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- EMDB-21251: Cryo-EM structure of apo-BBSome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21251
タイトルCryo-EM structure of apo-BBSome
マップデータ
試料
  • 複合体: BBSome complex
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 18 protein
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Tetratricopeptide repeat domain 8
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 9
    • タンパク質・ペプチド: BBS1 domain-containing protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / receptor localization to non-motile cilium / renal tubule development / BBSome / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity / photoreceptor connecting cilium ...establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / receptor localization to non-motile cilium / renal tubule development / BBSome / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / patched binding / olfactory bulb development / non-motile cilium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / protein localization to cilium / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / regulation of stress fiber assembly / non-motile cilium / motile cilium / centrosome cycle / ciliary membrane / pericentriolar material / fat cell differentiation / axoneme / centriolar satellite / cilium assembly / intracellular transport / ciliary basal body / axon guidance / protein localization to plasma membrane / multicellular organism growth / cilium / regulation of protein localization / protein localization / sensory perception of smell / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / neuron projection / centrosome / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / DM16 repeat ...Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / DM16 repeat / Cilia BBSome complex subunit 10 / Tetratricopeptide repeat protein 8 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein/sex-determination protein fem-3 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / Cilia BBSome complex subunit 10 / Repeats in sea squirt COS41.4, worm R01H10.6, fly CG1126 etc. / Parathyroid hormone-responsive B1 / PTHB1, N-terminal domain / PTHB1, C-terminal domain / PTHB1 N-terminus / PTHB1 C-terminus / Bardet-Biedl syndrome 1 protein / Bardet-Biedl syndrome 1, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 1 / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / PH-like domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog / Bardet-Biedl syndrome 9 / Bardet-Biedl syndrome 1 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog / Tetratricopeptide repeat domain 8 / BBSome interacting protein 1 / Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog / Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Yang S / Walz T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM089933 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Near-atomic structures of the BBSome reveal the basis for BBSome activation and binding to GPCR cargoes.
著者: Shuang Yang / Kriti Bahl / Hui-Ting Chou / Jonathan Woodsmith / Ulrich Stelzl / Thomas Walz / Maxence V Nachury /
要旨: Dynamic trafficking of G protein-coupled receptors (GPCRs) out of cilia is mediated by the BBSome. In concert with its membrane recruitment factor, the small GTPase ARL6/BBS3, the BBSome ferries ...Dynamic trafficking of G protein-coupled receptors (GPCRs) out of cilia is mediated by the BBSome. In concert with its membrane recruitment factor, the small GTPase ARL6/BBS3, the BBSome ferries GPCRs across the transition zone, a diffusion barrier at the base of cilia. Here, we present the near-atomic structures of the BBSome by itself and in complex with ARL6, and we describe the changes in BBSome conformation induced by ARL6 binding. Modeling the interactions of the BBSome with membranes and the GPCR Smoothened (SMO) reveals that SMO, and likely also other GPCR cargoes, must release their amphipathic helix 8 from the membrane to be recognized by the BBSome.
履歴
登録2020年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vnw
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21251.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.24943139 - 0.40319476
平均 (標準偏差)0.0000053318463 (±0.0054252753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2490.4030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BBSome complex

全体名称: BBSome complex
要素
  • 複合体: BBSome complex
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 18 protein
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Tetratricopeptide repeat domain 8
    • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 9
    • タンパク質・ペプチド: BBS1 domain-containing protein

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超分子 #1: BBSome complex

超分子名称: BBSome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Bardet-Biedl syndrome 18 protein

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 18 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 8.070502 KDa
配列文字列:
MAETKSMFRE VLPKQGQLYV EDITTMVLCK PKLLPLKSLT LEKLEKMQQA AQDTIHQQEM TEKEQKITH

