[日本語] English
万見
- EMDB-22091: Vigna radiata mitochondrial complex I* -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22091
タイトルVigna radiata mitochondrial complex I*
マップデータMitochondrial respiratory complex I* from Vigna radiata.
試料
  • 複合体: Vigna radiata complex I*
    • タンパク質・ペプチド: Vigna radiata complex I*
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Letts JA / Maldonado M / Padavannil A / Zhou L / Guo F
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Atomic structure of a mitochondrial complex I intermediate from vascular plants.
著者: Maria Maldonado / Abhilash Padavannil / Long Zhou / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large ...Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large membrane-protein complexes. Complex I (CI) is the main entry point for electrons into the mETC. For plants, limited availability of mitochondrial material has curbed detailed biochemical and structural studies of their mETC. Here, we present the cryoEM structure of the known CI assembly intermediate CI* from at 3.9 Å resolution. CI* contains CI's NADH-binding and CoQ-binding modules, the proximal-pumping module and the plant-specific γ-carbonic-anhydrase domain (γCA). Our structure reveals significant differences in core and accessory subunits of the plant complex compared to yeast, mammals and bacteria, as well as the details of the γCA domain subunit composition and membrane anchoring. The structure sheds light on differences in CI assembly across lineages and suggests potential physiological roles for CI* beyond assembly.
履歴
登録2020年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22091.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22091.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mitochondrial respiratory complex I* from Vigna radiata.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.040416285 - 0.11007248
平均 (標準偏差)0.00000485411 (±0.0019669107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.5984 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.833199218750.833199218750.83319921875
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.598426.598426.598
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0400.1100.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_22091_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Vigna radiata mitochondrial complex

ファイルemd_22091_half_map_1.map
注釈Vigna radiata mitochondrial complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Vigna radiata mitochondrial complex

ファイルemd_22091_half_map_2.map
注釈Vigna radiata mitochondrial complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Vigna radiata complex I*

全体名称: Vigna radiata complex I*
要素
  • 複合体: Vigna radiata complex I*
    • タンパク質・ペプチド: Vigna radiata complex I*

-
超分子 #1: Vigna radiata complex I*

超分子名称: Vigna radiata complex I* / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex I 800 kDa assembly intermediate (complex I*)
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
分子量理論値: 800 KDa

-
分子 #1: Vigna radiata complex I*

分子名称: Vigna radiata complex I* / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
配列文字列: MGFGLLASK ALRPTSRLLL SSQNPTIFLR TIVSKPQLCN PEASAAQPAQ PPPVDLPPRS P LAGARVHF ANPDDAIEVF VDGYPVKIPK GMTVLQACEV AGVDIPRFCY HSRLSIAGNC RM CLVEVEK SPKPVASCAM PALPGMKIKT DTPVAKKARE GVMEFLLMNH ...文字列:
MGFGLLASK ALRPTSRLLL SSQNPTIFLR TIVSKPQLCN PEASAAQPAQ PPPVDLPPRS P LAGARVHF ANPDDAIEVF VDGYPVKIPK GMTVLQACEV AGVDIPRFCY HSRLSIAGNC RM CLVEVEK SPKPVASCAM PALPGMKIKT DTPVAKKARE GVMEFLLMNH PLDCPICDQG GEC DLQDQS MAFGSDRGRF TEVKRSVVDK NLGPLVKTVM TRCIQCTRCV RFATEVAGVQ DLGM LGRGS GEEIGTYVEK LLTSELSGNV IDICPVGALT SKPFAFKARN WELKGTETID VTDAV GSNI RIDSRGPEVM RIVPRLNEDI NEEWISDKTR FCYDGLKRQR LNDPMIRGPD GRFKAV NWR DALSVIADIA HQVKPEEIVG VAGKLSDAES MIALKDFLNR MGSNDVWGEG IGVNTNA DF RSGYIMNTSI AGLEKADVFL LVGTQPRVEA AMVNARIRKT VRSNQAKVGY IGPATDFN Y DHKHLGTDPQ TLVEIAEGRH PFFKTLSDAK NPVIIVGAGV FERKDQDAIF AAVETIAQK ANVVRPDWNG LNVLLLHAAQ AAALDLGLVP QSEKSLESAK FVYLMGADDV NLDKIPDDAF VVYQGHHGD KSVYRANVIL PTAAFSEKEG TYQNTEGCTQ QTLPAVPTVG DSRDDWKIIR A LSEVAGVR LPYDTIGAVR ARIRNVAPNL VNVDEREPAT LPSSLRPSFT QKVDTTPFGT VI ENFYMTD AITRASKIMA QCSATLLKK MTTRNGQIKN FTSNFGPQHP AAHGVSRSVL EMNGEVVERA EPHIGSLHRG TEKLIEYKTY LQALPYSDR LDYVSTMAQE HAHSSAVERL LNCEVPLRAQ YIRVLFREIT RISNHLLALT T HAMDVGAS TPSLWAFEER EKLLEFYERV SGARMHASFI RPGGVAQDLP LGLCRDIDSF TQ QFASRID ELEEMSTGNR IWKQRLVDIG TVTAQQAKDW GFSGVMLRGP GVCWDSRRAA PYD VHDQSD PDVPVGTRGD RYDRYCIRIE EMRQSMRIIW QCPNKIPSGM IKADDRKLCP PSRC RMKLS MESSIHHFEL YTEGFSVPAP STYTAVEAPK GEFGVFLVSN GSNRPYRRKI RAPGS AHSQ GLDSMSKHHM PADVVTIIGT QDIVSGEVDR MDNQSIFKY SWETLPKKWV KKMERSEHGN RSDTKTDYLF QLLCFLKLHT YTRVQVSIDI C GVDYPSRK RRFEVVYNLL STRYNSRIRV QTSADEVTRI SPVVSLFPSA GRWEREVWDM FG VSSINHP DLRRISTDYG FEGHPLRKDL PLSGYVEVRY DDPEKRVVSE PIEMTQEFRY FDF ASPWEQ RSDG MALLS RASSRIYQVH SYQRALSLHT TLPALNASTS THTPTPYAPP PPPSASSPVG VSKAA EFVI SKVDDLMNWA