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万見
- EMDB-21509: Human mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic al... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21509
タイトルHuman mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic alphaviruses by recognizing conserved elements of the MXR8 receptor binding domain
マップデータunsharpened map
試料
  • 複合体: Mayaro virus-Fab CHK-265 complex
    • 複合体: Fab CHK-265
      • タンパク質・ペプチド: Fab CHK-265 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab CHK-265 light chain
    • ウイルス: Mayaro virus (マヤロウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
キーワードvirus / monoclonal antibody / complex / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mayaro virus (strain Brazil) (ウイルス) / Mayaro virus (マヤロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Miller AS / Kuhn RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Human mAbs Broadly Protect against Arthritogenic Alphaviruses by Recognizing Conserved Elements of the Mxra8 Receptor-Binding Site.
著者: Laura A Powell / Andrew Miller / Julie M Fox / Nurgun Kose / Thomas Klose / Arthur S Kim / Robin Bombardi / Rashika N Tennekoon / A Dharshan de Silva / Robert H Carnahan / Michael S Diamond / ...著者: Laura A Powell / Andrew Miller / Julie M Fox / Nurgun Kose / Thomas Klose / Arthur S Kim / Robin Bombardi / Rashika N Tennekoon / A Dharshan de Silva / Robert H Carnahan / Michael S Diamond / Michael G Rossmann / Richard J Kuhn / James E Crowe /
要旨: Mosquito inoculation of humans with arthritogenic alphaviruses results in a febrile syndrome characterized by debilitating musculoskeletal pain and arthritis. Despite an expanding global disease ...Mosquito inoculation of humans with arthritogenic alphaviruses results in a febrile syndrome characterized by debilitating musculoskeletal pain and arthritis. Despite an expanding global disease burden, no approved therapies or licensed vaccines exist. Here, we describe human monoclonal antibodies (mAbs) that bind to and neutralize multiple distantly related alphaviruses. These mAbs compete for an antigenic site and prevent attachment to the recently discovered Mxra8 alphavirus receptor. Three cryoelectron microscopy structures of Fab in complex with Ross River (RRV), Mayaro, or chikungunya viruses reveal a conserved footprint of the broadly neutralizing mAb RRV-12 in a region of the E2 glycoprotein B domain. This mAb neutralizes virus in vitro by preventing virus entry and spread and is protective in vivo in mouse models. Thus, the RRV-12 mAb and its defined epitope have potential as a therapeutic agent or target of vaccine design against multiple emerging arthritogenic alphavirus infections.
履歴
登録2020年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月1日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6w1c
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6w1c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21509.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21509.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 672 pix.
= 1088.64 Å		1.62 Å/pix.
x 672 pix.
= 1088.64 Å		1.62 Å/pix.
x 672 pix.
= 1088.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.8 / ムービー #1: 4.8
最小 - 最大-14.419654 - 31.052876000000001
平均 (標準偏差)0.056842163 (±1.4025003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-336-336-336
サイズ672672672
Spacing672672672
セルA=B=C: 1088.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z672672672
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1088.6401088.6401088.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-336-336-336
NC/NR/NS672672672
D min/max/mean-14.42031.0530.057

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1, unsharpened

ファイルemd_21509_half_map_1.map
注釈half map 1, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 3, unsharpened

ファイルemd_21509_half_map_2.map
注釈half map 3, unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mayaro virus-Fab CHK-265 complex

全体名称: Mayaro virus-Fab CHK-265 complex
要素
  • 複合体: Mayaro virus-Fab CHK-265 complex
    • 複合体: Fab CHK-265
      • タンパク質・ペプチド: Fab CHK-265 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab CHK-265 light chain
    • ウイルス: Mayaro virus (マヤロウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein

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超分子 #1: Mayaro virus-Fab CHK-265 complex

超分子名称: Mayaro virus-Fab CHK-265 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #3: Fab CHK-265

超分子名称: Fab CHK-265 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Mayaro virus

超分子名称: Mayaro virus / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 59301 / 生物種: Mayaro virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: E1 glycoprotein

