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- EMDB-21534: CryoEM Structure of GABAB1b Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21534
タイトルCryoEM Structure of GABAB1b Homodimer
マップデータGABAB1b Homodimer Focused Refinement VFT and Linker
試料
  • 複合体: GABAB1b Homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid
キーワードInhibitor / Homodimer / GPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / negative regulation of dopamine secretion / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion ...negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / negative regulation of dopamine secretion / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of glutamate secretion / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / axolemma / dendritic shaft / response to nicotine / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / mitochondrial membrane / GABA-ergic synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / osteoblast differentiation / synaptic vesicle / presynaptic membrane / response to ethanol / G alpha (i) signalling events / dendritic spine / postsynaptic membrane / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Papasergi-Scott MM / Robertson MJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R01NS092695-01 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structures of metabotropic GABABreceptor.
著者: Papasergi-Scott MM / Robertson MJ / Seven AB / Panova O / Mathiesen JM / Skiniotis G
履歴
登録2020年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6w2y
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21534.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GABAB1b Homodimer Focused Refinement VFT and Linker
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0153 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.11717476 - 0.17880243
平均 (標準偏差)0.0001255722 (±0.0024306888)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.200339.200339.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1170.1790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GABAB1b Homodimer

全体名称: GABAB1b Homodimer
要素
  • 複合体: GABAB1b Homodimer
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid

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超分子 #1: GABAB1b Homodimer

超分子名称: GABAB1b Homodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.17357 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKSH SPHLPRPHSR VPPHPSSERR AVYIGALFPM SGGWPGGQAC QPAVEMALED VNSRRDILPD YELKLIHHDS KCDPGQATK YLYELLYNDP IKIILMPGCS SVSTLVAEAA RMWNLIVLSY GSSSPALSNR QRFPTFFRTH PSATLHNPTR V KLFEKWGW ...文字列:
DYKDDDDKSH SPHLPRPHSR VPPHPSSERR AVYIGALFPM SGGWPGGQAC QPAVEMALED VNSRRDILPD YELKLIHHDS KCDPGQATK YLYELLYNDP IKIILMPGCS SVSTLVAEAA RMWNLIVLSY GSSSPALSNR QRFPTFFRTH PSATLHNPTR V KLFEKWGW KKIATIQQTT EVFTSTLDDL EERVKEAGIE ITFRQSFFSD PAVPVKNLKR QDARIIVGLF YETEARKVFC EV YKERLFG KKYVWFLIGW YADNWFKIYD PSINCTVDEM TEAVEGHITT EIVMLNPANT RSISNMTSQE FVEKLTKRLK RHP EETGGF QEAPLAYDAI WALALALNKT SGGGGRSGVR LEDFNYNNQT ITDQIYRAMN SSSFEGVSGH VVFDASGSRM AWTL IEQLQ GGSYKKIGYY DSTKDDLSWS KTDKWIGGSP PADQTLVIKT FRFLSQKLFI SVSVLSSLGI VLAVVCLSFN IYNSH VRYI QNSQPNLNNL TAVGCSLALA AVFPLGLDGY HIGRNQFPFV CQARLWLLGL GFSLGYGSMF TKIWWVHTVF TKKEEK KEW RKTLEPWKLY ATVGLLVGMD VLTLAIWQIV DPLHRTIETF AKEEPKEDID VSILPQLEHC SSRKMNTWLG IFYGYKG LL LLLGIFLAYE TKSVSTEKIN DHRAVGMAIY NVAVLCLITA PVTMILSSQQ DAAFAFASLA IVFSSYITLV VLFVPKMR R LITRGEWQSE AQDTMKTGSS TNNNEEEKSR LLEKENRELE KIIAEKEERV SELRHQLQSR QQLRSRRHPP TPPEPSGGL PRGPPEPPDR LSCDGSRVHL LYKHHHHHH

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadeca...

分子名称: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: L9Q
分子量理論値: 746.05 Da
Chemical component information

ChemComp-L9Q:
(1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / [S,(-)]-1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-D-グリセロ-ル3-(りん酸2-アミノエチル)

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分子 #6: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidany...

分子名称: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: SGG
分子量理論値: 402.252 Da
Chemical component information

ChemComp-SGG:
[(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid / CGP-55845A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.004 %C56H92O25Glyco-diosgenin (GDN)
0.0004 %C31H50O4Cholesterol hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 49.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 282811
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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