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- EMDB-21120: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21120
タイトルAnkyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB)
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB)
    • タンパク質・ペプチド: Creatine kinase B-type
    • タンパク質・ペプチド: Ankyrin repeat and SOCS box protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
キーワードAnkyrin repeat / Elongation Factor / Creatine Kinase / Ubiquitin / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


futile creatine cycle / creatine kinase / Creatine metabolism / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / RND3 GTPase cycle ...futile creatine cycle / creatine kinase / Creatine metabolism / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / RND3 GTPase cycle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / substantia nigra development / transcription corepressor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain ...Ankyrin repeat and SOCS box protein 9/11, SOCS box domain / : / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Creatine kinase B-type / Elongin-C / Elongin-B / Ankyrin repeat and SOCS box protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Komives EA / Lumpkin RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1817774 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and dynamics of the ASB9 CUL-RING E3 Ligase.
著者: Ryan J Lumpkin / Richard W Baker / Andres E Leschziner / Elizabeth A Komives /
要旨: The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18- ...The Cullin 5 (CUL5) Ring E3 ligase uses adaptors Elongins B and C (ELOB/C) to bind different SOCS-box-containing substrate receptors, determining the substrate specificity of the ligase. The 18-member ankyrin and SOCS box (ASB) family is the largest substrate receptor family. Here we report cryo-EM data for the substrate, creatine kinase (CKB) bound to ASB9-ELOB/C, and for full-length CUL5 bound to the RING protein, RBX2, which binds various E2s. To date, no full structures are available either for a substrate-bound ASB nor for CUL5. Hydrogen-deuterium exchange (HDX-MS) mapped onto a full structural model of the ligase revealed long-range allostery extending from the substrate through CUL5. We propose a revised allosteric mechanism for how CUL-E3 ligases function. ASB9 and CUL5 behave as rigid rods, connected through a hinge provided by ELOB/C transmitting long-range allosteric crosstalk from the substrate through CUL5 to the RBX2 flexible linker.
履歴
登録2019年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v9h
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 300 pix.
= 348. Å		1.16 Å/pix.
x 300 pix.
= 348. Å		1.16 Å/pix.
x 300 pix.
= 348. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-2.6433063 - 4.3953366
平均 (標準偏差)-0.002291272 (±0.075924374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 348.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.000348.000348.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ350350350
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-2.6434.395-0.002

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添付データ

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追加マップ: unfiltered map

ファイルemd_21120_additional.map
注釈unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_21120_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_21120_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), an...

全体名称: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB)
要素
  • 複合体: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB)
    • タンパク質・ペプチド: Creatine kinase B-type
    • タンパク質・ペプチド: Ankyrin repeat and SOCS box protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B

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超分子 #1: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), an...

超分子名称: Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Creatine kinase B-type

分子名称: Creatine kinase B-type / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: creatine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.699207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MPFSNSHNAL KLRFPAEDEF PDLSAHNNHM AKVLTPELYA ELRAKSTPSG FTLDDVIQTG VDNPGHPYIM TVGCVAGDEE SYEVFKDLF DPIIEDRHGG YKPSDEHKTD LNPDNLQGGD DLDPNYVLSS RVRTGRSIRG FCLPPHCSRG ERRAIEKLAV E ALSSLDGD ...文字列:
MPFSNSHNAL KLRFPAEDEF PDLSAHNNHM AKVLTPELYA ELRAKSTPSG FTLDDVIQTG VDNPGHPYIM TVGCVAGDEE SYEVFKDLF DPIIEDRHGG YKPSDEHKTD LNPDNLQGGD DLDPNYVLSS RVRTGRSIRG FCLPPHCSRG ERRAIEKLAV E ALSSLDGD LAGRYYALKS MTEAEQQQLI DDHFLFDKPV SPLLLASGMA RDWPDARGIW HNDNKTFLVW VNEEDHLRVI SM QKGGNMK EVFTRFCTGL TQIETLFKSK DYEFMWNPHL GYILTCPSNL GTGLRAGVHI KLPNLGKHEK FSEVLKRLRL QKR GTGGVD TAAVGGVFDV SNADRLGFSE VELVQMVVDG VKLLIEMEQR LEQGQAIDDL MPAQK

UniProtKB: Creatine kinase B-type

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分子 #2: Ankyrin repeat and SOCS box protein 9

分子名称: Ankyrin repeat and SOCS box protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.186141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MKHHHHHHHH GGLVPRGSHG MDGKQGGMDG SKPAGPRDFP GIRLLSNPLM GDAVSDWSPM HEAAIHGHQL SLRNLISQGW AVNIITADH VSPLHEACLG GHLSCVKILL KHGAQVNGVT ADWHTPLFNA CVSGSWDCVN LLLQHGASVQ PESDLASPIH E AARRGHVE ...文字列:
MKHHHHHHHH GGLVPRGSHG MDGKQGGMDG SKPAGPRDFP GIRLLSNPLM GDAVSDWSPM HEAAIHGHQL SLRNLISQGW AVNIITADH VSPLHEACLG GHLSCVKILL KHGAQVNGVT ADWHTPLFNA CVSGSWDCVN LLLQHGASVQ PESDLASPIH E AARRGHVE CVNSLIAYGG NIDHKISHLG TPLYLACENQ QRACVKKLLE SGADVNQGKG QDSPLHAVAR TASEELACLL MD FGADTQA KNAEGKRPVE LVPPESPLAQ LFLEREGPPS LMQLCRLRIR KCFGIQQHHK ITKLVLPEDL KQFLLHL

UniProtKB: Ankyrin repeat and SOCS box protein 9

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分子 #3: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.974616 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MMYVKLISSD GHEFIVKREH ALTSGTIKAM LSGPGQFAEN ETNEVNFREI PSHVLSKVCM YFTYKVRYTN SSTEIPEFPI APEIALELL MAANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #4: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.147781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQDSG SSANEQAVQ

UniProtKB: Elongin-B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot, blot force 20.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1309964
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AB INITIO MODEL GENERATION IN CRYOSPARC v2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC v2 / 使用した粒子像数: 285105
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3zng

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3drb

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6v9h:
Ankyrin repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9), ElonginB (ELOB), and ElonginC (ELOC) bound to its substrate Brain-type Creatine Kinase (CKB)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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