RRGSIWPMTF GLACCAVEMM HTGAARYDLD RFGIIFRPSP RQSDCM IVA GTLTNKMAPA LRKVYDQMPE PRWVISMGSC ANGGGYYHYS YSVVRGCDRI VPVDIYV PG CPPTAEALLY GLLQLQKKIN RRKDFLHWWT K MAAILARK SLLALRARQL AVSGQGLHSS QSYGLRLSAH SFSTKLEDEQ REQLAKEISK DW SSVFERS INTLFLTEMV RGLMLTLKYF FETKVTINYP FEKGPLSPRF RGEHALRRYP TGE ERCIAC KLCEAICPAQ AITIEAEERE DGSRRTTRYD IDMTKCIYCG FCQEACPVDA IVEG PNFEF ATETHEELLY DKEKLLENGD RWETEIAENL RSESLYR MR GILSLRSALV QHRSEKLGLG LRQFSTQGAS TPTSPQPPPP PASPQPPPPP PPPEKTHF G GLKDEDRIFT NLYGLHDPFL KGAMKRGDWY RTKDLVIKGT DWIVNEMKKS GLRGRGGAG FPSGLKWSFM PKVSDGRPSY LVVNADESEP GTCKDREIMR HDPHKLLEGC LIAGVGMRAT AAYIYIRGE YVNERKNLEK ARQEAYAAGL LGKNACGSGY DFDVHIHFGA GAYICGEETA L LESLEGKQ GKPRLKPPFP ANAGLYGCPT TVTNVETVAV SPTILRRGPE WFAGFGRKNN AG TKLFCVS GHVNKPCTVE EEMSIPLKEL IERHCGGVRG GWDNLLAVIP GGSSVPLLPK SIC DDVLMD YDALKAVQSG LGTAAVIVMD KSTDVVDAIA RLSYFYKHES CGQCTPCREG TGWL WTIME RMKVGNAKLE EIDMLQELTK QIEGHTICAL GDAAAWPVQG LIRHFRPELE RRIRE NAER ELLQATG ML ARLAANRFNE IRHIFRQPSR AFSTALNYHL DSPDNNPNLP WEFTEPNKAK VTEILSHY P SNYKQSAVIP LLDLAQQQHG GWLPVSAMNA VANIIEVPPI RVYEVATFYS MFNRAKVGK YHLLVCGTTP CMIRGSRGIE EALLKHLGVK RNEVTPDGLF SVGEMECMGC CVNAPMITVA DYSNGSEGY TYNYYEDVTP EKVVEIVEKL RKGEKPPHGT QNPLRIRSGP EGGNTTLLGE P KPPPCRDL DAC MAWRGQ LSKNIKELRF LMCQSSSASA SARAFVEKNY KELKTLNPKL PILIRECSGV EPQL WARYD LGVEKAIKLE GLSEAQISKA LEDLAKAGQS SKA MFLRAV ARPLMAKVKA STGIVGLEVV PNAREVLIGL YSKTLKEIQK VPEDEGYRKA VESF TKHRL SVCKEEEDWE AIEKRLGCGQ VEELIEEAQD ELKLISYMIE WDPWGVPDDY ECEVI ENDA PVPKHVPLHR PPPLPTEFHK TLEALSSQSG KDIPGASSTE SPSKT MASA LRNVKVLPNS ASVEEARQRV FDFFRATCRS LPSVMEIYNL YDVTSVAQLR STVASE IRK NIGVSDPKVI DMLLFKGMEE LMNVVNHSKQ RHHIIGQYVV GQQGQVQDSA SKDPAIS PF LKNFYSSNYF MAKSASNSL VQTLKRYIKK PWEITGPCAD PEYRSAVPLA TEYRLQCPAT TKEKPCIPNS L PETVYDIK YFSRDQRRNR PPIRRTVLKK ADVEKLAKEQ TFAVSDFPPV YLNSAVEEDI NA IGGGYQG MQTIARRLG HQSLKSSTSI RAIYPISDHH YVADHQRYVS TIATKGVGHL VRKGTGGRSS V SGIIATVF GATGFLGRYV VQQLAKMGSQ VLVPFRGSED CPRHLKLMGD LGQIVPMKYN PR DESSVKA VMAKANVVIN LIGRDYETRN YSFEEVHYHM AENLAKISRE HGGILRFIQV SCL GASPSS PSRMLRAKAA AEEVVLRELP EATILKPAVM IGTEDRILNP WAHFAKKYGF IPLF GNGST KIQPVYVVDV AAALTTVLKD DGTSMGKTYE LGGPEIFTVH DLAELMYETI REWPR YVKV PFPIAKALAT PREILLNKVP FPLPTPEILN LDKIQALTTD TIVSENALTF NDLGII PHK LKGYPVEFLI SYRKGGPQFG STISERVTPD AWP MASVVK NVLKSIREKG FGTFLRELKD EGYLRCLPDG NLLQTKIHNI GATLVGVDKF GNKY YEKLG DTQYGRHRWV EYAEKSRYNA SQVPPEWHGW LHFITDHTGD ELLLLKPKRY GVEHK ENLS GEGEQYIYHS KGHALNPGQR DWTRYQPWES KA MANTLQR