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万見
- EMDB-9050: In situ structure of transcriptional enzyme complex and asymmetri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9050
タイトルIn situ structure of transcriptional enzyme complex and asymmetric inner capsid protein of aquareovirus at primed state
マップデータGrass Carp reovirus TEC structure at primed state
試料transcriptional enzyme complex and asymmetric inner capsid protein != Grass carp reovirus

transcriptional enzyme complex and asymmetric inner capsid protein

  • ウイルス: Grass carp reovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: Putative core protein NTPase/VP5
    • タンパク質・ペプチド: VP3
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral inner capsid / host cytoskeleton / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase ...viral inner capsid / host cytoskeleton / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / C2H2-type zinc finger / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / C2H2-type zinc finger / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative core protein NTPase/VP5 / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Grass carp reovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ding K / Zhou ZH
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2018
タイトル: Structures of the Polymerase Complex and RNA Genome Show How Aquareovirus Transcription Machineries Respond to Uncoating.
著者: Ke Ding / Lisa Nguyen / Z Hong Zhou /
要旨: Reoviruses carry out genomic RNA transcription within intact viruses to synthesize plus-sense RNA strands, which are capped prior to their release as mRNA. The structures of the transcriptional ...Reoviruses carry out genomic RNA transcription within intact viruses to synthesize plus-sense RNA strands, which are capped prior to their release as mRNA. The structures of the transcriptional enzyme complex (TEC) containing the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and NTPase are known for the single-layered reovirus cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV), but not for multilayered reoviruses, such as aquareoviruses (ARV), which possess a primed stage that CPV lacks. Consequently, how the RNA genome and TEC respond to priming in reoviruses is unknown. Here, we determined the near-atomic-resolution asymmetric structure of ARV in the primed state by cryo-electron microscopy (cryo-EM), revealing the structures of 11 TECs inside each capsid and their interactions with the 11 surrounding double-stranded RNA (dsRNA) genome segments and with the 120 enclosing capsid shell protein (CSP) VP3 subunits. The RdRp VP2 and the NTPase VP4 associate with each other and with capsid vertices; both bind RNA in multiple locations, including a novel C-terminal domain of VP4. Structural comparison between the primed and quiescent states showed translocation of the dsRNA end from the NTPase to the RdRp during priming. The RNA template channel was open in both states, suggesting that channel blocking is not a regulating mechanism between these states in ARV. Instead, the NTPase C-terminal domain appears to regulate RNA translocation between the quiescent and primed states. Taking the data together, dsRNA viruses appear to have adapted divergent mechanisms to regulate genome transcription while retaining similar mechanisms to coassemble their genome segments, TEC, and capsid proteins into infectious virions. Viruses in the family are characterized by the ability to endogenously synthesize nascent RNA within the virus. However, the mechanisms for assembling their RNA genomes with transcriptional enzymes into a multilayered virion and for priming such a virion for transcription are poorly understood. By cryo-EM and novel asymmetric reconstruction, we determined the atomic structure of the transcription complex inside aquareoviruses (ARV) that are primed for infection. The transcription complex is anchored by the N-terminal segments of enclosing capsid proteins and contains an NTPase and a polymerase. The NTPase has a newly discovered domain that translocates the 5' end of plus-sense RNA in segmented dsRNA genomes from the NTPase to polymerase VP2 when the virus changes from the inactive (quiescent) to the primed state. Conformation changes in capsid proteins and transcriptional complexes suggest a mechanism for relaying information from the outside to the inside of the virus during priming.
履歴
登録2018年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月5日-
マップ公開2018年9月5日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6m99
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6m99
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9050.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Grass Carp reovirus TEC structure at primed state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0194 / ムービー #1: 0.0194
最小 - 最大-0.050881516 - 0.102366626
平均 (標準偏差)0.0029607322 (±0.013269705)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 399.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.000399.000399.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0510.1020.003

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添付データ

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追加マップ: True asymmetric reconstruction

ファイルemd_9050_additional.map
注釈True asymmetric reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : transcriptional enzyme complex and asymmetric inner capsid protein

全体名称: transcriptional enzyme complex and asymmetric inner capsid protein
要素
  • ウイルス: Grass carp reovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: Putative core protein NTPase/VP5
    • タンパク質・ペプチド: VP3
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Grass carp reovirus

超分子名称: Grass carp reovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 128987 / 生物種: Grass carp reovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)

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分子 #1: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 141.685438 KDa
配列文字列: MEELFNALPQ PLQQLSLALA GEIPLTDHIF EQAASTWHVQ PRSLTYKLLD HIPFATPVVV PPSIYHSLDW SKCFAVNQDR VERIPTIDN PDDVYVPNSD IGPLLTSLHT IPDYGFLHPT IENDATTLRA ERARCASTFY KIASSQARQV KLDPIRMLGF L LLVQARPR ...文字列:
MEELFNALPQ PLQQLSLALA GEIPLTDHIF EQAASTWHVQ PRSLTYKLLD HIPFATPVVV PPSIYHSLDW SKCFAVNQDR VERIPTIDN PDDVYVPNSD IGPLLTSLHT IPDYGFLHPT IENDATTLRA ERARCASTFY KIASSQARQV KLDPIRMLGF L LLVQARPR VPSGLVTDQP TRRDPTLSPA LHAIWQVMQY YKVAGVYYAP ALVVPSGAIW WIPPPGKRNV VSVQYLLTDL IS LAILAHM TDMSPTLELT GVLMYLRAAS SHSYAYTLLQ MKSVFPALSL RSMYRNKGFG GKAPAIEWTE PRSKYKFRWT GVT QLHDGL RPRSPSMDVP TLETLAKYEL VDIGHTIIRE RNAHPQHNHD SVRFVRDVMA LTSGMYLVRQ PTMSVLREYS QVPD IKDPI PPSAWTGPIG NVRYLLPSVQ GPARHLYDTW RAAARQIAQD PQWHDPLNQA IMRAQYVTAR GGSSASLKFA LKVTG IVLP EYDDSKVKKS SKIYQAAQIA RIAFMLLIAA IHAEVTMGIR NQVQRRARSI MPLNVIQQAI SAPHTLVANY INKHMN LST TSGSVVTDKV IPLILYASTP PNTVVNVDIK ACDASITYNY FLSVICGAMH EGFEVGNADA AFMGVPSTIV SDRRSPV AP YSRPISGLQT MVQHLADLYA AGFRYSVSDA FSSGNKFSFP TSTFPSGSTA TSTEHTANNS TMMEYFLNVH APSHVKSA S LKRILTDMTI QRNYVCQGDD GILLLPHEAA SKISADDMNE LLTCLRDYGQ LFGWNYDIDW SDTAEYLKLY ALMGCRIPN TSRHPPVGKE YAAPQTDEIW PSLIDIVIGH HLNGVTDVLN WREWLRFSWA FACYSSRGGY TNPRGQSFSA QYPWWTFVYL GIPPILLPG QTPFIHSCYM PPGDQGMFSI LNGWRDWLIS HASTTLPPLR HNHPVWGLSD VPSLLSQFGV YAGYHAAQHY R RPKPAPET ASSDSINQIT SDLTEYLFYD SALKARVMKG RYNWERLSSS LSLNVGSRVP SLFDVPGKWV AAGRDAEKPP PS SVEDMFT SLNRCIRRPT HSFSRLLELY LRVHVALGES IPLAIDPDVP QVAGADPAND DHWFKYTCLG DIPSATRNYF GES LFVGRV VSGLDVEAVD ATLLRLKILG APPEAFIAVL NGIGMSDSEA HQIAGRISLA NAQLVQIARV VHLSIPSSWM TLNT GPYIH HHAYDFKPGI TQPSAKSRDK SIWMSPILKL LCTSYAMTVA GPVRTSIVTE IDGSAAALSG NLRVWMRDV

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分子 #2: Putative core protein NTPase/VP5