UniProtKB: BBSome interacting protein 1

-
分子 #2: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 79.911484 KDa
配列文字列: MLQPVFTLKL RHKISPRMVA VGRYDGTHPC LAAATQAGKV FIHNPHSRSQ HLGAPRVLQS PLESDVSLLN INQTVSCLTA GVLNPELGY DALLVGTQTN LLAYDVYNNS DLFYREVADG ASAIVLGTLG DITSPLAIIG GNCALQGFNH EGNDLFWTVT G DNVHSLAL ...文字列:
MLQPVFTLKL RHKISPRMVA VGRYDGTHPC LAAATQAGKV FIHNPHSRSQ HLGAPRVLQS PLESDVSLLN INQTVSCLTA GVLNPELGY DALLVGTQTN LLAYDVYNNS DLFYREVADG ASAIVLGTLG DITSPLAIIG GNCALQGFNH EGNDLFWTVT G DNVHSLAL CDFDGDGKKE LLVGSEDFDI RVFKEDEIVA EMSETEIITS LCPMYGSRFG YALSNGTVGV YDKTARYWRI KS KNQAMSI HAFDLNSDGV CELITGWSNG KVDARSDRTG EVIFKDNFSS AIAGVVEGDY RMEGCQQLIC CSVDGEIRGY LPG TAEMRG NLMDISVEQD LIRELSQKKQ NLLLELRNYE ENAKAELSSP LNEADGHRGV IPANTKHHTA LSVSLGSEAQ AAHA ELCIS TSNDTIIRAV LIFAEGVFAG ESHVVHPSVH HLSSSVRIPI TPPKDIPVDL HLKTFVGYRS STQFHVFELT RQLPR FSMY ALTSPDPASE PLSYVNFIIA ERAQRVVMWL NQNFLLPEDT NIQNAPFQVC FTSLRNGGQL YIKIKLSGEI TVNTDD IDL AGDIIQSMAS FFAIEDLQVE ADFPVYFEEL RKVLVKVDEY HSVHQKLSAD MADNSNLIRS LLVQAEDARL MRDMKTM KN RYKELYDLNK DLLNGYKIRC NNHTELLGSL KAVNQAIQRA GHLRVGKPKN QVITACRDAI RSNNINMLFR IMRVGTAS S

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog

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分子 #3: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 58.289133 KDa
配列文字列: MAEEKLSART QLPVSAESQK PVLKKAPEFP ILEKQNWLIH LYYIQKDYEA CKAVIKEQLQ ETHGLCEYAI YVQALIFRLE GNIQESLRL FQMCAFLSPQ CADNLKQVAR SLFLLGKHKA AIEVYNEAAK LNQKDWEICH NLGVCYIYLK QFDKAQDQLH N ALHLNRHD ...文字列:
MAEEKLSART QLPVSAESQK PVLKKAPEFP ILEKQNWLIH LYYIQKDYEA CKAVIKEQLQ ETHGLCEYAI YVQALIFRLE GNIQESLRL FQMCAFLSPQ CADNLKQVAR SLFLLGKHKA AIEVYNEAAK LNQKDWEICH NLGVCYIYLK QFDKAQDQLH N ALHLNRHD LTYIMLGKIF LLKGDLDKAI EIYKKAVEFS PENTELLTTL GLLYLQLGIY QKAFEHLGNT LTYDPTNYKA IL AAGSMMQ THGDFDVALT KYKVVACAVI ESPPLWNNIG MCFFGKKKYV AAISCLKRAN YLAPLDWKIL YNLGLVHLTM QQY ASAFHF LSAAINFQPK MGELYMLLAV ALTNLEDSEN AKRAYEEAVR LDKCNPLVNL NYAVLLYNQG EKRDALAQYQ EMEK KVNLL KYSSSLEFDP EMVEVAQKLG AALQVGEALV WTKPVKDPKS KHQTASTSKA AGFQQPLGSN QALGQAMSSA ATCRK LSSG AGGTSQLTKP PSLPLEPEPT VEAQPTEASA QTREK

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog

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分子 #4: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 38.880984 KDa
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UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog

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分子 #5: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 80.471375 KDa
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UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog

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分子 #6: Tetratricopeptide repeat domain 8

分子名称: Tetratricopeptide repeat domain 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 56.686406 KDa
配列文字列: MEPLLLAWSY FRRRRFQLCA DLCTQMLEKS PCDQAAWILK ARALTEMVYV DEIDVDEEGI AEMILDENAI AQVPRPGTSL KLPGTNQTG GPSPAVRPVT QAGRPITGFL RPSTQSGRPG TIEQAIKTPR TAYTARPIAS SSGRFVRLGT ASMLTSPDGP F INLSRLNL ...文字列:
MEPLLLAWSY FRRRRFQLCA DLCTQMLEKS PCDQAAWILK ARALTEMVYV DEIDVDEEGI AEMILDENAI AQVPRPGTSL KLPGTNQTG GPSPAVRPVT QAGRPITGFL RPSTQSGRPG TIEQAIKTPR TAYTARPIAS SSGRFVRLGT ASMLTSPDGP F INLSRLNL AKYAQKPKLA KALFEYIFHH ENDVKTALDL AALSTEHSQY KDWWWKVQIG KCYYRLGLYR EAEKQFKSAL KQ QEMVDTF LYLAKVYISL DQPLTALNLF KQGLDKFPGE VTLLCGIARI YEEMNNISSA TEYYKEVLKQ DNTHVEAIAC IGS NHFYTD QPEVALRFYR RLLQMGVYNC QLFNNLGLCC FYAQQYDMTL TSFERALSLA ENEEEVADVW YNLGHVAVGT GDTN LAHQC FRLALVSNNQ HAEAYNNLAV LEMRRGHVEQ AKALLQTASS LAPHMYEPHF NFATISDKIG DLQRSYAAAK KSEAA FPDH VDTQHLIKQL EQHFAML

UniProtKB: Tetratricopeptide repeat domain 8

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分子 #7: Bardet-Biedl syndrome 9

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 99.230914 KDa
配列文字列: MSLFKARDWW STVLGDKEEF DQGCLCLADV DNTGNGQDKI IVGSFMGYLR IFNPHPVKTG DGAQAEDLLL EVHLRDPILQ VEVGKFVSG TEMLHLAVLH SRKLCVYSVS GTLGNVEHGN QYQIKLMYEH NLQRTACNMT YGSFGGVKGR DLICIQSVDG M LMVFEQES ...文字列:
MSLFKARDWW STVLGDKEEF DQGCLCLADV DNTGNGQDKI IVGSFMGYLR IFNPHPVKTG DGAQAEDLLL EVHLRDPILQ VEVGKFVSG TEMLHLAVLH SRKLCVYSVS GTLGNVEHGN QYQIKLMYEH NLQRTACNMT YGSFGGVKGR DLICIQSVDG M LMVFEQES YAFGRFLPGS LLPGPLAYSS RTDSFITVSS CHQVESYKYQ VLAFATDADK RQETEQQKHG SGKRLVVDWT LN IGEQAID ICIVSFIQSA SSVFVLGERN FFCLKDNGQI QFMKKLDYSP SCFLPYCSVS EGTINTLIGN HNNMLHIYQD VTL KWATQL PHVPVAVRVG CLHDLKGVIV TLSDDGHLQC SYLGTDPSLF QAPKVESREL NYDELDMELK ELQKVIKNVN KSQD VWPLT EREDDLKVSA MVSPNFDSVS QATDVEVGAD LVPSVTVKVT LKNRVALQKI KLSIYVQPPL VLTGDQFTFE FMAPE MTRT VGFSVYLKGS YSPPELEGNA VVSYSRPTER NPDGIPRVSQ CKFRLPLKLV CLPGQPSKTA SHKLTIDTNK SPVSLL SLF PGFAKQSEDD QVNVMGFRFL GGSQVTLLAS KTSQRYRIQS EQFEDLWLIT NELIIRLQEY FEKQGIKDFT CSFSGSV PL EEYFELIDHH FELRINGEKL EELLSERAVQ FRAIQRRLLT RFKDKTPAPL QHLDTLLDGT YKQVIALADA VEENQDNL F QSFTRLKSAT HLVILLIGLW QKLSADQIAI LEAAFLPLQQ DTQELGWEET VDAALSHLLK TCLSKSSKEQ ALNLNSQLG IPKDTSQLKK HITLFCDRLA KGGRLCLSTD AAAPQTMVMP GGCATIPESD LEGRSIDQDS SELFTNHKHL MVETPVPEVS PLQGVTE

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 9

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分子 #8: BBS1 domain-containing protein

分子名称: BBS1 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 64.939141 KDa
配列文字列: MAATSSSDSD GGKGESEANS KWLDSLSDSM ANIHTFSACL ALADFHGDGE YKLAMGDLGP DGRQPRLKVL KGHTLVSQKP LPDLPAAAV TFLMASHEPR TPALAIASGP CVYVYKNLKP YFKFSLPSLP TNPLEQDLWN QAKEDQIDPL TLKEMLEGIR E KAEVPLSV ...文字列:
MAATSSSDSD GGKGESEANS KWLDSLSDSM ANIHTFSACL ALADFHGDGE YKLAMGDLGP DGRQPRLKVL KGHTLVSQKP LPDLPAAAV TFLMASHEPR TPALAIASGP CVYVYKNLKP YFKFSLPSLP TNPLEQDLWN QAKEDQIDPL TLKEMLEGIR E KAEVPLSV QSLRFLPLEL SEMEAFVNQH KSKSIRRQTV ITTMTTLKKN LADEDAVSCL VLGTENKELL VLDPEAFTIL AK MSLPSVP AFLEASGQFD VEFRLAAACR NGSIYILRRD SKRPKYCIEL GAQPVGLVGV HKVLVVGSNQ DSLHGFTYKG KRL WTVQMP AAILAMNLLE QHSRGLQAVM AALANEEVRI YHDKVLLNVI RTPEAVTSLC FGRYGREDNT LIMTTLGGGL IIKI LKRTA VFAEGGGEAG PPPSQAIKLN VPRKTRLYVD QTLREREAGT AMHRTFQADL YLLRLRAARA YVQALESSLS PVSLT AREP LKLHAVVQGL GPTFKLTLHL QNTSTARPIL GLVVCFLYNE VLYALPRAFF KVPLLVPGLN YPLETFVKSL SDKGIS DII KVLVLREGQS TPLLSAHINM PMSEGLAAD

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.7 mMMgCl2Magnesium chloride
1.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Wait time 20s, blot force -2, blot time 3.5s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7839

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 560777
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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