ALRATMARRF STQALVETKP GEIGMVSGIP QEHLRRRVVI YSPARTASQQ GSG KVGRWK INFLSTQKWE NPLMGWTSTG DPYAHVGDSA LTFDSAEAAK AFAEKHGWEY SVKK RHTPL LKVKSYADNF KWKGFPKPAE E MASSVLRN LMRFSSPRNT STRSFSLVTS QISNHTAKWM QDTSKKSPME LINEVPPIKV EG RIVACEG DTNPALGHPI EFICLDLPEP AVCKYCGLRY VQDHHH MYI AVPAEILGII LPLLLGVAFL VLAERKVMAF VQRRKGPDVV GSFGLLQPLA DGLKLIL KE PISPSSANFS LFRMAPVATF MLSLVARAVV PFDYGMVLSD SNIGLLYLFA ISSLGVYG I ITAGWSSNSK YAFLGALRSA AQMVSYEVSI GLILITVLIC VGPRNSSEIV MAQKQIWSG IPLFPVLVMF FISRLAETNR APFDLPEAEA ESVAGYNVEY SSMGSALFFL GEYANMILMS GPCTSLSPG GWPPILDLPI FKRIPGSIWF SIKVILFLFL YIWVRAAFPR YRYDQLMGLG R KVFLPLSL ARVVAVSGVS VTFPWLP MY IAVPAEILGI ILPLLLGVAF LVLAERKVMA FVQRRKGPDV VGSFGLLQPL ADGLKLIL K EPISPSSANF SLFRMAPVAT FMLSLVARAV VPFDYGMVLS DSNIGLLYLF AISSLGVYG IITAGWSSNS KYAFLGALRS AAQMVSYEVS IGLILITVLI CVGPRNSSEI VMAQKQIWSG IPLFPVLVM FFISRLAETN RAPFDLPEAE AESVAGYNVE YSSMGSALFF LGEYANMILM S GPCTSLSP GGWPPILDLP IFKRIPGSIW FSIKVILFLF LYIWVRAAFP RYRYDQLMGL GR KVFLPLS LARVVAVSGV SVTFPWLP M FNLFLAVYPE IFIINATSIL LIHGVVFSTS KKYDYPPLVS NVGWLGLLSV LITLLLLAA GAPLLTIAHL FRNNLFRRDN FTYFCQILLL LSTAGTISMC FDSSEQERFD AFEFIVLIPL PTRSMLFMI SAHDSIAMYL AIEPQSLCFY VMAASKRKSE FSTEAGSKYL ILGAFSSGIL L FGCSMIYG STGATHFDQL AKILTGYEIT GARSSGIFMG ILSIAVGSLF KITAVPFHMW AP DIYEGSP TPVTAFLSIA PKISIFANIS RVSIYGSYGA TLQQIFCFCS IASMILGALA AMA QTKVKR PLAHSSIGHV GYIRTGFSCG TIEGIQSLLI GIFIYALMTI DAFAIVLALR QTRV KYIAD LGALAKTNPI SAITFSITMF SYVGIPPLAG FCSKFYLFFA ALGCGAYFLA PVGVV TSVI GCFYYIRLAK RMFFDTPRTW ILYEPMDRDK SLLLAMTSSF ITSSFPYPSP LFSVTH QMA LSSYL MSEF APICIYLVIS LLVSLILLGL PFPFASNSST YPEKLSAYEC GFDPFGDARS RFDIRF YLV SILFIIPDPE VTFSFPWAVP PNKIDPFGSW SMMAFLLILT IGSLYEWKRG ASDRE MDPI KYFTFSMIIS ILGIRGILLN RRNIPIMSMP IESMLLAVNS NFLVFSVSSD DMMGQS FAS LVSTVAAAES AIGLAIFVIT FRVRGTIAVE FINSIQG MI LSVLSSPALV SGLMVARAKN PVHSVLFPIP VFRDTSGLLL LLGLDFSAMI FPVVHIGA I AVSFLFVVMM FHIQIAEIHE EVLRYLPVSG IIGLILWWEM FFILDNETIP LLPTQINTT SLIYTVYAGK VRSWTNLETL GNLLYTYYFV WFLVPSLILL VAMIGAIVLT MHRTTKVKRQ DVFRRNAID FRRTIMRRTT DPLTID MGT LGRAFYAVGF WIRETGQAID RLGSRLQGNY LFQEQLSRHR PLMNLFDKYP SVHKDAF VA PSASLLGDVH VGPASSIWYG CVLRGDVNGI VIGSGTNIQD NSLVHVAKSN LTGKVLPT I IGDNVTVGHS AVLQGCTVED EAFIGMGATL LDGVYVEKHA MVAAGALVRQ NTRIPYGEV WGGNPAKFLR KLTEDEMAFF SQSALNYSNL AQAHAAENAK ELEETEFVKV LHKKFAPRGE EYDSILDGG QETPAKLNLQ DNVLLDKAPK A MGTLGRAI YSVGFWIRET GQAIDRLGSR LQGGYFFQEQ LSRHRTLMNI FDKAPVVDKD VF VAPSASV IGDVQVGRGS SIWYGCVLRG DVNSIRVGSG TNIQDNSLVH VAKSNLSGKV LPT