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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20952 | |||||||||
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タイトル | K.lactis 80S ribosome with p/PE tRNA and eIF5B | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | translation / ribosome / initiation / eIF5B | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to cycloheximide / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...response to cycloheximide / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Kluyveromyces lactis (酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Fernandez IS / Huang BY | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Long-range interdomain communications in eIF5B regulate GTP hydrolysis and translation initiation. 著者: Bridget Y Huang / Israel S Fernández / 要旨: Translation initiation controls protein synthesis by regulating the delivery of the first aminoacyl-tRNA to messenger RNAs (mRNAs). In eukaryotes, initiation is sophisticated, requiring dozens of ...Translation initiation controls protein synthesis by regulating the delivery of the first aminoacyl-tRNA to messenger RNAs (mRNAs). In eukaryotes, initiation is sophisticated, requiring dozens of protein factors and 2 GTP-regulated steps. The GTPase eIF5B gates progression to elongation during the second GTP-regulated step. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM), we imaged an in vitro initiation reaction which is set up with purified yeast components and designed to stall with eIF5B and a nonhydrolyzable GTP analog. A high-resolution reconstruction of a "dead-end" intermediate at 3.6 Å allowed us to visualize eIF5B in its ribosome-bound conformation. We identified a stretch of residues in eIF5B, located close to the γ-phosphate of GTP and centered around the universally conserved tyrosine 837 ( numbering), that contacts the catalytic histidine of eIF5B (H480). Site-directed mutagenesis confirmed the essential role that these residues play in regulating ribosome binding, GTP hydrolysis, and translation initiation both in vitro and in vivo. Our results illustrate how eIF5B transmits the presence of a properly delivered initiator aminoacyl-tRNA at the P site to the distant GTPase center through interdomain communications and underscore the importance of the multidomain architecture in translation factors to sense and communicate ribosomal states. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20952.map.gz | 227.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20952-v30.xml emd-20952.xml | 100.1 KB 100.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20952.png | 165.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20952.cif.gz | 19.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20952 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20952_validation.pdf.gz | 718.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20952_full_validation.pdf.gz | 718.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20952_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20952_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20952 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with eIF5B
+超分子 #1: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with eIF5B
+分子 #1: 25S ribosomal RNA
+分子 #2: RNA (121-MER)
+分子 #3: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #81: 18S ribosomal RNA
+分子 #83: RNA (76-MER)
+分子 #4: KLLA0D16027p
+分子 #5: 60S ribosomal protein L3
+分子 #6: KLLA0B07139p
+分子 #7: KLLA0D06941p
+分子 #8: KLLA0B04686p
+分子 #9: KLLA0D03410p
+分子 #10: KLLA0E00573p
+分子 #11: KLLA0F04499p
+分子 #12: KLLA0D05643p
+分子 #13: KLLA0F08261p
+分子 #14: 60S ribosomal protein L13
+分子 #15: KLLA0B13409p
+分子 #16: Ribosomal protein L15
+分子 #17: KLLA0F04675p
+分子 #18: KLLA0A06336p
+分子 #19: KLLA0A07227p
+分子 #20: KLLA0E12453p
+分子 #21: 60S ribosomal protein L20
+分子 #22: KLLA0E23651p
+分子 #23: KLLA0D05181p
+分子 #24: KLLA0E06997p
+分子 #25: 60S ribosomal protein L24
+分子 #26: 60S ribosomal protein L25
+分子 #27: KLLA0B05742p
+分子 #28: KLLA0E03455p
+分子 #29: RPL28
+分子 #30: 60S ribosomal protein L29
+分子 #31: 60S ribosomal protein L30
+分子 #32: KLLA0B02937p
+分子 #33: KLLA0E06843p
+分子 #34: KLLA0D07405p
+分子 #35: KLLA0C08371p
+分子 #36: KLLA0F05247p
+分子 #37: 60S ribosomal protein L36
+分子 #38: Ribosomal protein L37
+分子 #39: KLLA0C18216p
+分子 #40: 60S ribosomal protein L39
+分子 #41: Ubiquitin fusion protein
+分子 #42: 60S ribosomal protein L41
+分子 #43: 60S ribosomal protein L44
+分子 #44: KLLA0E05941p
+分子 #45: Ribosomal protein
+分子 #46: 60S acidic ribosomal protein P0
+分子 #47: GDPCP
+分子 #48: 40S ribosomal protein S0
+分子 #49: 40S ribosomal protein S1
+分子 #50: KLLA0F09812p
+分子 #51: KLLA0D08305p
+分子 #52: 40S ribosomal protein S4
+分子 #53: KLLA0D10659p
+分子 #54: 40S ribosomal protein S6
+分子 #55: 40S ribosomal protein S7
+分子 #56: 40S ribosomal protein S8
+分子 #57: KLLA0E23673p
+分子 #58: KLLA0B08173p
+分子 #59: KLLA0A10483p
+分子 #60: 40S ribosomal protein S12
+分子 #61: KLLA0F18040p
+分子 #62: 40S ribosomal protein S14
+分子 #63: KLLA0F07843p
+分子 #64: 40S ribosomal protein S16
+分子 #65: KLLA0B01474p
+分子 #66: KLLA0B01562p
+分子 #67: KLLA0A07194p
+分子 #68: KLLA0F25542p
+分子 #69: 40S ribosomal protein S21
+分子 #70: 40S ribosomal protein S22
+分子 #71: RPS23
+分子 #72: 40S ribosomal protein S24
+分子 #73: 40S ribosomal protein S25
+分子 #74: 40S ribosomal protein S26
+分子 #75: 40S ribosomal protein S27
+分子 #76: 40S ribosomal protein S28
+分子 #77: 40S ribosomal protein S29
+分子 #78: 40S ribosomal protein S30
+分子 #79: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
+分子 #80: KLLA0E12277p
+分子 #82: KLLA0F23265p
+分子 #84: ZINC ION
+分子 #85: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |