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- EMDB-21113: Cryo EM Structure of VPS13 protein, 1-1390 from C. thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21113
タイトルCryo EM Structure of VPS13 protein, 1-1390 from C. thermophilum
マップデータVPS13 protein
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Chaetomium thermophilum VPS13 1-1390
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associate protein 13
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Li P / Lees JA / Reinisch KM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131715 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM reconstruction of a VPS13 fragment reveals a long groove to channel lipids between membranes.
著者: PeiQi Li / Joshua Aaron Lees / C Patrick Lusk / Karin M Reinisch /
要旨: A single particle cryo-EM reconstruction of an ∼160-kD N-terminal fragment of the lipid transport protein VPS13 reveals an ∼160-Å long channel lined with hydrophobic residues suitable for ...A single particle cryo-EM reconstruction of an ∼160-kD N-terminal fragment of the lipid transport protein VPS13 reveals an ∼160-Å long channel lined with hydrophobic residues suitable for solubilizing multiple lipid fatty acid moieties. The structure suggests that VPS13 and related proteins, like the autophagy protein ATG2, can act as bridges between organelle membranes to allow bulk lipid flow between organelles.
履歴
登録2019年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月11日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2020年3月11日-
現状2020年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21113.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈VPS13 protein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.088452674 - 0.14294113
平均 (標準偏差)0.00001197883 (±0.0029231927)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 262.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z262.500262.500262.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0880.1430.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chaetomium thermophilum VPS13 1-1390

全体名称: Chaetomium thermophilum VPS13 1-1390
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Chaetomium thermophilum VPS13 1-1390
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associate protein 13

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超分子 #1: Chaetomium thermophilum VPS13 1-1390

超分子名称: Chaetomium thermophilum VPS13 1-1390 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
分子量理論値: 161.84 kDa/nm
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi293F

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associate protein 13

分子名称: Vacuolar protein sorting-associate protein 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAAA LE GLVAGLLNRF LGMYVKNFDP KQLKWEVWNG KVRLDNLELQ REALDQLKLP INVIKGHLGH LVLHIPW KT LASEQVKINI EDVFLLASPK EEAEYDEDEE ARRRHRLKME KLDSAELLKE RSQEGLSEEE QKRTQTFA Q ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAAA LE GLVAGLLNRF LGMYVKNFDP KQLKWEVWNG KVRLDNLELQ REALDQLKLP INVIKGHLGH LVLHIPW KT LASEQVKINI EDVFLLASPK EEAEYDEDEE ARRRHRLKME KLDSAELLKE RSQEGLSEEE QKRTQTFA Q ALVTKIVDNL QITIRNIHIR YEDAISAPGH PFALGITLEE FSAVSTDSDW TPAFITSIQS AHKLATLES LAIYWDTDAK LIGPGREPHE HSDQIPHDEM LKFFREMIAK GEADLSSEHQ FILKPVSGQA KIEIDKTGSH TVPRYKANL LFDEIGVVLD DQQYRDALMM VDLFHYFIRH QEYKKFQPKG VTPKEDPRAW FRFAGNAVLS K IHERNRRW SWDYFRERRD DRRRYIELFK KTKQNIQLTP EEREDLDKLE WKLSYEDLRF WRSLARNQLK KE NAEALKN KPPPQPQQQQ GWLSWVWGSK PVQPQQEEQQ GDENTRITEA QRKELYEVIQ WDEKAALAAE IDV PRDSVR LLIETSLSTG SFTLRQNPHG DARDLISLHF DLFRAKGLTR PDSFLIDISL GGFRVNDNTT PDSL YKEIV RVKDAPNTEG QKRYSIADLE LTVDEEAFFE LQVEQHPLDG QGDVAVTMKL KPLEIIWNPN VVVGI ADFF RPPERHMESI NALLETANAT VEGLRAQTRA GLQFALEEHK TVNAKLDLQA PLIILPESIT TPNSTC LIV DAGHISVNSE LVDKETMKQV QSTQDRPCTE EDLRRLEELM YDRFLVKLTS TQVLIGPSVE ITKQQLV QR DEKRQLHIVD QINLDFVVAM SILPKAPNLT KLKISGHLPV LQVNASDSKY KHLMRIIEVA IPKLYDVE P VLAPSGSHPT IRPRLASDAS TRSRRASFRK ASTQFLQFVS QQQEIVLDES DSDDDSEKFE DAKDTSVDE QLRIQQRIFD FKFTVDQLRG SLYRSDPEGK HPDQLLVELV AENFGVEYHL RPYDMSAMVS LGSVTMDDFV ENPPAEFKS IVSSGDIEDR KQARDLVRVK FVRVKKESPE FMSVYDGIET NVDVAISTIN LVVTRKTLLT L LDFILVTF SNPQPAAPVA TRMAVTDQES ETNIIVQPPP IESGPIRVKV DLKSIRMILN NDGIRLATLS FN HADVGVY ILGRYMRVSA KLGDLSLVDD VNLGVSEDSS LRQLVTIQGN ELADFRYEYF DPDKPEKNPG YDS SIYLRA GSVKVNFIEE PFRKIVDFLV KFGKMQAIYN AARMAAANQA QQLQQSQSRI KFDIVVKTPI VVFP RVVMS PKPKRDVITA YLGEIYAQNA FVPLDDSEKA DMAMKLTTGI RNIRLTSHFH YSEGRDEVLE LIDHV DLGF TIIYAEHKEG IKRPDLEIEG SMSDFNLRIT PYQLSALLAI SQSVPTVFAA DVEQHT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 175364
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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