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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21867 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of the S. solfataricus rod-shaped virus, SSRV1 | |||||||||
![]() | Cryo-EM of the S. solfataricus rod-shaped virus, SSRV1 | |||||||||
![]() | S. solfataricus rod-shaped virus, SSRV1 != unclassified Rudivirus S. solfataricus rod-shaped virus, SSRV1
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![]() | helical symmetry / archaeal virus / rod-like virus / structural protein / VIRUS | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Wang F / Baquero DP | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of filamentous viruses infecting hyperthermophilic archaea explain DNA stabilization in extreme environments. 著者: Fengbin Wang / Diana P Baquero / Leticia C Beltran / Zhangli Su / Tomasz Osinski / Weili Zheng / David Prangishvili / Mart Krupovic / Edward H Egelman / ![]() ![]() 要旨: Living organisms expend metabolic energy to repair and maintain their genomes, while viruses protect their genetic material by completely passive means. We have used cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...Living organisms expend metabolic energy to repair and maintain their genomes, while viruses protect their genetic material by completely passive means. We have used cryo-electron microscopy (cryo-EM) to solve the atomic structures of two filamentous double-stranded DNA viruses that infect archaeal hosts living in nearly boiling acid: rod-shaped virus 1 (SSRV1), at 2.8-Å resolution, and filamentous virus (SIFV), at 4.0-Å resolution. The SIFV nucleocapsid is formed by a heterodimer of two homologous proteins and is membrane enveloped, while SSRV1 has a nucleocapsid formed by a homodimer and is not enveloped. In both, the capsid proteins wrap around the DNA and maintain it in an A-form. We suggest that the A-form is due to both a nonspecific desolvation of the DNA by the protein, and a specific coordination of the DNA phosphate groups by positively charged residues. We extend these observations by comparisons with four other archaeal filamentous viruses whose structures we have previously determined, and show that all 10 capsid proteins (from four heterodimers and two homodimers) have obvious structural homology while sequence similarity can be nonexistent. This arises from most capsid residues not being under any strong selective pressure. The inability to detect homology at the sequence level arises from the sampling of viruses in this part of the biosphere being extremely sparse. Comparative structural and genomic analyses suggest that nonenveloped archaeal viruses have evolved from enveloped viruses by shedding the membrane, indicating that this trait may be relatively easily lost during virus evolution. | |||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 78.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
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-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 671.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 670.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of the S. solfataricus rod-shaped virus, SSRV1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : S. solfataricus rod-shaped virus, SSRV1
全体 | 名称: S. solfataricus rod-shaped virus, SSRV1 |
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要素 |
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-超分子 #1: unclassified Rudivirus
超分子 | 名称: unclassified Rudivirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 351054 / 生物種: unclassified Rudivirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: DNA (301-MER)
分子 | 名称: DNA (301-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 92.878148 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT) (DA) |
-分子 #2: DNA (301-MER)
分子 | 名称: DNA (301-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 92.869141 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ...文字列: (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA) (DT) |
-分子 #3: Structural protein
分子 | 名称: Structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 46 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14.207113 KDa |
配列 | 文字列: MAKGRTPRSF SQRYGKWNAK FTAFSNPTVA STILTNVAPI AQGNFQTNVP KFTSVNEQVS AVLTQYGVTG PSRAIYQGYG LKVARALNR IGAGPALTNM VAGLKAYYVS AYGANPEILD AVTNIILGSP TGYVS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.94 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 24.53 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: MODEL:MAP FSC, D99, MAP:MAP FSC / 使用した粒子像数: 470000 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: averaged cylinder using all segments, with random azimuthal angles |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |