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- EMDB-21038: Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21038
タイトルStructure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c)
マップデータStructure of the HIV cleaved synaptic complex intasome bound to 4c; sharpened
試料
  • 複合体: Assembly of HIV integrase and viral DNA
    • タンパク質・ペプチド: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
    • DNA: viral DNA non-transferred strand
    • DNA: viral DNA transferred strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide
キーワードintegrase / intasome / enzyme / transposition / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral ...DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein 7d / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lyumkis D / Jozwik IK
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI136680 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069832 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI146017 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis for strand-transfer inhibitor binding to HIV intasomes.
著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Ilona K Jóźwik / Xue Zhi Zhao / Diogo Santos-Martins / Renbin Yang / Steven J Smith / Youngmin Jeon / Stefano Forli / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / ...著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Ilona K Jóźwik / Xue Zhi Zhao / Diogo Santos-Martins / Renbin Yang / Steven J Smith / Youngmin Jeon / Stefano Forli / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Robert Craigie / Dmitry Lyumkis /
要旨: The HIV intasome is a large nucleoprotein assembly that mediates the integration of a DNA copy of the viral genome into host chromatin. Intasomes are targeted by the latest generation of ...The HIV intasome is a large nucleoprotein assembly that mediates the integration of a DNA copy of the viral genome into host chromatin. Intasomes are targeted by the latest generation of antiretroviral drugs, integrase strand-transfer inhibitors (INSTIs). Challenges associated with lentiviral intasome biochemistry have hindered high-resolution structural studies of how INSTIs bind to their native drug target. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of HIV intasomes bound to the latest generation of INSTIs. These structures highlight how small changes in the integrase active site can have notable implications for drug binding and design and provide mechanistic insights into why a leading INSTI retains efficacy against a broad spectrum of drug-resistant variants. The data have implications for expanding effective treatments available for HIV-infected individuals.
履歴
登録2019年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月5日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v3k
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6v3k
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21038.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the HIV cleaved synaptic complex intasome bound to 4c; sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 303.36 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 303.36 Å		0.79 Å/pix.
x 384 pix.
= 303.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.79 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-14.6425 - 24.531154999999998
平均 (標準偏差)0.047963854 (±0.5901045)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 303.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.790.790.79
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z303.360303.360303.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-14.64224.5310.048

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添付データ

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追加マップ: Structure of HIV cleaved synaptic complex intasome bound...

ファイルemd_21038_additional_1.map
注釈Structure of HIV cleaved synaptic complex intasome bound to 4c. Full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution

ファイルemd_21038_additional_2.map
注釈Local resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_21038_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_21038_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly of HIV integrase and viral DNA

全体名称: Assembly of HIV integrase and viral DNA
要素
  • 複合体: Assembly of HIV integrase and viral DNA
    • タンパク質・ペプチド: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase
    • DNA: viral DNA non-transferred strand
    • DNA: viral DNA transferred strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide

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超分子 #1: Assembly of HIV integrase and viral DNA

超分子名称: Assembly of HIV integrase and viral DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase

分子名称: Chimeric Sso7d and HIV-1 integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 42.321258 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGG GGGGGGFLDG IDKAQEEHEK YHSNWRAMAS DFNLPPVVAK EIVASCDKCQ LKGEAMHGQV DCSPGIWQLD C THLEGKVI ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGG GGGGGGFLDG IDKAQEEHEK YHSNWRAMAS DFNLPPVVAK EIVASCDKCQ LKGEAMHGQV DCSPGIWQLD C THLEGKVI LVAVHVASGY IEAEVIPAET GQETAYFLLK LAGRWPVKTV HTDNGSNFTS TTVKAACWWA GIKQEFGIPY NP QSQGVIE SMNKELKKII GQVRDQAEHL KTAVQMAVFI HNFKRKGGIG GYSAGERIVD IIATDIQTKE LQKQITKIQN FRV YYRDSR DPVWKGPAKL LWKGEGAVVI QDNSDIKVVP RRKAKIIRDY GKQMAGDDCV ASRQDED

UniProtKB: DNA-binding protein 7d, Integrase

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分子 #2: viral DNA non-transferred strand

分子名称: viral DNA non-transferred strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 8.188271 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)

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分子 #3: viral DNA transferred strand

分子名称: viral DNA transferred strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 7.773023 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidan...

分子名称: 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: QUW
分子量理論値: 432.421 Da
Chemical component information

ChemComp-QUW:
4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 6.2
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMBis-Tris
550.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 mMmagnesium chlorideMgCl
0.5 mMTCEP
5.0 % (w/v)glycerol
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-80 / 実像数: 2783 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 63291 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 375744
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0 beta) / 使用した粒子像数: 142225
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0 beta)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0 beta)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3l3u

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1k6y

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5u1c

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6v3k:
Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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