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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22180 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of influenza hemagglutinin A/Michigan/45/2015 in complex with cyno antibody 1C4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) / Macaca fascicularis (カニクイザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiu Y / Zhou Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021 タイトル: Broad neutralization of H1 and H3 viruses by adjuvanted influenza HA stem vaccines in nonhuman primates. 著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai ...著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai / Anthony Moody / Kevin O Saunders / Michelle C Crank / John R Mascola / Barney S Graham / Chih-Jen Wei / Gary J Nabel / 要旨: Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most ...Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most of the seasonal epidemics observed in humans and are the major drivers of influenza A virus-associated mortality. The consequences of pandemic spread of COVID-19 underscore the public health importance of prospective vaccine development. Here, we show that headless hemagglutinin (HA) stabilized-stem immunogens presented on ferritin nanoparticles elicit broadly neutralizing antibody (bnAb) responses to diverse H1 and H3 viruses in nonhuman primates (NHPs) when delivered with a squalene-based oil-in-water emulsion adjuvant, AF03. The neutralization potency and breadth of antibodies isolated from NHPs were comparable to human bnAbs and extended to mismatched heterosubtypic influenza viruses. Although NHPs lack the immunoglobulin germline VH1-69 residues associated with the most prevalent human stem-directed bnAbs, other gene families compensated to generate bnAbs. Isolation and structural analyses of vaccine-induced bnAbs revealed extensive interaction with the fusion peptide on the HA stem, which is essential for viral entry. Antibodies elicited by these headless HA stabilized-stem vaccines neutralized diverse H1 and H3 influenza viruses and shared a mode of recognition analogous to human bnAbs, suggesting that these vaccines have the potential to confer broadly protective immunity against diverse viruses responsible for seasonal and pandemic influenza infections in humans. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22180.map.gz | 8.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22180-v30.xml emd-22180.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22180.png | 77.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22180 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : A/Michigan/45/2015(H1N1) hemagglutinin in complex with 1C4 Fab
全体 | 名称: A/Michigan/45/2015(H1N1) hemagglutinin in complex with 1C4 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: A/Michigan/45/2015(H1N1) hemagglutinin in complex with 1C4 Fab
超分子 | 名称: A/Michigan/45/2015(H1N1) hemagglutinin in complex with 1C4 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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分子量 | 理論値: 320 kDa/nm |
-超分子 #2: Hemagglutinin
超分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: 1C4 Fab
超分子 | 名称: 1C4 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Michigan/45/2015(H1N1) |
分子量 | 理論値: 36.432949 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DTLCIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDKHNGK LCKLRGVAPL HLGKCNIAGW ILGNPECESL STASSWSYIV ETSNSDNGT CYPGDFINYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK TSSWPNHDSN KGVTAACPHA GAKSFYKNLI WLVKKGNSYP K LNQSYIND ...文字列: DTLCIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDKHNGK LCKLRGVAPL HLGKCNIAGW ILGNPECESL STASSWSYIV ETSNSDNGT CYPGDFINYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK TSSWPNHDSN KGVTAACPHA GAKSFYKNLI WLVKKGNSYP K LNQSYIND KGKEVLVLWG IHHPSTTADQ QSLYQNADAY VFVGTSRYSK KFKPEIATRP KVRDQEGRMN YYWTLVEPGD KI TFEATGN LVVPRYAFTM ERNAGSGIII SDTPVHDCNT TCQTPEGAIN TSLPFQNIHP ITIGKCPKYV KSTKLRLATG LRN VPSIQS R |
-分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Michigan/45/2015(H1N1) |
分子量 | 理論値: 25.109902 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADLKS TQNAIDKITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NHLEKRIENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD YHDSNVKNLY EKVRNQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNTCM ESVKNGTYDY P KYSEEAKL ...文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADLKS TQNAIDKITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NHLEKRIENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD YHDSNVKNLY EKVRNQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNTCM ESVKNGTYDY P KYSEEAKL NREKIDSGRL VPRGSPGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGHHHH HH |
-分子 #3: 1C4 Fab heavy chain
分子 | 名称: 1C4 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル) |
分子量 | 理論値: 25.605572 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LAKPGGSLRL SCAASGFTFS TYAMHWVRQA PGKGLEWISG INSGGGSTWY TASVKGRFTI SRDNSKSTLS LQMNSLRTE DTAVYYCAKD GGNAIFGLVI TNYGLDSWGQ GAVVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSRSTSEST AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列: EVQLVESGGG LAKPGGSLRL SCAASGFTFS TYAMHWVRQA PGKGLEWISG INSGGGSTWY TASVKGRFTI SRDNSKSTLS LQMNSLRTE DTAVYYCAKD GGNAIFGLVI TNYGLDSWGQ GAVVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSRSTSEST AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGSLTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY VCNVNHKPSN TKVDKRVEIK TCGGGSKPPT HH HHHH |
-分子 #4: 1C4 Fab light chain
分子 | 名称: 1C4 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル) |
分子量 | 理論値: 22.837086 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QSVLTQPPSA SGAPGQSVTI SCSGSSSNFG SNHVYWYQQL SGKAPKLLIY NNNRRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC SVWDSSLNNV LFGGGTRLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGVVK VAWKADGNSV N TGVETTTP ...文字列: QSVLTQPPSA SGAPGQSVTI SCSGSSSNFG SNHVYWYQQL SGKAPKLLIY NNNRRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC SVWDSSLNNV LFGGGTRLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGVVK VAWKADGNSV N TGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTSDQ WKSHKSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPAECS |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 15 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 449762 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |