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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21313 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a substrate-engaged Bam complex with alternative cysteine-cysteine crosslink | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Tomasek D / Rawson S / Lee J / Wzorek JS / Harrison SC / Li Z / Kahne D | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of a nascent membrane protein as it folds on the BAM complex. 著者: David Tomasek / Shaun Rawson / James Lee / Joseph S Wzorek / Stephen C Harrison / Zongli Li / Daniel Kahne / 要旨: Mitochondria, chloroplasts and Gram-negative bacteria are encased in a double layer of membranes. The outer membrane contains proteins with a β-barrel structure. β-Barrels are sheets of β-strands ...Mitochondria, chloroplasts and Gram-negative bacteria are encased in a double layer of membranes. The outer membrane contains proteins with a β-barrel structure. β-Barrels are sheets of β-strands wrapped into a cylinder, in which the first strand is hydrogen-bonded to the final strand. Conserved multi-subunit molecular machines fold and insert these proteins into the outer membrane. One subunit of the machines is itself a β-barrel protein that has a central role in folding other β-barrels. In Gram-negative bacteria, the β-barrel assembly machine (BAM) consists of the β-barrel protein BamA, and four lipoproteins. To understand how the BAM complex accelerates folding without using exogenous energy (for example, ATP), we trapped folding intermediates on this machine. Here we report the structure of the BAM complex of Escherichia coli folding BamA itself. The BamA catalyst forms an asymmetric hybrid β-barrel with the BamA substrate. The N-terminal edge of the BamA catalyst has an antiparallel hydrogen-bonded interface with the C-terminal edge of the BamA substrate, consistent with previous crosslinking studies; the other edges of the BamA catalyst and substrate are close to each other, but curl inward and do not pair. Six hydrogen bonds in a membrane environment make the interface between the two proteins very stable. This stability allows folding, but creates a high kinetic barrier to substrate release after folding has finished. Features at each end of the substrate overcome this barrier and promote release by stepwise exchange of hydrogen bonds. This mechanism of substrate-assisted product release explains how the BAM complex can stably associate with the substrate during folding and then turn over rapidly when folding is complete. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21313.map.gz | 110.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21313-v30.xml emd-21313.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21313_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21313.png | 100.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21313 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21313 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21313_validation.pdf.gz | 78.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21313_full_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21313_validation.xml.gz | 492 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21313 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21313 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BamABCDE bound to substrate BamA with loop 1 deleted
全体 | 名称: BamABCDE bound to substrate BamA with loop 1 deleted |
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要素 |
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-超分子 #1: BamABCDE bound to substrate BamA with loop 1 deleted
超分子 | 名称: BamABCDE bound to substrate BamA with loop 1 deleted タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: contains a cysteine crosslink between S439C in BamA and E800C in the substrate |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 詳細: unspecified | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | contains a cysteine crosslink between S439C in BamA and E800C in the substrate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.1 µm / 倍率(補正後): 58717 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |