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万見
- EMDB-22386: Structure of chicken CLC-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22386
タイトルStructure of chicken CLC-7
マップデータDensity map of chicken CLC-7
試料
  • 複合体: Chicken CLC-7
    • タンパク質・ペプチド: Chloride channel protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3S,4S,5R,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dinonanoate
  • リガンド: water
キーワードLysosomal / chloride-proton antiporter / chloride transport / ion transport / proton transport / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Chloride channel ClC-7 / : / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride channel protein / Chloride channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Schrecker M / Hite R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the lysosomal chloride-proton exchanger CLC-7 in complex with OSTM1.
著者: Marina Schrecker / Julia Korobenko / Richard K Hite /
要旨: The chloride-proton exchanger CLC-7 plays critical roles in lysosomal homeostasis and bone regeneration and its mutation can lead to osteopetrosis, lysosomal storage disease and neurological ...The chloride-proton exchanger CLC-7 plays critical roles in lysosomal homeostasis and bone regeneration and its mutation can lead to osteopetrosis, lysosomal storage disease and neurological disorders. In lysosomes and the ruffled border of osteoclasts, CLC-7 requires a β-subunit, OSTM1, for stability and activity. Here, we present electron cryomicroscopy structures of CLC-7 in occluded states by itself and in complex with OSTM1, determined at resolutions up to 2.8 Å. In the complex, the luminal surface of CLC-7 is entirely covered by a dimer of the heavily glycosylated and disulfide-bonded OSTM1, which serves to protect CLC-7 from the degradative environment of the lysosomal lumen. OSTM1 binding does not induce large-scale rearrangements of CLC-7, but does have minor effects on the conformation of the ion-conduction pathway, potentially contributing to its regulatory role. These studies provide insights into the role of OSTM1 and serve as a foundation for understanding the mechanisms of CLC-7 regulation.
履歴
登録2020年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jm6
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22386.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density map of chicken CLC-7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.71 Å/pix.
x 384 pix.
= 274.509 Å		0.71 Å/pix.
x 384 pix.
= 274.509 Å		0.71 Å/pix.
x 384 pix.
= 274.509 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71487 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-15.602301000000001 - 21.485289999999999
平均 (標準偏差)0.00000000000938 (±0.4267109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 274.5088 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.71486718750.71486718750.7148671875
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z274.509274.509274.509
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-15.60221.4850.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chicken CLC-7

全体名称: Chicken CLC-7
要素
  • 複合体: Chicken CLC-7
    • タンパク質・ペプチド: Chloride channel protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3S,4S,5R,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dinonanoate
  • リガンド: water

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超分子 #1: Chicken CLC-7

超分子名称: Chicken CLC-7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: Chloride channel protein

分子名称: Chloride channel protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 88.684609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MANVAKKVSW SGRDPRDDED ERAGETTPLL NGTGPGSAGG ARQFTPSSFL RPGQLSNVDL NEDIRELETE LPRPYPNEIP HNEKLLSLK YESLDYDNSE NQLFLEEERR INHAAFRTVE IKRWVICAMI GILTGLVACF IDIVVENLAG LKYRVVKDNI D KFTEKGGL ...文字列:
MANVAKKVSW SGRDPRDDED ERAGETTPLL NGTGPGSAGG ARQFTPSSFL RPGQLSNVDL NEDIRELETE LPRPYPNEIP HNEKLLSLK YESLDYDNSE NQLFLEEERR INHAAFRTVE IKRWVICAMI GILTGLVACF IDIVVENLAG LKYRVVKDNI D KFTEKGGL SFSLLLWATL NASVVMVGSV IVAFIEPVAA GSGIPQIKCY LNGVKIPHVV RLKTLVIKVC GVILSVVGGL AV GKEGPMI HSGAVIAAGI SQGRSTSLKR DFKIFEYFRR DTEKRDFVSA GAAAGVSAAF GAPVGGVLFS LEEGASFWNQ FLT WRIFFA SMISTFTLNS VLSVYHGNAW DLSSPGLINF GRFDSEKMGY TIQEIPIFIF MGVVGGILGA LFNALNYWLT MFRI RYIHR PCLQVIEAML VAAVTAAVGF VMIYCSRDCQ PIQGSSVAYP LQLFCADGEY NSMATAFFNT PEKSVVNLFH DPPGS YNPM TLGMFTLMYF FLACWTYGLT VSAGVFIPSL LIGAAWGRLF GISLSYLSKG SIWADPGKYA LMGAAAQLGG IVRMTL SLT VIMMEATGNV TYGFPIMLVL MTAKIVGDYF VEGLYDMHIQ LQSVPFLHWE APVTSHSLTA REVMSTPVTC LRRIERV GT VVDILSDTSS NHNGFPVVES NPNTTQVAGL RGLILRSQLI VLLKHKVFVE RANLNLVQRR LKLKDFRDAY PRFPPIQS I HVSQDERECM IDLSEFMNPS PYTVPREASL PRVFKLFRAL GLRHLVVVNN HNEVVGMVTR KDLARYRLGK EGLEELSLA QT

UniProtKB: Chloride channel protein

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #5: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3S,4S,5R,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-...

分子名称: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3S,4S,5R,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dinonanoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: 0J1
分子量理論値: 694.64 Da
Chemical component information

ChemComp-0J1:
(2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3S,4S,5R,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dinonanoate

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 72 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
150.0 mMKCL
50.0 mMTris
2.0 mMDTT
0.01 %LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.2 µm / 倍率（公称値）: 22500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSparc Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 87707
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2.15.0) / 詳細: CryoSparc Non-uniform refinement
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V2.15.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7jm6:
Structure of chicken CLC-7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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