分子名称: Putative core protein NTPase/VP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 80.381516 KDa
配列文字列: MITIVVIPTA HFSWTDTNFL NSVDYRLTSQ PKIRDRFAVY APGWLRRQLD EFSASLTASE LLQALQTIPI PVKARCLLLP KPKRFAQWL LDVPSANIWH IPVTTLRATV ASKHPSSDVY NYIPDHVPPN AEFDTVTRRV AAGRDIYVRS TKVIGAPLCL A APAKYYAG ...文字列:
MITIVVIPTA HFSWTDTNFL NSVDYRLTSQ PKIRDRFAVY APGWLRRQLD EFSASLTASE LLQALQTIPI PVKARCLLLP KPKRFAQWL LDVPSANIWH IPVTTLRATV ASKHPSSDVY NYIPDHVPPN AEFDTVTRRV AAGRDIYVRS TKVIGAPLCL A APAKYYAG YLSTHQLDGI YPENWAPDNF HKREFCLTIL PSLLGPRTFL LDVDADRDAS YPLSVLWPQL RALALKSRLL LP PVALLRR VVDPGLKPTW SADSDAAFRA LRLSRPSSAS KPVGFDFSAL PVVDIICLLE SEPDDHGRIA PGTRLTIHSV PTD LLTSLS IQEGVRYPLR QESGMFVHWV LLALLMSDDV TISGTRRSVK LETAHASARP FVHITVERCA SARIIDVRGS PAMY ANAVC LTLPKGSYKS TIIDTLPAMF SDLPILEQAA VIDSDALGDS LRPSFETQFL ERLENLDPNL LDRAVASILS PTSDT SDDA VTTVLDAFNA LYREIMTPAQ RARLPLLTQQ GRVLAFAHSD YELLSANIPI QVVRGSIPID HVVNLLARRN RVGGTA LQV LLDYCYRTQA SPLAPTPAGR LYKQLFGPWL MVPRLSEPLI KLRLVASAPA KVLRAAGWTI DGDPPLEVSC LCAYVTD RA AATALIERRL DSRALVTVGG DQLMFVEYAP PLPLVSIPRT FLLPVTYVVH WVPPQRVLLN GGNVSFTSGL EWTFDDDP Q VVTSTGV

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 132.203312 KDa
配列文字列: MPRRSARKAQ SAIASPADTN VVPAKDAPTT NSPPSTTSPN QAAADANQQQ AGIVSSQSGP NAVGDSAPSS SVNNDGDIIT RPTSDSIAA VANATKPAAV VSDPQSMKVT PIVNPSSYVC NVCNARFSTM SALSEHLRSD HRDDASTLLA TPMINNAIRS F LTAWDDIR ...文字列:
MPRRSARKAQ SAIASPADTN VVPAKDAPTT NSPPSTTSPN QAAADANQQQ AGIVSSQSGP NAVGDSAPSS SVNNDGDIIT RPTSDSIAA VANATKPAAV VSDPQSMKVT PIVNPSSYVC NVCNARFSTM SALSEHLRSD HRDDASTLLA TPMINNAIRS F LTAWDDIR ILSPDVSSKS LSAYLDSAVA NGPELIIEDT GLCTSFMLLD NIPSAHLTKE LIGFTWFMQM YQMTPPLPEG AV NRIVCMT NWASLGDEGR GLEVRLPPPT DSSVHAYKTV LSRGYIDNAQ FNPLALRSNV LLMLLQFTLS NLKINKSSTF TSD VTTITS GRMIRAFEGR PELLALAYPG RAVLPTQTKN AQFLSTAIAD RIGRLDRANL IGGEVSAMVE CMELCDALTL HIRE TYIML LRSMHQDPTQ IVQIVNECAN NLLNSTIPIS LRPTILCPWF ASSEDLRLQQ VMHLVNISSN TAAALPLVEA LSTLL RSVT PLVLDPTVLT NAITTISEST TQTISPISEI LRLLQPMGND YAAFWKCIAS WAYNGLVTTV LSEDAFPDSS QSITHL PSM WKCLFLTLAG PMTSDPHSPV KVFMALANLL AQPEPIAIGV PGMHQTTPAS QFSHPGVWPP GFLNPQLINP QQAPLLR AF AEHIRANWPQ PSEFGYGSTL QGSANLFIPS NRMVYPWPNQ PLPRLTVAPT YDSAMSNWIS TTIAFFIRVV NSVNMTAT V NDLTRRTMTG VMTAMRQVKT MTPFYIQHMC PTELSVLASV TVTPPFQVPF TRLVQNDVIT NVLVARVDPA QRGDAAVDI RATHATFAAA LPVDPAAIVV AMLCGQTETN LIPSHHYGKA FAPLFASNAM FTRNQRAVIT REAFVCARSA VAQCQDAGFL VPRPLDALR QFDVTSAAAA EIMHAVNDAF KTAFDLDGAL LDGLALYGDP RIADLSAAYL QYGGNVVREH VPPGPSHIHR A LQQVESTF MAEMNLFNVA RGNLYLVQTA TNGNWSPMAP VAAPPFVRGG PNVRVVGRFG TIVPRPNGLE PQLIDDGNVP RD IAGDWVY PSDVLQVSVA VFRDYVWPMV KAGRTRVLVE LGHYVYTLHY YDPQISLDEA PILEEWLSKI NPAGIPPVPF CIP IPQVYP CITARRVHYA FTSENNNDSL FSTNAASIDT AFGENAAVSP LRWPGLVDPN YRVGTNDLPN RITLYNSLYR YNFT YPTLD GIMYVRSAT

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分子 #4: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73472
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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