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- EMDB-2094: Central hub structure of Trichonympha cartwheel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2094
タイトルCentral hub structure of Trichonympha cartwheel
マップデータReconstruction of the central hub (cartwheel component)
試料
  • 試料: Trichonympha central hub, central part of the Basal body cartwheel
  • 細胞器官・細胞要素: Centriole
キーワードcentriole / cartwheel / basal body
生物種Trichonympha (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 45.0 Å
データ登録者Guichard P / Desfosses A / Maheshwari A / Hachet V / Dietrich C / Brune A / Ishikawa T / Sachse C / Gonczy P
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Cartwheel architecture of Trichonympha basal body.
著者: Paul Guichard / Ambroise Desfosses / Aditi Maheshwari / Virginie Hachet / Carsten Dietrich / Andreas Brune / Takashi Ishikawa / Carsten Sachse / Pierre Gönczy /
要旨: Centrioles and basal bodies are essential for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. They exhibit a characteristic ninefold symmetry imparted by a cartwheel thought to contain rings of ...Centrioles and basal bodies are essential for the formation of cilia, flagella, and centrosomes. They exhibit a characteristic ninefold symmetry imparted by a cartwheel thought to contain rings of SAS-6 proteins. We used cryoelectron tomography to investigate the architecture of the exceptionally long cartwheel of the flagellate Trichonympha. We found that the cartwheel is a stack of central rings that exhibit a vertical periodicity of 8.5 nanometers and is able to accommodate nine SAS-6 homodimers. The spokes that emanate from two such rings associate into a layer, with a vertical periodicity of 17 nanometers on the cartwheel margin. Thus, by using the power of biodiversity, we unveiled the architecture of the cartwheel at the root of the ninefold symmetry of centrioles and basal bodies.
履歴
登録2012年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月19日-
マップ公開2012年9月19日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2094.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2094.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the central hub (cartwheel component)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.07 Å/pix.
x 100 pix.
= 707. Å		7.07 Å/pix.
x 100 pix.
= 707. Å		7.07 Å/pix.
x 100 pix.
= 707. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.05694 - 0.06882826
平均 (標準偏差)0.00019145 (±0.01341766)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 707.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.077.077.07
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z707.000707.000707.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0570.0690.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trichonympha central hub, central part of the Basal body cartwheel

全体名称: Trichonympha central hub, central part of the Basal body cartwheel
要素
  • 試料: Trichonympha central hub, central part of the Basal body cartwheel
  • 細胞器官・細胞要素: Centriole

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超分子 #1000: Trichonympha central hub, central part of the Basal body cartwheel

超分子名称: Trichonympha central hub, central part of the Basal body cartwheel
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Centriole

超分子名称: Centriole / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Basal body / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Trichonympha (真核生物) / Organelle: Basal body

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液詳細: K-Pipes 10 mM
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
日付2011年7月1日
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細414 original images (before symmetrization) were included in the final reconstruction. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 414.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 45.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, himpose, SPIDER

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3q0x

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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