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- EMDB-22332: Phage SPN3US mottled capsid (glutaraldehyde-fixed) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22332
タイトルPhage SPN3US mottled capsid (glutaraldehyde-fixed)
マップデータPhage SPN3US glutaraldehyde-fixed mottled capsid
試料
  • ウイルス: Salmonella phage SPN3US (ファージ)
生物種Salmonella phage SPN3US (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Heymann JB / Wang B / Newcomb WW / Wu W / Winkler DC / Cheng N / Reilly ER / Hsia R-C / Thomas JA / Steven AC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)UA5GM126533 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: The Mottled Capsid of the Giant Phage SPN3US, a Likely Maturation Intermediate with a Novel Internal Shell.
著者: J Bernard Heymann / Bing Wang / William W Newcomb / Weimin Wu / Dennis C Winkler / Naiqian Cheng / Erin R Reilly / Ru-Ching Hsia / Julie A Thomas / Alasdair C Steven /
要旨: "Giant" phages have genomes of >200 kbp, confined in correspondingly large capsids whose assembly and maturation are still poorly understood. Nevertheless, the first assembly product is likely to be, ..."Giant" phages have genomes of >200 kbp, confined in correspondingly large capsids whose assembly and maturation are still poorly understood. Nevertheless, the first assembly product is likely to be, as in other tailed phages, a procapsid that subsequently matures and packages the DNA. The associated transformations include the cleavage of many proteins by the phage-encoded protease, as well as the thinning and angularization of the capsid. We exploited an amber mutation in the viral protease gene of the giant phage SPN3US, which leads to the accumulation of a population of capsids with distinctive properties. Cryo-electron micrographs reveal patterns of internal density different from those of the DNA-filled heads of virions, leading us to call them "mottled capsids". Reconstructions show an outer shell with T = 27 symmetry, an embellishment of the HK97 prototype composed of the major capsid protein, gp75, which is similar to some other giant viruses. The mottled capsid has a T = 1 inner icosahedral shell that is a complex network of loosely connected densities composed mainly of the ejection proteins gp53 and gp54. Segmentation of this inner shell indicated that a number of densities (~12 per asymmetric unit) adopt a "twisted hook" conformation. Large patches of a proteinaceous tetragonal lattice with a 67 Å repeat were also present in the cell lysate. The unexpected nature of these novel inner shell and lattice structures poses questions as to their functions in virion assembly.
履歴
登録2020年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22332.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22332.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phage SPN3US glutaraldehyde-fixed mottled capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.51 Å/pix.
x 500 pix.
= 1756. Å		3.51 Å/pix.
x 500 pix.
= 1756. Å		3.51 Å/pix.
x 500 pix.
= 1756. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-8.819996 - 9.189464
平均 (標準偏差)-0.0000000000 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-250-250-250
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 1756.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.5123.5123.512
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1756.0001756.0001756.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-250-250-250
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-8.8209.189-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22332_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 1

ファイルemd_22332_half_map_1.map
注釈half-volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 2

ファイルemd_22332_half_map_2.map
注釈half-volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Salmonella phage SPN3US

全体名称: Salmonella phage SPN3US (ファージ)
要素
  • ウイルス: Salmonella phage SPN3US (ファージ)

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超分子 #1: Salmonella phage SPN3US

超分子名称: Salmonella phage SPN3US / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1090134 / 生物種: Salmonella phage SPN3US / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
Host system生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 組換株: Typhimurium T9079
分子量理論値: 364 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1460.0 Å / T番号(三角分割数): 27
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: Inner shell / 直径: 1300.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
詳細: Grids were from Ted Pella; Lacey carbon with a thin, continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
詳細Mottled capsid isolated from a cell lysate and purified using sucrose density gradient centrifugation in the presence of glutaraldehyde.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2244 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 29.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.57 µm / 倍率（補正後）: 28400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8633
CTF補正ソフトウェア - 名称: Bsoft (ver. 2.0.5)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Derived from icosahedral symmetry using the maximum power algorithm in bmaxpow.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Bsoft (ver. 2.0.5) / 使用した粒子像数: 2000
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Bsoft (ver. 2.0.5)
詳細: Based on icosahedral symmetry using the maximum power algorithm in bmaxpow, followed by borient.
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / Projection matching processing - Merit function: FRC
Projection matching processing - Angular sampling: 0.1 degrees
ソフトウェア - 名称: Bsoft (ver. 2.0.5)
詳細: Refinement of angular assignments with a contracting grid search to an arbitrary accuracy.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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