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- EMDB-21502: Structure of Dip1-activated Arp2/3 complex with nucleated actin f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21502
タイトルStructure of Dip1-activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament
マップデータDip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament composite focused map
試料
  • 複合体: Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex associated with nucleation promoting factor Dip1 and first four actin subunits from the pointed end of the nucleated actin-filament
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to actin cortical patch / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / actin cortical patch organization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / medial cortex / cell cortex of cell tip / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch localization ...protein localization to actin cortical patch / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / actin cortical patch organization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / medial cortex / cell cortex of cell tip / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch localization / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / actin cortical patch / cell tip / regulation of actin filament polymerization / cell septum / mating projection tip / cortical actin cytoskeleton organization / cytoskeletal motor activator activity / establishment or maintenance of cell polarity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / cell division site / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / mitotic cytokinesis / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / lamellipodium / toxin activity / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SPIN90/Ldb17, leucine-rich domain / SPIN90/Ldb17 / SPIN90/Ldb17, leucine-rich domain / Amanitin/phalloidin toxin / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 ...SPIN90/Ldb17, leucine-rich domain / SPIN90/Ldb17 / SPIN90/Ldb17, leucine-rich domain / Amanitin/phalloidin toxin / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc / ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / ARP2/3 complex 20 kDa subunit (ARPC4) / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Protein dip1 / Phalloidin proprotein / Actin-related protein 3 / Actin, alpha skeletal muscle / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) / Fission yeast (分裂酵母) / Rabbit (ウサギ) / death cap (タマゴテングタケ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Shaaban M / Nolen BJ / Chowdhury S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127440, R01GM092917, S10OD012272 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM reveals the transition of Arp2/3 complex from inactive to nucleation-competent state.
著者: Mohammed Shaaban / Saikat Chowdhury / Brad J Nolen /
要旨: Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the ...Arp2/3 complex, a crucial actin filament nucleator, undergoes structural rearrangements during activation by nucleation-promoting factors (NPFs). However, the conformational pathway leading to the nucleation-competent state is unclear due to lack of high-resolution structures of the activated state. Here we report a ~3.9 Å resolution cryo-EM structure of activated Schizosaccharomyces pombe Arp2/3 complex bound to the S. pombe NPF Dip1 and attached to the end of the nucleated actin filament. The structure reveals global and local conformational changes that allow the two actin-related proteins in Arp2/3 complex to mimic a filamentous actin dimer and template nucleation. Activation occurs through a clamp-twisting mechanism, in which Dip1 forces two core subunits in Arp2/3 complex to pivot around one another, shifting half of the complex into a new activated position. By showing how Dip1 stimulates activation, the structure reveals how NPFs can activate Arp2/3 complex in diverse cellular processes.
履歴
登録2020年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月1日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0269
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0269
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  • 原子モデル: PDB-6w17
  • 表面レベル: 0.0269
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21502.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21502.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Dip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament composite focused map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.10972 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0269 / ムービー #1: 0.0269
最小 - 最大-0.06679351 - 0.19063786
平均 (標準偏差)0.0008505606 (±0.0063711237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 277.43106 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1097241.1097241.109724
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z277.431277.431277.431
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0670.1910.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21502_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map of Arps and actin filament

ファイルemd_21502_additional_1.map
注釈Focused map of Arps and actin filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused map of Dip1 Arp2/3 complex

ファイルemd_21502_additional_2.map
注釈Focused map of Dip1 Arp2/3 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Dip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament...

ファイルemd_21502_additional_3.map
注釈Dip1 activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament unsharpened, non-filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_21502_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_21502_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex as...

全体名称: Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex associated with nucleation promoting factor Dip1 and first four actin subunits from the pointed end of the nucleated actin-filament
要素
  • 複合体: Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex associated with nucleation promoting factor Dip1 and first four actin subunits from the pointed end of the nucleated actin-filament
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Protein dip1
    • タンパク質・ペプチド: Actin, alpha skeletal muscle
    • タンパク質・ペプチド: Phalloidin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex as...

超分子名称: Complex consisting of actin-filament nucleator, Arp2/3 complex associated with nucleation promoting factor Dip1 and first four actin subunits from the pointed end of the nucleated actin-filament
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 446 KDa

