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- EMDB-21320: Trimeric Photosystem I from the High-Light Tolerant Cyanobacteria... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21320
タイトルTrimeric Photosystem I from the High-Light Tolerant Cyanobacteria Cyanobacterium Aponinum
マップデータ
試料
  • 複合体: Trimeric PSI from a High Light tolerant cyanobacteria, Cyanobacterium aponinum
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 8種
キーワードPhotosystem I / Membrane Protein / Photosynthesis / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / endomembrane system ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IV / PSI-F / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dobson Z / Toporik H
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: The structure of photosystem I from a high-light-tolerant cyanobacteria.
著者: Zachary Dobson / Safa Ahad / Jackson Vanlandingham / Hila Toporik / Natalie Vaughn / Michael Vaughn / Dewight Williams / Michael Reppert / Petra Fromme / Yuval Mazor /
要旨: Photosynthetic organisms have adapted to survive a myriad of extreme environments from the earth's deserts to its poles, yet the proteins that carry out the light reactions of photosynthesis are ...Photosynthetic organisms have adapted to survive a myriad of extreme environments from the earth's deserts to its poles, yet the proteins that carry out the light reactions of photosynthesis are highly conserved from the cyanobacteria to modern day crops. To investigate adaptations of the photosynthetic machinery in cyanobacteria to excessive light stress, we isolated a new strain of cyanobacteria, 0216, from the extreme light environment of the Sonoran Desert. Here we report the biochemical characterization and the 2.7 Å resolution structure of trimeric photosystem I from this high-light-tolerant cyanobacterium. The structure shows a new conformation of the PsaL C-terminus that supports trimer formation of cyanobacterial photosystem I. The spectroscopic analysis of this photosystem I revealed a decrease in far-red absorption, which is attributed to a decrease in the number of long- wavelength chlorophylls. Using these findings, we constructed two chimeric PSIs in sp. PCC 6803 demonstrating how unique structural features in photosynthetic complexes can change spectroscopic properties, allowing organisms to thrive under different environmental stresses.
履歴
登録2020年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2021年8月4日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
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  • 原子モデル: PDB-6vpv
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21320.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315.2 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315.2 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.1 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-24.049486000000002 - 37.812508000000001
平均 (標準偏差)0.0009920704 (±1.1479613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.05066666666671.05066666666671.0506666666667
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z315.200315.200315.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-24.04937.8130.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric PSI from a High Light tolerant cyanobacteria, Cyanobacte...

全体名称: Trimeric PSI from a High Light tolerant cyanobacteria, Cyanobacterium aponinum
要素
  • 複合体: Trimeric PSI from a High Light tolerant cyanobacteria, Cyanobacterium aponinum
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: PSI-F
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

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超分子 #1: Trimeric PSI from a High Light tolerant cyanobacteria, Cyanobacte...

