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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22092 | |||||||||
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タイトル | Vigna radiata complex I* membrane arm. | |||||||||
![]() | Vigna radiata complex I* membrane arm. | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Letts JA / Maldonado M / Padavannil A / Long Z / Guo F | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structure of a mitochondrial complex I intermediate from vascular plants. 著者: Maria Maldonado / Abhilash Padavannil / Long Zhou / Fei Guo / James A Letts / ![]() 要旨: Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large ...Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large membrane-protein complexes. Complex I (CI) is the main entry point for electrons into the mETC. For plants, limited availability of mitochondrial material has curbed detailed biochemical and structural studies of their mETC. Here, we present the cryoEM structure of the known CI assembly intermediate CI* from at 3.9 Å resolution. CI* contains CI's NADH-binding and CoQ-binding modules, the proximal-pumping module and the plant-specific γ-carbonic-anhydrase domain (γCA). Our structure reveals significant differences in core and accessory subunits of the plant complex compared to yeast, mammals and bacteria, as well as the details of the γCA domain subunit composition and membrane anchoring. The structure sheds light on differences in CI assembly across lineages and suggests potential physiological roles for CI* beyond assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 480.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 93.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 412.5 MB 412.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6x89C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 6.7 TB Data #1: Raw movies of mixed sample used for determination of mung bean respiratory CI*, CIII2, CIV and SC III2+IV [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Vigna radiata complex I* membrane arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map for Vigna radiata complex I* membrane arm.
ファイル | emd_22092_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map for Vigna radiata complex I* membrane arm. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map for Vigna radiata complex I* membrane arm.
ファイル | emd_22092_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map for Vigna radiata complex I* membrane arm. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Vigna radiata complex I* membrane arm
全体 | 名称: Vigna radiata complex I* membrane arm |
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要素 |
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-超分子 #1: Vigna radiata complex I* membrane arm
超分子 | 名称: Vigna radiata complex I* membrane arm / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Membrane arm of complex I 800 kDa assembly intermediate (complex I*) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Vigna radiata complex I* membrane arm
分子 | 名称: Vigna radiata complex I* membrane arm / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MYIAVPAEI LGIILPLLLG VAFLVLAERK VMAFVQRRKG PDVVGSFGLL QPLADGLKLI L KEPISPSS ANFSLFRMAP VATFMLSLVA RAVVPFDYGM VLSDSNIGLL YLFAISSLGV YG IITAGWS SNSKYAFLGA LRSAAQMVSY EVSIGLILIT VLICVGPRNS ...文字列: MYIAVPAEI LGIILPLLLG VAFLVLAERK VMAFVQRRKG PDVVGSFGLL QPLADGLKLI L KEPISPSS ANFSLFRMAP VATFMLSLVA RAVVPFDYGM VLSDSNIGLL YLFAISSLGV YG IITAGWS SNSKYAFLGA LRSAAQMVSY EVSIGLILIT VLICVGPRNS SEIVMAQKQI WSG IPLFPV LVMFFISRLA ETNRAPFDLP EAEAESVAGY NVEYSSMGSA LFFLGEYANM ILMS GPCTS LSPGGWPPIL DLPIFKRIPG SIWFSIKVIL FLFLYIWVRA AFPRYRYDQL MGLGR KVFL PLSLARVVAV SGVSVTFPWL P MFNLFLAV YPEIFIINAT SILLIHGVVF STSKKYDYPP LVSNVGWLGL LSVLITLLLL AA GAPLLTI AHLFRNNLFR RDNFTYFCQI LLLLSTAGTI SMCFDSSEQE RFDAFEFIVL IPL PTRSML FMISAHDSIA MYLAIEPQSL CFYVMAASKR KSEFSTEAGS KYLILGAFSS GILL FGCSM IYGSTGATHF DQLAKILTGY EITGARSSGI FMGILSIAVG SLFKITAVPF HMWAP DIYE GSPTPVTAFL SIAPKISIFA NISRVSIYGS YGATLQQIFC FCSIASMILG ALAAMA QTK VKRPLAHSSI GHVGYIRTGF SCGTIEGIQS LLIGIFIYAL MTIDAFAIVL ALRQTRV KY IADLGALAKT NPISAITFSI TMFSYVGIPP LAGFCSKFYL FFAALGCGAY FLAPVGVV T SVIGCFYYIR LAKRMFFDTP RTWILYEPMD RDKSLLLAMT SSFITSSFPY PSPLFSVTH QMALSSYL M SEFAPICIYL VISLLVSLIL LGLPFPFASN SSTYPEKLSA YECGFDPFGD ARSRFDIRF YLVSILFIIP DPEVTFSFPW AVPPNKIDPF GSWSMMAFLL ILTIGSLYEW KRGASDRE M DPIKYFTFSM IISILGIRGI LLNRRNIPIM SMPIESMLLA VNSNFLVFSV SSDDMMGQS FASLVSTVAA AESAIGLAIF VITFRVRGTI AVEFINSIQG MILSVLSSP ALVSGLMVAR AKNPVHSVLF PIPVFRDTSG LLLLLGLDFS AMIFPVVHIG A IAVSFLFV VMMFHIQIAE IHEEVLRYLP VSGIIGLILW WEMFFILDNE TIPLLPTQIN TT SLIYTVY AGKVRSWTNL ETLGNLLYTY YFVWFLVPSL ILLVAMIGAI VLTMHRTTKV KRQ DVFRRN AIDFRRTIMR RTTDPLTID MGTLGRAFYA VGFWIRETGQ AIDRLGSRLQ GNYLFQEQLS RHRPLMNLFD KYPSVHKDAF VAPSASLLG DVHVGPASSI WYGCVLRGDV NGIVIGSGTN IQDNSLVHVA KSNLTGKVLP T IIGDNVTV GHSAVLQGCT VEDEAFIGMG ATLLDGVYVE KHAMVAAGAL VRQNTRIPYG EV WGGNPAK FLRKLTEDEM AFFSQSALNY SNLAQAHAAE NAKELEETEF VKVLHKKFAP RGE EYDSIL DGGQETPAKL NLQDNVLLDK APKA MGTLG RAIYSVGFWI RETGQAIDRL GSRLQGGYFF QEQLSRHRTL MNIFDKAPVV DKDVF VAPS ASVIGDVQVG RGSSIWYGCV LRGDVNSIRV GSGTNIQDNS LVHVAKSNLS GKVLPT VIG DNVTVGHSAV LHGCTVEDEA FVGMGAVLLD GVVVEKNAMV AAGALVRQNT RIPSGEV WA GNPAKFLRKL SNEEITFISQ SAINYTNLAQ VHAAENSKSY DEIEFEKVLR KKYARKDE E YDSMLGVVRE IPPELILPDN VLPDKAEKAL QK MANLARF SKRALRSAHS LVRHAQSQVQ PQLFAEERAF STEAAKSITP SPDRVKWDYR GQR KIIPLG QWLPKVAVDA YVAPNVVLAG QVTVWDGASV WPGCVLRGDL NKISIGFCSN VQER SVLHA AWTSPTGLPA DTSIERYVTI GAYSLLRSCT IEPECIIGQH SILMEGSLVE TQSIL EAGS VVPPGRRIPS GELWAGNPAR FVRTLTHEEI LEIPKLAVAI NDLSRDHYSE FLPYST VYL EVEKFKKSLG ISV MNTDIT ASTKPEYPVV DRNPPFTKVV GNFSTLDYLR FVTITGVSVT VGYLSGIKPG IRGP SMVTG GLIGVMGGFM YAYQNSAGRL MGFFPNDDEV ARHNKK MVL SATTIGALLG LGTQMYSNAL RKLPYMRHPW EHVVGMGLGA VFVNQLLKWE AQVEQDL DK MLEKAKAANE RRYIDGDDD MASAVDASGN PIPSSSVLMA SSKHIGIRCH SENLDFLKCK KKDPNPEKCL DKGRDVTRCV LGLLKDLHQ KCTKEMDDYV GCMYYHTNEF DLCRKEQQAF EKKCSLE MT EAYIRNKPGM VSVKDMPVLQ DGPPPGGFAP VRFARRIPNK GPSAVAIFLA AFGTFSWG M YQVGQGNKIR RALKEEKYAA RRSILPVLQA EEDERFVREW HKYLAYEAEV MKDVPGWKV GESVYNSGRW VPPASGELRP DIW MNLRWM EAVLPLGIIA GMLCVMGNAQ YYIHKAAHGR PKHIGNDLWD VAMERRDKKL HEQA ASSSN MASGWGITG NKGRCYDFWM DFSECMSRCR EPKDCGLLRE DYLECLHHSK EFQRRNRIYK E EQRKIRAA AKKAKDDGVV KEHHYLHGNT TDSNPHLSKV KKMSRRSSRT VYVGNLPGDI RE REVEDLF LKYGHITHID LKVPPRPPGY AFVEFEDAQD AEDAIRGRDG YDFDGHRLRV EPA HGGRGH SSSRDRHSSH SNGRAGRGVS RRSEYRVLVT GLPSSASWQD LKDHMRKAGD VCFS QVFHD GRGTTGIVDY TNYDDMKYAI KKLDDSEFRN AFSKGYVRVR EYDSRRDSSR SPSRG PSHS RGRSYSRSRS RSRSYSRDRS QSKSPKGKSS QRSPPAKSPS RSPAARSRSR SRSRSL SGS RSRSRSPLPP RNKSPKRGSA SRSPSRSRSR SKSLSR MAV MEKLKMFVVQ EPVVAASCLI AGFGLFLPAV VRPILDSYQA TKQPPQPALS DVVAGMT GK K MAARVAAR YGSRRLFSSG SGKILSEEEK AAENAYFKKA EQDKLEKLAR KGPQPEASSG GS VIDAKPS GSGHTGASAE RVSTDKHRNY AVVAGTITIL GALGWYLKGT AKKPEVQD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: Blotted for 9 seconds at 100% humidity, 15 degrees C.. | |||||||||||||||
詳細 | Extracted from V. radiata mitochondrial membranes with digitonin, exchanged into amphipole A8-35, purified on sucrose gradient. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 86.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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