+
分子 #1: Actin-related protein 3

分子名称: Actin-related protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fission yeast (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 47.427137 KDa
配列文字列: MASFNVPIIM DNGTGYSKLG YAGNDAPSYV FPTVIATRSA GASSGPAVSS KPSYMASKGS GHLSSKRATE DLDFFIGNDA LKKASAGYS LDYPIRHGQI ENWDHMERFW QQSLFKYLRC EPEDHYFLLT EPPLNPPENR ENTAEIMFES FNCAGLYIAV Q AVLALAAS ...文字列:
MASFNVPIIM DNGTGYSKLG YAGNDAPSYV FPTVIATRSA GASSGPAVSS KPSYMASKGS GHLSSKRATE DLDFFIGNDA LKKASAGYS LDYPIRHGQI ENWDHMERFW QQSLFKYLRC EPEDHYFLLT EPPLNPPENR ENTAEIMFES FNCAGLYIAV Q AVLALAAS WTSSKVTDRS LTGTVVDSGD GVTHIIPVAE GYVIGSSIKT MPLAGRDVTY FVQSLLRDRN EPDSSLKTAE RI KEECCYV CPDIVKEFSR FDREPDRYLK YASESITGHS TTIDVGFERF LAPEIFFNPE IASSDFLTPL PELVDNVVQS SPI DVRKGL YKNIVLSGGS TLFKNFGNRL QRDLKRIVDE RIHRSEMLSG AKSGGVDVNV ISHKRQRNAV WFGGSLLAQT PEFG SYCHT KADYEEYGAS IARRYQIFGN SL

+
分子 #2: Actin-related protein 2

分子名称: Actin-related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fission yeast (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 44.286758 KDa
配列文字列: MESAPIVLDN GTGFVKVGYA KDNFPRFQFP SIVGRPILRA EEKTGNVQIK DVMVGDEAEA VRSLLQVKYP MENGIIRDFE EMNQLWDYT FFEKLKIDPR GRKILLTEPP MNPVANREKM CETMFERYGF GGVYVAIQAV LSLYAQGLSS GVVVDSGDGV T HIVPVYES ...文字列:
MESAPIVLDN GTGFVKVGYA KDNFPRFQFP SIVGRPILRA EEKTGNVQIK DVMVGDEAEA VRSLLQVKYP MENGIIRDFE EMNQLWDYT FFEKLKIDPR GRKILLTEPP MNPVANREKM CETMFERYGF GGVYVAIQAV LSLYAQGLSS GVVVDSGDGV T HIVPVYES VVLNHLVGRL DVAGRDATRY LISLLLRKGY AFNRTADFET VREMKEKLCY VSYDLELDHK LSEETTVLMR NY TLPDGRV IKVGSERYEC PECLFQPHLV GSEQPGLSEF IFDTIQAADV DIRKYLYRAI VLSGGSSMYA GLPSRLEKEI KQL WFERVL HGDPARLPNF KVKIEDAPRR RHAVFIGGAV LADIMAQNDH MWVSKAEWEE YGVRALDKLG PRTT

+
分子 #3: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fission yeast (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 41.643465 KDa
配列文字列: MATSQVLHIL PKPSYEHAFN SQRTEFVTTT ATNQVELYEQ DGNGWKHART FSDHDKIVTC VDWAPKSNRI VTCSQDRNAY VYEKRPDGT WKQTLVLLRL NRAATFVRWS PNEDKFAVGS GARVISVCYF EQENDWWVSK HLKRPLRSTI LSLDWHPNNV L LAAGCADR ...文字列:
MATSQVLHIL PKPSYEHAFN SQRTEFVTTT ATNQVELYEQ DGNGWKHART FSDHDKIVTC VDWAPKSNRI VTCSQDRNAY VYEKRPDGT WKQTLVLLRL NRAATFVRWS PNEDKFAVGS GARVISVCYF EQENDWWVSK HLKRPLRSTI LSLDWHPNNV L LAAGCADR KAYVLSAYVR DVDAKPEASV WGSRLPFNTV CAEYPSGGWV HAVGFSPSGN ALAYAGHDSS VTIAYPSAPE QP PRALITV KLSQLPLRSL LWANESAIVA AGYNYSPILL QGNESGWAHT RDLDAGTSKT SFTHTGNTGE GREEEGPVSF TAL RSTFRN MDLKGSSQSI SSLPTVHQNM IATLRPYAGT PGNITAFTSS GTDGRVVLWT L

+
分子 #4: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fission yeast (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 37.02523 KDa
配列文字列: MLSLDYNNIF IYELLTERFS SENPSSIDQV VTDFDGVTFH ISTPEEKTKI LISLSMKCYP ELVNYGTLDL LKQIYGAYVH EPEMGYNFS ILIDLQQLPA TDEEKEQLAM SISMLKRNVL AAPFHRAFTK QAELADLARK DPENAPMLDK QATSQELMAI H YRDEETIV ...文字列:
MLSLDYNNIF IYELLTERFS SENPSSIDQV VTDFDGVTFH ISTPEEKTKI LISLSMKCYP ELVNYGTLDL LKQIYGAYVH EPEMGYNFS ILIDLQQLPA TDEEKEQLAM SISMLKRNVL AAPFHRAFTK QAELADLARK DPENAPMLDK QATSQELMAI H YRDEETIV LWPEHDRVTV VFSTKFREET DRIFGKVFLQ EFVDARRRPA IQTAPQVLFS YRDPPLEIRD IQGIQKGDDF GF VTFVLFE RHFTPQNRED CISHIQVFRN TLHFHIKASK AYMHQRMRKR VADFQKVLNR AKPDVELERK TATGRSFVRA

+
分子 #5: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fission yeast (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 19.865746 KDa
配列文字列:
MPAYHSSFLS LTDVPTTGNI AMLPLKTKFR GPAYPADESQ MDIIDECIGL FRANCFFRNF EIKGPADRTL IYGTLFISEC LGRVNGLNY RDAERQLNSL ALENFSIPGS AGFPLNALYA PPLSPQDAEI MRTYLTQFRQ ELAYRLLSHV YATEKDHPSK W WTCFSKRR FMNKAL

+
分子 #6: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fission yeast (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 19.637695 KDa
配列文字列:
MSNTLRPYLN AVRSTLTASL ALEEFSSEIV ERQSQPEVEV GRSPEILLKP LVVSRNEQEQ CLIESSVNSV RFSIRIKQVD EIERILVRK FMQFLMGRAE SFFILRRKPV QGYDISFLIT NYHTEEMLKH KLVDFIIEFM EEVDAEISEM KLFLNGRARL V AETYLSCF

+
分子 #7: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

分子名称: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fission yeast (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 16.922059 KDa
配列文字列:
MTFRTLDVDS ITEPVLTEQD IFPIRNETAE QVQAAVSQLI PQARSAIQTG NALQGLKTLL SYVPYGNDVQ EVRTQYLNAF VDVLSNIRA ADIPAFVKEC STEEIDNIVN FIYRGLANPQ AYNSSVLLNW HEKVVEISGI GCIVRVLNSR PDL

+
分子 #8: Protein dip1

分子名称: Protein dip1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 43.715137 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEFTDVFYNL ENEKQFLAEI DELLTIPYEK NELEIGVSKF LSFINKYGEP YLITEFQLQR CMEKFLNSPL YQLDENAVLS IFYDCFFFL KEQQTLKFII IVFQSEIQEN EYCLRLLAST GFIPVLIKAM KQFKDRSENV AFTSFRYALF LVYYICRSRR L SPTDLVAI ...文字列:
MEFTDVFYNL ENEKQFLAEI DELLTIPYEK NELEIGVSKF LSFINKYGEP YLITEFQLQR CMEKFLNSPL YQLDENAVLS IFYDCFFFL KEQQTLKFII IVFQSEIQEN EYCLRLLAST GFIPVLIKAM KQFKDRSENV AFTSFRYALF LVYYICRSRR L SPTDLVAI DEYFLVNLFK TSEEAWNDED MDSFGMCVLT LLSINEQFML VRLASKGSFE IANGIMDLLS SSKVDNGIYS EG LVFTLNR EKDPRSRMLI LKQLFLLFTT PATYEIFYTN DLNVLIDIFI REINNIPDEL SDLRYAYLQV LIPLLENTQV RHP PHYKTK CIVDAVNNVL ISHSKSSNME DARTTDVAIR VLEVPWLQQE MKSLGTAQ

+
分子 #9: Actin, alpha skeletal muscle

分子名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabbit (ウサギ)
分子量理論値: 42.109973 KDa
配列文字列: MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG ...文字列:
MCDEDETTAL VCDNGSGLVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHQGVMVGMG QKDSYVGDEA QSKRGILTLK YPIE(HIC)G IIT NWDDMEKIWH HTFYNELRVA PEEHPTLLTE APLNPKANRE KMTQIMFETF NVPAMYVAIQ AVLSLYASGR TTGIVLD SG DGVTHNVPIY EGYALPHAIM RLDLAGRDLT DYLMKILTER GYSFVTTAER EIVRDIKEKL CYVALDFENE MATAASSS S LEKSYELPDG QVITIGNERF RCPETLFQPS FIGMESAGIH ETTYNSIMKC DIDIRKDLYA NNVMSGGTTM YPGIADRMQ KEITALAPST MKIKIIAPPE RKYSVWIGGS ILASLSTFQQ MWITKQEYDE AGPSIVHRKC F

+
分子 #10: Phalloidin

分子名称: Phalloidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: death cap (タマゴテングタケ)
分子量理論値: 808.899 Da
配列文字列:
(HYP)AW(G5G)A(ALO)C

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #13: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC14H24N2O10egtazic acid
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.2 mMC10H16N5O13P3adenosine triphosphate
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
1.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
10.0 microMC35H48N8O11Sphalloidin
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 20mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
詳細Data were collected by stage shifting to targeted exposure positions.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5109 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 36.35 e/Å2
詳細: Each micrograph was collected as dose-fractionated movies consisting of 45 fractions per movie.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -1.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 3500000
詳細: Particles were picked using Laplacian Gaussian auto-picking.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
詳細: Particles were CTF corrected during projection matching and back projection.
初期モデル#0 - モデルのタイプ: INSILICO MODEL
#0 - in silico モデル: Ab-initio initial model was determined using CryoSPARCv2.
#1 - モデルのタイプ: INSILICO MODEL
#1 - in silico モデル: Ab-initio initial model was determined using CryoSPARCv2.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 110433
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
詳細: Classification was performed without image alignments
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3dwl


3j8i


6d8c

chain_id: N
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6w17:
Structure of Dip1-activated Arp2/3 complex with nucleated actin filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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