超分子名称: Trimeric PSI from a High Light tolerant cyanobacteria, Cyanobacterium aponinum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 81.754039 KDa
配列文字列: KAKVIVDKDP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHADAHDFDS QTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVVFVWLSGM YFHGAKFSN YSAWLADPLN IKPSAQVVWP VVGQDILNAD VGGGFHGIQI TSGFFQLWRA SGITNEYQLY CTAIGGLVMA G LMLFAGWF ...文字列:
KAKVIVDKDP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHADAHDFDS QTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVVFVWLSGM YFHGAKFSN YSAWLADPLN IKPSAQVVWP VVGQDILNAD VGGGFHGIQI TSGFFQLWRA SGITNEYQLY CTAIGGLVMA G LMLFAGWF HYHKAAPKLE WFQNVESMMN HHLAGLLGLG SLGWAGHQIH VSLPINKLLD AGVAPNEIPL PHEFILDPAK MA ELYPSFA QGLTPFFTLN WGVYSDFLTF KGGLNPVTGG LWLSDTAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNWGI GHNMKEILEG HKG PFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL ALLGSLTIIV AQHMYAMPPY PYLATDYGTQ LSIFTHHMWI GGFLIVGAGA HASI FMVRD YDPAKNVNNL LDRVLRHRDA IISHLNWVCI WLGFHSFGLY IHNDTMRALG RPQDMFSDSA IQLQPVFAQW IQGLH AAAA GATAPFASAG VSPVFGGEVV AVGGKVAMMP ITLGTADFMV HHIHAFTIHV TVLILLKGVL YSRSSRLIPD KAELGF RFP CDGPGRGGTC QVSGWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVLP DGSVSHITGG NFAQSAITIN GWLRDFL WA QAANVINSYG SALSAYGIMF LAGHFVFAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKLAPA IQPRALSIVQ GRAVGVAH Y LLGGIVTTWA FFLCRILSVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 81.865945 KDa
配列文字列: ATKFPKFSQD LAQDPTTRRI WYGIATAHDF ETHDGMTEEN LYQKIFASHF GHLAIIFLWT SGTVFHVAWQ GNFEQWIKDP LNVRPIAHA IWDPHFGQGA VDAFTQAGAS SPVNVAYSGV YHWFYTIGMT NNQDLYQGAV FLLILSALFL FAGWLHLQPK F RPSLSWFK ...文字列:
ATKFPKFSQD LAQDPTTRRI WYGIATAHDF ETHDGMTEEN LYQKIFASHF GHLAIIFLWT SGTVFHVAWQ GNFEQWIKDP LNVRPIAHA IWDPHFGQGA VDAFTQAGAS SPVNVAYSGV YHWFYTIGMT NNQDLYQGAV FLLILSALFL FAGWLHLQPK F RPSLSWFK NAESRLNHHL AGLFGVSSLA WTGHLVHVAI PESRGVHVGW DNFLSVKPHP AGLAPFFTGN WGVYAQNPDT AS HVFGTSE GAGSAILTFL GGFHPQTESL WLTDIAHHHL AIAVIFIVAG HMYRTNWGIG HSIKDILAAH NPPQGTPFGG ALG AGHRGL YDTINNSLHF QLGLALASLG VITSLVAQHM YSLPSYAFIA KDYTTQAALY THHQYIAGFL MVGAFAHGAI FFVR DYDPE ANKDNVLARM LEHKEAIISH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VVVAFGTPEK QILIEPVFAQ FVQAASGKAL YGFDA LLSN PDSVASTASA VWLPGWLDAI NSGTNSLFLN IGPGDFLVHH AIALGLHTTT LILVKGALDA RGSKLMPDKK DFGFSF PCD GPGRGGTCDI SAWDAFYLAM FWMLNTLGWL TFYWHWKHLG IWTGNVAQFN ENSTYLMGWF RDYLWANSAQ LINGYNP YG VNNLSVWAWM FLFGHLVWAT GFMFLISWRG YWQELIETIV WAHERTPLAN LVRWKDKPVA LSIVQARLVG LAHFTVGY I LTYAAFLIAS TAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 8.692039 KDa
配列文字列:
SHSVKIYDTC IGCTQCVRAC PLDVLEMVPW DGCKAGQIAS SPRTEDCVGC KRCETACPTD FLSIRVYLGA ETTRSMGLAY

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 15.647748 KDa
配列文字列:
IQLTGTMPKF GGSTGGLLSA ADREEKYAIT WTSKTEQVFE MPTGGAAIMN EGENLLYFAR KEQCLALGTQ LRTKFKPKIE DYKIYRIYP TGETQYLHPA DGVFPEKVNE GREFHGKKDR NIGKNPEPVT LKFSGKTPYD

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 7.634534 KDa
配列文字列:
AIQRGSKVRI LRKESYWYKD VGTVASVDKS GILYPVIVRF DKVNYNGFSG SATGVNTNNF AEHELEEV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: PSI-F

分子名称: PSI-F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 15.665845 KDa
配列文字列:
DLSHLTPCSE SPAYQAKAKS FRNTTSDPES GQKRAESYAE ALCGPEGYPH LVVDGRLDHA GDFIIPGLLF LYVAGWIGWV GRSYLIAIR EEKDTEMKEI IIDVPLAINK MLFGFMWPLQ AFGEFTSGKL TVKDSEIPVS PR

UniProtKB: PSI-F

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 3.913726 KDa
配列文字列:
ILGDFAASFL PAILVPAVGL VMPAVVMGLL FLQIESEA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 4.354158 KDa
配列文字列:
KGLTTFLSTA PVLITALLVF TAGLLIEFNR FYPDLLFHP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 7.860323 KDa
配列文字列:
AVPTTLEWNL NVGLTMIVCN IVAIAFAKYT MKEPGAGPKL PGEAFFGGMG LPALLATTSF GHLLGAGVIL GLASLGAL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 16.779295 KDa
配列文字列:
IDVVNHGGDP QVGNLSTPIN GSAFTKAFIN ALPAYRKGLS PNRRGLEVGM AHGYLLYGPF AVLGPLRLTE YGPTAGLLAT IGLVSILTI CLSIYGAVGV SKPTETLTTP EVPMDLATKE GWSEFAGGFL LGGCGGAFFA FFLCQTPHLQ PLIEVASNIW S

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cyanobacterium aponinum 0216 (バクテリア) / 株: 216
分子量理論値: 3.27892 KDa
配列文字列:
SISETQVFVA LVIALIPGIL AFRLATELYK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #12: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 285 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #14: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #15: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #16: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 69 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #17: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #19: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 3 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.53 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 75290
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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