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- EMDB-20996: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20996
タイトルLipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4
マップデータLipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4 (rings 2 to 4, after masking and signal subtraction in Relion)
試料
  • 複合体: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4
    • タンパク質・ペプチド: Intermembrane transport protein YebT
キーワードconformational dynamics / lipid transport / bacterial cell envelope / LetB / YebT / MCE
機能・相同性: / Mce/MlaD / MlaD protein / intermembrane lipid transfer / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane / Intermembrane transport protein YebT
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Isom GL / Coudray N
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
Other privateDFS-20-16 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: LetB Structure Reveals a Tunnel for Lipid Transport across the Bacterial Envelope.
著者: Georgia L Isom / Nicolas Coudray / Mark R MacRae / Collin T McManus / Damian C Ekiert / Gira Bhabha /
要旨: Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate ...Gram-negative bacteria are surrounded by an outer membrane composed of phospholipids and lipopolysaccharide, which acts as a barrier and contributes to antibiotic resistance. The systems that mediate phospholipid trafficking across the periplasm, such as MCE (Mammalian Cell Entry) transporters, have not been well characterized. Our ~3.5 Å cryo-EM structure of the E. coli MCE protein LetB reveals an ~0.6 megadalton complex that consists of seven stacked rings, with a central hydrophobic tunnel sufficiently long to span the periplasm. Lipids bind inside the tunnel, suggesting that it functions as a pathway for lipid transport. Cryo-EM structures in the open and closed states reveal a dynamic tunnel lining, with implications for gating or substrate translocation. Our results support a model in which LetB establishes a physical link between the two membranes and creates a hydrophobic pathway for the translocation of lipids across the periplasm.
履歴
登録2019年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6v0f
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20996.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4 (rings 2 to 4, after masking and signal subtraction in Relion)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 280 pix.
= 366.8 Å		1.31 Å/pix.
x 280 pix.
= 366.8 Å		1.31 Å/pix.
x 280 pix.
= 366.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.2867189 - 0.5293804
平均 (標準偏差)0.00010996487 (±0.00885437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 366.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.800366.800366.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.2870.5290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4

全体名称: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4
要素
  • 複合体: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4
    • タンパク質・ペプチド: Intermembrane transport protein YebT

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超分子 #1: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4

超分子名称: Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Map 4, Model 4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cryo-EM reconstruction of rings 2 to 4, class 2.2.1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 560 KDa

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分子 #1: Intermembrane transport protein YebT

分子名称: Intermembrane transport protein YebT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 89.744031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GNTVTIDFMS ADGIVPGRTP VRYQGVEVGT VQDISLSDDL RKIEVKVSIK SDMKDALREE TQFWLVTPKA SLAGVSGLDA LVGGNYIGM MPGKGKEQDH FVALDTQPKY RLDNGDLMIH LQAPDLGSLN SGSLVYFRKI PVGKVYDYAI NPNKQGVVID V LIERRFTD ...文字列:
GNTVTIDFMS ADGIVPGRTP VRYQGVEVGT VQDISLSDDL RKIEVKVSIK SDMKDALREE TQFWLVTPKA SLAGVSGLDA LVGGNYIGM MPGKGKEQDH FVALDTQPKY RLDNGDLMIH LQAPDLGSLN SGSLVYFRKI PVGKVYDYAI NPNKQGVVID V LIERRFTD LVKKGSRFWN VSGVDANVSI SGAKVKLESL AALVNGAIAF DSPEESKPAE AEDTFGLYED LAHSQRGVII KL ELPSGAG LTADSTPLMY QGLEVGQLTK LDLNPGGKVT GEMTVDPSVV TLLRENTRIE LRNPKLSLSD ANLSALLTGK TFE LVPGDG EPRKEFVVVP GEKALLHEPD VLTLTLTAPE SYGIDAGQPL ILHGVQVGQV IDRKLTSKGV TFTVAIEPQH RELV KGDSK FVVNSRVDVK VGLDGVEFLG ASASEWINGG IRILPGDKGE MKASYPLYAN LEKALENSLS DLPTTTVSLS AETLP DVQA GSVVLYRKFE VGEVITVRPR ANAFDIDLHI KPEYRNLLTS NSVFWAEGGA KVQLNGSGLT VQASPLSRAL KGAISF DNL SGASASQRKG DKRILYASET AARAVGGQIT LHAFDAGKLA VGMPIRYLGI DIGQIQTLDL ITARNEVQAK AVLYPEY VQ TFARGGTRFS VVTPQISAAG VEHLDTILQP YINVEPGRGN PRRDFELQEA TITDSRYLDG LSIIVEAPEA GSLGIGTP V LFRGLEVGTV TGMTLGTLSD RVMIAMRISK RYQHLVRNNS VFWLASGYSL DFGLTGGVVK TGTFNQFIRG GIAFATPPG TPLAPKAQEG KHFLLQESEP KEWREWGTAL PK

UniProtKB: Intermembrane transport protein YebT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4906 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 731231
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8611

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 144219
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 110000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: Classification of signal subtracted density maps of rings 2 to 4

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5uw2


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6v0f:
Lipophilic Envelope-spanning Tunnel B (LetB), Model 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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