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- EMDB-2221: GroEL at sub-nanometer resolution by Constrained Single Particle ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2221
タイトルGroEL at sub-nanometer resolution by Constrained Single Particle Tomography
マップデータReconstruction of GroEL
試料
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli UTI89 (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å
データ登録者Bartesaghi A / Lecumberry F / Sapiro G / Subramaniam S
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Protein secondary structure determination by constrained single-particle cryo-electron tomography.
著者: Alberto Bartesaghi / Federico Lecumberry / Guillermo Sapiro / Sriram Subramaniam /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is a powerful technique for 3D structure determination of protein complexes by averaging information from individual molecular images. The resolutions that can be ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is a powerful technique for 3D structure determination of protein complexes by averaging information from individual molecular images. The resolutions that can be achieved with single-particle cryo-EM are frequently limited by inaccuracies in assigning molecular orientations based solely on 2D projection images. Tomographic data collection schemes, however, provide powerful constraints that can be used to more accurately determine molecular orientations necessary for 3D reconstruction. Here, we propose "constrained single-particle tomography" as a general strategy for 3D structure determination in cryo-EM. A key component of our approach is the effective use of images recorded in tilt series to extract high-resolution information and correct for the contrast transfer function. By incorporating geometric constraints into the refinement to improve orientational accuracy of images, we reduce model bias and overrefinement artifacts and demonstrate that protein structures can be determined at resolutions of ∼8 Å starting from low-dose tomographic tilt series.
履歴
登録2012年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月24日-
マップ公開2012年12月12日-
更新2012年12月19日-
現状2012年12月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.64
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.64
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2ynj
  • 表面レベル: 1.64
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2221.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of GroEL
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.74 Å/pix.
x 180 pix.
= 313.2 Å		1.74 Å/pix.
x 180 pix.
= 313.2 Å		1.74 Å/pix.
x 180 pix.
= 313.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.64 / ムービー #1: 1.64
最小 - 最大-1.52058649 - 3.54873729
平均 (標準偏差)0.0 (±0.28805894)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-89-89-89
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 313.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.741.741.74
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.200313.200313.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-89-89-89
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-1.5213.549-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GroEL

全体名称: GroEL
要素
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL

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超分子 #1000: GroEL

超分子名称: GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 14-mer / Number unique components: 1
分子量理論値: 800 KDa

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分子 #1: GroEL

分子名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: 14-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli UTI89 (大腸菌)
分子量理論値: 800 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes, pH 7.5, 10 mM Mg(OAc)2, 10 mM KOAc, 2 mM DTT
グリッド詳細: 400 mesh C-flat, 2um hole size (CF/2/2 grids), plasma cleaned for 6s with a Gatan Solarus plasma cleaner.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80 K / 最高: 93 K / 平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected at 76000x
詳細The total dose of 25 (electrons/square Angstrom) was fractionated evenly across 11 tilted projections taken between 0 and -20 degrees tilt (every 2 degrees).
日付2011年10月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 実像数: 1595 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: The 1595 micrographs corresponded to 145 tilt-series each containing 11 projections with tilt-angles between 0 and -20 degrees (every 2-degrees).
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 80 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -20 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 0 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were manually selected in 3D from reconstructed tomograms and their corresponding raw 2D projections extracted for further processing using Constrained Single Particle Tomography. Average number of projections used in the 3D reconstructions: 10000.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
詳細: Final map was amplitude corrected with BSOFT's command 'bampweight' using a density map generated from the PDB ID 3e76 coordinates as a reference.
CTF補正詳細: Defocus values were assigned to each particle projection based on the defocus at the untilted plane of each tilt-series and a correction according to the relative height of each particle. to this plane
最終 角度割当詳細: FREALIGN

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3e76


Chain - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid body. Coordinates of chain H from 3e76 were fit using D7-symmetric fitting operation in Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation
得られたモデル

PDB-2ynj:
GroEL at sub-nanometer resolution by Constrained Single Particle Tomography

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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