分子名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mayaro virus (strain Brazil) (ウイルス) / 株: Brazil
分子量理論値: 41.612867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHTAIIPNQ VGFPYKAHVA REGYSPLTLQ MQVIETSLEP TLNLEYITCD YKTKVPSPYV KCCGTAECRT QDKPEYKCAV FTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQMSEAYVE RADVCKHDHA AAYRAHTASL RAKIKVTYGT VNQTVEAYVN GDHAVTIAGT K FIFGPVST ...文字列:
YEHTAIIPNQ VGFPYKAHVA REGYSPLTLQ MQVIETSLEP TLNLEYITCD YKTKVPSPYV KCCGTAECRT QDKPEYKCAV FTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQMSEAYVE RADVCKHDHA AAYRAHTASL RAKIKVTYGT VNQTVEAYVN GDHAVTIAGT K FIFGPVST PWTPFDTKIL VYKGELYNQD FPRYGAGQPG RFGDIQSRTL DSRDLYANTG LKLARPAAGN IHVPYTQTPS GF KTWQKDR DSPLNAKAPF GCIIQTNPVR AMNCAVGNIP VSMDIADSAF TRLTDAPVIS ELTCTVSTCT HSSDFGGIAV LSY KVEKSG RCDIHSHSNV AVLQEVSIET EGRSVIHFST ASASPSFVVS VCSSRATCTA KCEP

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: E2 glycoprotein

分子名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mayaro virus (strain Brazil) (ウイルス) / 株: Brazil
分子量理論値: 38.041957 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STANHFNAYK LTRPYVAYCA DCGMGHSCHS PAMIENIQAD ATDGTLKIQF ASQIGLTKTD THDHTKIRYA EGHDIAEAAR STLKVHSSS ECTVTGTMGH FILAKCPPGE RISVSFVDSK NEHRTCRIAY HHEQRLIGRE RFTVRPHHGI ELPCTTYQLT T AETSEEID ...文字列:
STANHFNAYK LTRPYVAYCA DCGMGHSCHS PAMIENIQAD ATDGTLKIQF ASQIGLTKTD THDHTKIRYA EGHDIAEAAR STLKVHSSS ECTVTGTMGH FILAKCPPGE RISVSFVDSK NEHRTCRIAY HHEQRLIGRE RFTVRPHHGI ELPCTTYQLT T AETSEEID MHMPPDIPDR TILSQQSGNV KITVNGRTVR YSSSCGSQAV GTTTTDKTIN SCTVDKCQAY VTSHTKWQFN SP FVPRRMQ AERKGKVHIP FPLINTTCRV PLAPEALVRS GKREATLSLH PIHPTLLSYR TFGAERVFDE QWITAQTEVT IPV PVEGVE YQWGNHKPQR FVVA

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: Fab CHK-265 heavy chain

分子名称: Fab CHK-265 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.743719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIQLVQSGRE VKNPGETVKI SCKASGYTFT EYPMLWVKQA PGKGFRWMGL IYTNTGEPTY AEEFKGRFVF SLEISASTAY LQINNLTNE DTATYFCVRD YFISLDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGGTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH ...文字列:
QIQLVQSGRE VKNPGETVKI SCKASGYTFT EYPMLWVKQA PGKGFRWMGL IYTNTGEPTY AEEFKGRFVF SLEISASTAY LQINNLTNE DTATYFCVRD YFISLDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGGTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH TFPALLQSGL YTLSSSVTVT SNTWPSQTIT CNVAHPASST KVDKKIESRR

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分子 #4: Fab CHK-265 light chain

分子名称: Fab CHK-265 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.888404 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSNIGAVT SSNCANWVQE KPDHFFTGLI GDTNNRRSGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNLWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS ...文字列:
QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSNIGAVT SSNCANWVQE KPDHFFTGLI GDTNNRRSGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNLWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS KQSNNKYMAS SYLTLTARAW ERHSSYSCQV THEGHTVEKS LSR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 18410
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6w1c:
Human mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic alphaviruses by recognizing conserved elements of the MXR8 receptor binding domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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