称: complex of hemagglutinin with antibody
要素
  • 複合体: complex of hemagglutinin with antibody
    • 複合体: hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
      • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • 複合体: antigen-binding fragment
      • タンパク質・ペプチド: antibody Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: complex of hemagglutinin with antibody

超分子名称: complex of hemagglutinin with antibody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #2: hemagglutinin

超分子名称: hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #3: antigen-binding fragment

超分子名称: antigen-binding fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2
分子量理論値: 37.948812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLALGQDLP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT LVKTITDDQI EVTNATELVQ SSSTGKICNN PHRILDGIDC TLIDALLGD PHCDVFQNET WDLFVERSKA FSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFITE GFTWTGVTQN GGSNACKRGP G SGFFSRLN ...文字列:
MKTIIALSYI FCLALGQDLP GNDNSTATLC LGHHAVPNGT LVKTITDDQI EVTNATELVQ SSSTGKICNN PHRILDGIDC TLIDALLGD PHCDVFQNET WDLFVERSKA FSNCYPYDVP DYASLRSLVA SSGTLEFITE GFTWTGVTQN GGSNACKRGP G SGFFSRLN WLTKSGSTYP VLNVTMPNND NFDKLYIWGV HHPSTNQEQT SLYVQASGRV TVSTRRSQQT IIPNIGSRPW VR GLSSRIS IYWTIVKPGD VLVINSNGNL IAPRGYFKMR TGKSSIMRSD APIDTCISEC ITPNGSIPND KPFQNVNKIT YGA CPKYVK QNTLKLATGM RNVPEKQTR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2
分子量理論値: 28.947525 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFI ENGWEGMIDG WYGFRHQNSE GTGQAADLKS TQAAIDQING KLNRVIEKTN EKFHQIEKEF SEVEGRIQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTRRQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI ESIRNGTYDH D VYRDEALN ...文字列:
GLFGAIAGFI ENGWEGMIDG WYGFRHQNSE GTGQAADLKS TQAAIDQING KLNRVIEKTN EKFHQIEKEF SEVEGRIQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTRRQLREN AEDMGNGCFK IYHKCDNACI ESIRNGTYDH D VYRDEALN NRFQIKGVEL KSGYKDWILW ISFAISCFLL CVVLLGFIMW ACQRGNIRCN ICISMGWSHP QFEKGGGARG GS GGGSWSH PQFEKGF

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: antibody Fab light chain

分子名称: antibody Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.11241 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYAVHWYQQ LPGTAPKLLI SGNSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSG SVFGGGTKLT VLGRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
QSVLTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYAVHWYQQ LPGTAPKLLI SGNSNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDSSLSG SVFGGGTKLT VLGRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #4: antibody Fab heavy chain

分子名称: antibody Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.278605 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCQVSGYTLT SYGLSWVRQA PGQGLEWVGW INTYDGQTKY VKKFQGRVTM TTHTGTNTAY MEMKSLRSD DTAVYYCARV EGVRGVMGFH YYPMDVWGQG TMVTVSSKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCQVSGYTLT SYGLSWVRQA PGQGLEWVGW INTYDGQTKY VKKFQGRVTM TTHTGTNTAY MEMKSLRSD DTAVYYCARV EGVRGVMGFH YYPMDVWGQG TMVTVSSKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK GLEVLFQ

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3whe

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 359922
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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