[日本語] English
万見
- EMDB-20963: The structure of a red shifted photosystem I complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20963
タイトルThe structure of a red shifted photosystem I complex
マップデータCryo EM map of a red shifted PSI from Synechocystis sp. PCC 6803
試料
  • 複合体: PSI
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 9種
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity ...plasma membrane-derived photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) / Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Toporik H / Williams D / Chiu PL / Mazor Y
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The structure of a red-shifted photosystem I reveals a red site in the core antenna.
著者: Hila Toporik / Anton Khmelnitskiy / Zachary Dobson / Reece Riddle / Dewight Williams / Su Lin / Ryszard Jankowiak / Yuval Mazor /
要旨: Photosystem I coordinates more than 90 chlorophylls in its core antenna while achieving near perfect quantum efficiency. Low energy chlorophylls (also known as red chlorophylls) residing in the ...Photosystem I coordinates more than 90 chlorophylls in its core antenna while achieving near perfect quantum efficiency. Low energy chlorophylls (also known as red chlorophylls) residing in the antenna are important for energy transfer dynamics and yield, however, their precise location remained elusive. Here, we construct a chimeric Photosystem I complex in Synechocystis PCC 6803 that shows enhanced absorption in the red spectral region. We combine Cryo-EM and spectroscopy to determine the structurefunction relationship in this red-shifted Photosystem I complex. Determining the structure of this complex reveals the precise architecture of the low energy site as well as large scale structural heterogeneity which is probably universal to all trimeric Photosystem I complexes. Identifying the structural elements that constitute red sites can expand the absorption spectrum of oxygenic photosynthetic and potentially modulate light harvesting efficiency.
履歴
登録2019年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2020年11月4日-
現状2020年11月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uzv
  • 表面レベル: 0.0187
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20963.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo EM map of a red shifted PSI from Synechocystis sp. PCC 6803
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0187 / ムービー #1: 0.0187
最小 - 最大-0.13078828 - 0.22901857
平均 (標準偏差)0.00019631287 (±0.0064786347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 325.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z310310310
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z325.500325.500325.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ310310310
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS310310310
D min/max/mean-0.1310.2290.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : PSI

全体名称: PSI
要素
  • 複合体: PSI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 2
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CALCIUM ION

+
超分子 #1: PSI

超分子名称: PSI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11 / 詳細: PSI from cyanobacteria
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 83.036398 KDa
配列文字列: MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM ...文字列:
MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM AALMLFAGWF HYHVKAPKLE WFQNVESMMN HHLAGLLGLG SLGWAGHQIH VSMPINKLLD AGVAPKDIPL PH EFILEPS KMAELYPSFA QGLTPFFTLN WGVYSDFLTF KGGLNPVTGG LWLSDTAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNWGI GHS MKEILE AHKGPFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL ALLGSLTIIV AQHMYAMPPY PYQAIDYATQ LSLFTHHMWI GGFL IVGAG AHGAIFMVRD YDPAKNVNNL LDRMLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMRALG RPQDMFSDTA IQLQP IFAQ WVQHLHTLAP GATAPNALAT ASYAFGGETI AVAGKVAMMP ITLGTADFMV HHIHAFTIHV TALILLKGVL YARSSR LVP DKANLGFRFP CDGPGRGGTC QVSGWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVSP DGSVTHVTLG NFAQSAI TI NGWLRDFLWA QAANVINSYG SALSAYGIMF LAGHFVFAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLNVAPA IQPRALSI I QGRAVGVAHY LLGGIVTTWA FFLARSLSIG

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
分子量理論値: 81.971188 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLVHVA IPEARGQHVG WDNFLSTPPH PAGLMPFFTG NWGVYAADPD TA GHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDIAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNWGI GHSIKEILNA HKGPLTGAGH TNL YDTINN SLHFQLGLAL ASLGVITSLV AQHMYSLPSY AFIAQDHTTQ AALYTHHQYI AGFLMVGAFA HGAIFFVRDY DPVA NKDNV LARMLEHKEA LISHLSWVSL FLGFHTLGLY VHNDVVVAFG TPEKQILIEP VFAQWIQATS GKALYGFDVL LSNPD SIAS TAWPNYGNVW LPGWLDAINS GTNSLFLTIG PGDFLVHHAI ALGLHTTALI LIKGALDARG SKLMPDKKDF GYSFPC DGP GRGGTCDISA WDAFYLAMFW MLNTLGWLTF YWHWKHLGVW SGNVAQFNEN STYLMGWFRD YLWANSAQLI NGYNPYG VN NLSVWAWMFL FGHLVWATGF MFLISWRGYW QELIETIVWA HERTPLANLV RWKDKPVALS IVQARLVGLA HFTVGYVL T YAAFLIASTA GKFG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 8.837261 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAAQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 15.663749 KDa
配列文字列:
MTELSGQPPK FGGSTGGLLS KANREEKYAI TWTSASEQVF EMPTGGAAIM NEGENLLYLA RKEQCLALGT QLRTKFKPKI QDYKIYRVY PSGEVQYLHP ADGVFPEKVN EGREAQGTKT RRIGQNPEPV TIKFSGKAPY EV

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 8.154086 KDa
配列文字列:
MALNRGDKVR IKRTESYWYG DVGTVASVEK SGILYPVIVR FDRVNYNGFS GSASGVNTNN FAENELELVQ AAAK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 18.267082 KDa
配列文字列:
MKHLLALLLA FTLWFNFAPS ASADDFANLT PCSENPAYLA KSKNFLNTTN DPNSGKIRAE RYASALCGPE GYPHLIVDGR FTHAGDFLI PSILFLYIAG WIGWVGRSYL IEIRESKNPE MQEVVINVPL AIKKMLGGFL WPLAAVGEYT SGKLVMKDSE I PTSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.414148 KDa
配列文字列:
MDGSYAASYL PWILIPMVGW LFPAVTMGLL FIHIESEGEG

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.535415 KDa
配列文字列:
MDGLKSFLST APVMIMALLT FTAGILIEFN RFYPDLLFHP

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 16.631795 KDa
配列文字列:
MAESNQVVQA YNGDPFVGHL STPISDSAFT RTFIGNLPAY RKGLSPILRG LEVGMAHGYF LIGPWTLLGP LRDSEYQYIG GLIGALALI LVATAALSSY GLVTFQGEQG SGDTLQTADG WSQFAAGFFV GGMGGAFVAY FLLENLSVVD GIFRGLFN

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 3.382063 KDa
配列文字列:
MALSDTQILA ALVVALLPAF LAFRLSTELY K

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit PsaK 2

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 9.312122 KDa
配列文字列:
MFNTALLLAQ ASPTTAGWSL SVGIIMCLCN VFAFVIGYFA IQKTGKGKDL ALPQLASKKT FGLPELLATM SFGHILGAGM VLGLASSGI L

+
分子 #12: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 12 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 288 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #15: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #17: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 69 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 12 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #19: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #20: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 972010
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: 3 / 使用した粒子像数: 196181
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5oy0


6kig

chain_id: K
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6uzv:
The structure of a red shifted photosystem I complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る