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- PDB-6xgc: CryoEM structure of influenza hemagglutinin A/Michigan/45/2015 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xgc
タイトルCryoEM structure of influenza hemagglutinin A/Michigan/45/2015 in complex with cyno antibody 1C4
要素
  • (Hemagglutinin ...) x 2
  • 1C4 Fab heavy chain
  • 1C4 Fab light chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / influenza / hemagglutinin / antibody / vaccine / broadly neutralizing antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Qiu, Y. / Zhou, Y.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: Broad neutralization of H1 and H3 viruses by adjuvanted influenza HA stem vaccines in nonhuman primates.
著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai ...著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai / Anthony Moody / Kevin O Saunders / Michelle C Crank / John R Mascola / Barney S Graham / Chih-Jen Wei / Gary J Nabel /
要旨: Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most ...Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most of the seasonal epidemics observed in humans and are the major drivers of influenza A virus-associated mortality. The consequences of pandemic spread of COVID-19 underscore the public health importance of prospective vaccine development. Here, we show that headless hemagglutinin (HA) stabilized-stem immunogens presented on ferritin nanoparticles elicit broadly neutralizing antibody (bnAb) responses to diverse H1 and H3 viruses in nonhuman primates (NHPs) when delivered with a squalene-based oil-in-water emulsion adjuvant, AF03. The neutralization potency and breadth of antibodies isolated from NHPs were comparable to human bnAbs and extended to mismatched heterosubtypic influenza viruses. Although NHPs lack the immunoglobulin germline VH1-69 residues associated with the most prevalent human stem-directed bnAbs, other gene families compensated to generate bnAbs. Isolation and structural analyses of vaccine-induced bnAbs revealed extensive interaction with the fusion peptide on the HA stem, which is essential for viral entry. Antibodies elicited by these headless HA stabilized-stem vaccines neutralized diverse H1 and H3 influenza viruses and shared a mode of recognition analogous to human bnAbs, suggesting that these vaccines have the potential to confer broadly protective immunity against diverse viruses responsible for seasonal and pandemic influenza infections in humans.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年3月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22180
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
M: 1C4 Fab heavy chain
N: 1C4 Fab light chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
H: 1C4 Fab heavy chain
L: 1C4 Fab light chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
I: 1C4 Fab heavy chain
J: 1C4 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,54830
ポリマ－329,95712
非ポリマー4,59118
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 36432.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Michigan/45/2015(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A3Q8LWJ2
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 25109.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Michigan/45/2015(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A482NTT4

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抗体 , 2種, 6分子 MHINLJ

#3: 抗体 1C4 Fab heavy chain


分子量: 25605.572 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 1C4 Fab light chain


分子量: 22837.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 18分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1A/Michigan/45/2015(H1N1) hemagglutinin in complex with 1C4 FabCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2HemagglutininCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
31C4 FabCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量値: 320 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)1777792
23Macaca fascicularis (カニクイザル)9541
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 449762 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00117427
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.38223631
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.7826303
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382625
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033030

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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