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万見
- EMDB-2088: Structures from COPI-coated vesicles: paired two-corner connection -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2088
タイトルStructures from COPI-coated vesicles: paired two-corner connection
マップデータReconstruction of a paired two-corner connection
試料
  • 試料: paired two-corner connection
  • 細胞器官・細胞要素: liposome membrane
  • タンパク質・ペプチド: Coatomer complex
  • タンパク質・ペプチド: Arf1
キーワードCOPI-coated vesicles / subtomogram averaging / membrane trafficking / protein coat / coatomer / COPI
生物種unidentified (未定義) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Faini M / Prinz S / Beck R / Schorb M / Riches JD / Bacia K / Brugger B / Wieland FT / Briggs JAG
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: The structures of COPI-coated vesicles reveal alternate coatomer conformations and interactions.
著者: Marco Faini / Simone Prinz / Rainer Beck / Martin Schorb / James D Riches / Kirsten Bacia / Britta Brügger / Felix T Wieland / John A G Briggs /
要旨: Transport between compartments of eukaryotic cells is mediated by coated vesicles. The archetypal protein coats COPI, COPII, and clathrin are conserved from yeast to human. Structural studies of ...Transport between compartments of eukaryotic cells is mediated by coated vesicles. The archetypal protein coats COPI, COPII, and clathrin are conserved from yeast to human. Structural studies of COPII and clathrin coats assembled in vitro without membranes suggest that coat components assemble regular cages with the same set of interactions between components. Detailed three-dimensional structures of coated membrane vesicles have not been obtained. Here, we solved the structures of individual COPI-coated membrane vesicles by cryoelectron tomography and subtomogram averaging of in vitro reconstituted budding reactions. The coat protein complex, coatomer, was observed to adopt alternative conformations to change the number of other coatomers with which it interacts and to form vesicles with variable sizes and shapes. This represents a fundamentally different basis for vesicle coat assembly.
履歴
登録2012年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年5月17日-
マップ公開2012年5月25日-
更新2012年8月29日-
現状2012年8月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.502
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.502
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2088.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a paired two-corner connection
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.94 Å/pix.
x 140 pix.
= 691.6 Å		4.94 Å/pix.
x 140 pix.
= 691.6 Å		4.94 Å/pix.
x 140 pix.
= 691.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.502 / ムービー #1: 0.502
最小 - 最大0.0 - 1.0
平均 (標準偏差)0.34846309 (±0.07484925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 691.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.944.944.94
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z691.600691.600691.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean0.0001.0000.348

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : paired two-corner connection

全体名称: paired two-corner connection
要素
  • 試料: paired two-corner connection
  • 細胞器官・細胞要素: liposome membrane
  • タンパク質・ペプチド: Coatomer complex
  • タンパク質・ペプチド: Arf1

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超分子 #1000: paired two-corner connection

超分子名称: paired two-corner connection / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3

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超分子 #1: liposome membrane

超分子名称: liposome membrane / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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分子 #1: Coatomer complex

分子名称: Coatomer complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: COPI / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse
分子量理論値: 560 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)

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分子 #2: Arf1

分子名称: Arf1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast
分子量理論値: 20 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Hepes , 50 mM KOAc, 1 mM MgCl2
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with holey carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: OTHER / 手法: Hand plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 90 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF 2000
日付2011年5月6日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 60 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.3 µm / 倍率（公称値）: 27500
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細CTF correction was performed. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 41. Average tomographic tilt angle increment: 3.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, TOM, package, Matlab
CTF補正詳細: CTF multiplication

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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