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- EMDB-21401: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein bound to pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21401
タイトルPorcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein bound to polyclonal Fab sample 2, side-binding Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein bound to polyclonal Fab from a PEDV infected pig.
    • タンパク質・ペプチド: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Kirchdoerfer RN / Martini O / Sewall LM / Bangaru S / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI123498 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127521 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structure and immune recognition of the porcine epidemic diarrhea virus spike protein.
著者: Robert N Kirchdoerfer / Mahesh Bhandari / Olnita Martini / Leigh M Sewall / Sandhya Bangaru / Kyoung-Jin Yoon / Andrew B Ward /
要旨: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a ...Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a key target for the host antibody response and a good candidate for a protein-based vaccine immunogen. We used electron microscopy to evaluate the PEDV spike structure, as well as pig polyclonal antibody responses to viral infection. The structure of the PEDV spike reveals a configuration similar to that of HuCoV-NL63. Several PEDV protein-protein interfaces are mediated by non-protein components, including a glycan at Asn264 and two bound palmitoleic acid molecules. The polyclonal antibody response to PEDV infection shows a dominance of epitopes in the S1 region. This structural and immune characterization provides insights into coronavirus spike stability determinants and explores the immune landscape of viral spike proteins.
履歴
登録2020年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月26日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å		4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å		4.1 Å/pix.
x 96 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.09864287 - 0.30120024
平均 (標準偏差)-0.004361665 (±0.032593273)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0990.301-0.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21401_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_21401_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_21401_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Porcine epidemic diarrhea virus spike protein bound to polyclonal...

全体名称: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein bound to polyclonal Fab from a PEDV infected pig.
要素
  • 複合体: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein bound to polyclonal Fab from a PEDV infected pig.
    • タンパク質・ペプチド: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein

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超分子 #1: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein bound to polyclonal...

超分子名称: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein bound to polyclonal Fab from a PEDV infected pig.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinantly expressed in insect cells using a baculovirus vector. Fab produced by proteolytic digest of polyclonal IgG.
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
株: 13-019349
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: Sf9

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分子 #1: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein

分子名称: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: LPQDVTRCSA NTNFRRFFSK FNVQAPAVVV LGGYLPIGEN QG VNSTWYC AGQHPTASGV HGIFVSHIRG GHGFEIGISQ EPFDPSGYQL YLHKATNGNT NAT ARLRIC QFPSIKTLGP TANNDVTTGR NCLFNKAIPA HMSEHSVVGI TWDNDRVTVF SDKI YYFYF ...文字列:
LPQDVTRCSA NTNFRRFFSK FNVQAPAVVV LGGYLPIGEN QG VNSTWYC AGQHPTASGV HGIFVSHIRG GHGFEIGISQ EPFDPSGYQL YLHKATNGNT NAT ARLRIC QFPSIKTLGP TANNDVTTGR NCLFNKAIPA HMSEHSVVGI TWDNDRVTVF SDKI YYFYF KNDWSRVATK CYNSGGCAMQ YVYEPTYYML NVTSAGEDGI SYQPCTANCI GYAAN VFAT EPNGHIPEGF SFNNWFLLSN DSTLVHGKVV SNQPLLVNCL LAIPKIYGLG QFFSFN QTI DGVCNGAAVQ RAPEALRFNI NDISVILAEG SIVLHTALGT NFSFVCSNSS NPHLATF AI PLGATQVPYY CFLKVDTYNS TVYKFLAVLP PTVREIVITK YGDVYVNGFG YLHLGLLD A VTINFTGHGT DDDVSGFWTI ASTNFVDALI EVQGTAIQRI LYCDDPVSQL KCSQVAFDL DDGFYTISSR NLLSHEQPIS FVTLPSFNDH SFVNITVSAS FGGHSGANLI ASDTTINGFS SFCVDTRQF TISLFYNVTN SYGYVSKSQD SNCPFTLQSV NDYLSFSKFC VSTSLLASAC T IDLFGYPE FGSGVKFTSL YFQFTKGELI TGTPKPFEGV TDVSFMTLDV CTKYTIYGFK GE GIITLTN SSFLAGVYYT SDSGQLLAFK NVTSGAVYSV TPCSFSEQAA YVDDDIVGVI SSL SSSTFN STRELPGFFY HSNDGSNCTE PVLVYSNIGV CKSGSIGYVP SQSGQVKIAP TVTG NISIP TNFSMSIRTE YLQLYNTPVS VDCATYVCNG NSRCKQLLTQ YTAACKTIES ALQLS ARLE SVEVNSMLTI SDEALQLATI SSFNGDGYNF TNVLGVSVYD PASGRVVQKR SFIEDL LFN KVVTNGLGTV DEDYKRCSNG RSVADLVCAQ YYSGVMVLPG VVDAEKLHMY SASLIGG MV LGGFTSAAAL PFSYAVQARL NYLALQTDVL QRNQQLLAES FNSAIGNITS AFESVKEA I SQTSKGLNTV AHALTKVQEV VNSQGAALTQ LTVQLQHNFQ AISSSIDDIY SRLDILSAD AQVDRLITGR LSALNAFVAQ TLTKYTEVQA SRKLAQQKVN ECVKSQSQRY GFCGGDGEHI FSLVQAAPQ GLLFLHTVLV PSDFVDVIAI AGLCVNDEIA LTLREPGLVL FTHELQNHTA T EYFVSSRR MFEPRKPTVS DFVQIESCVV TYVNLTRDQL PDVIPDYIDV NKTLDEILAS LP NRTGPSL PLDVFNATYL NLTGEIADLE QRSESLRNTT EELQSLIYNI NNTLVDLEWL NRV ETGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLENLYF QGGHHHHHHA WSHPQFEK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.06 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTris
150.0 mMsodium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-64 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5szs

最終 再構成使用したクラス数: 50 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 6504
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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