VIGDNV TVGHSAVLHG CTVEDEAFVG MGAVLLDGVV VEKNAMVAAG ALVRQNTRIP SGEV WAGNP AKFLRKLSNE EITFISQSAI NYTNLAQVHA AENSKSYDEI EFEKVLRKKY ARKDE EYDS MLGVVREIPP ELILPDNVLP DKAEKALQK MANLARFSKR ALRSAHSLVR HAQSQVQPQL FAEERAFSTE AAKSITPSPD RVKWDYRGQR KIIPLGQWL PKVAVDAYVA PNVVLAGQVT VWDGASVWPG CVLRGDLNKI SIGFCSNVQE R SVLHAAWT SPTGLPADTS IERYVTIGAY SLLRSCTIEP ECIIGQHSIL MEGSLVETQS IL EAGSVVP PGRRIPSGEL WAGNPARFVR TLTHEEILEI PKLAVAINDL SRDHYSEFLP YST VYLEVE KFKKSLGISV MNTDITAST KPEYPVVDRN PPFTKVVGNF STLDYLRFVT ITGVSVTVGY LSGIKPGIRG P SMVTGGLI GVMGGFMYAY QNSAGRLMGF FPNDDEVARH NKK MVLSAT TIGALLGLGT QMYSNALRKL PYMRHPWEHV VGMGLGAVFV NQLLKWEAQV EQDL DKMLE KAKAANERRY IDGDDD MAS AVDASGNPIP SSSVLMASSK HIGIRCHSEN LDFLKCKKKD PNPEKCLDKG RDVTRCV LG LLKDLHQKCT KEMDDYVGCM YYHTNEFDLC RKEQQAFEKK CSLE MTEAY IRNKPGMVSV KDMPVLQDGP PPGGFAPVRF ARRIPNKGPS AVAIFLAAFG TFSWG MYQV GQGNKIRRAL KEEKYAARRS ILPVLQAEED ERFVREWHKY LAYEAEVMKD VPGWKV GES VYNSGRWVPP ASGELRPDIW MNLRWMEAV LPLGIIAGML CVMGNAQYYI HKAAHGRPKH IGNDLWDVAM ERRDKKLHEQ A ASSSN MA SGWGITGNKG RCYDFWMDFS ECMSRCREPK DCGLLREDYL ECLHHSKEFQ RRNRIYKE E QRKIRAAAKK AKDDGVVKEH HYLHGNTTDS NPHLSKVKKM SRRSSRTVYV GNLPGDIRE REVEDLFLKY GHITHIDLKV PPRPPGYAFV EFEDAQDAED AIRGRDGYDF DGHRLRVEPA HGGRGHSSS RDRHSSHSNG RAGRGVSRRS EYRVLVTGLP SSASWQDLKD HMRKAGDVCF S QVFHDGRG TTGIVDYTNY DDMKYAIKKL DDSEFRNAFS KGYVRVREYD SRRDSSRSPS RG PSHSRGR SYSRSRSRSR SYSRDRSQSK SPKGKSSQRS PPAKSPSRSP AARSRSRSRS RSL SGSRSR SRSPLPPRNK SPKRGSASRS PSRSRSRSKS LSR MAVMEK LKMFVVQEPV VAASCLIAGF GLFLPAVVRP ILDSYQATKQ PPQPALSDVV AGMT GKK M AARVAARYGS RRLFSSGSGK ILSEEEKAAE NAYFKKAEQD KLEKLARKGP QPEASSGGS VIDAKPSGSG HTGASAERVS TDKHRNYAVV AGTITILGAL GWYLKGTAKK PEVQD

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.1 %digitonindigitonin
1.0 mMedtaEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 30 mA
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Blotted for 9 seconds at 100% humidity, 15 degrees C..
詳細Extracted from V. radiata mitochondrial membranes with digitonin, exchanged into amphipole A8-35, purified on sucrose gradient.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 9816 / #0 - 平均露光時間: 3.0 sec. / #0 - 平均電子線量: 86.4 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 9816 / #1 - 平均露光時間: 3.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 86.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 190951
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 34407
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る