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万見
- EMDB-2057: Cryo-EM structure of HBV T=4 empty Cp183 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2057
タイトルCryo-EM structure of HBV T=4 empty Cp183 capsid
マップデータReconstruction of HBV T=4 empty Cp183 capsid
試料
  • 試料: HBV T=4 empty Cp183 capsid
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
キーワードHBV / Cp183
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Wang JC-Y / Dhasan RS / Zlotnick A
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2012
タイトル: Structural organization of pregenomic RNA and the carboxy-terminal domain of the capsid protein of hepatitis B virus.
著者: Joseph C-Y Wang / Mary S Dhason / Adam Zlotnick /
要旨: The Hepatitis B Virus (HBV) double-stranded DNA genome is reverse transcribed from its RNA pregenome (pgRNA) within the virus core (or capsid). Phosphorylation of the arginine-rich carboxy-terminal ...The Hepatitis B Virus (HBV) double-stranded DNA genome is reverse transcribed from its RNA pregenome (pgRNA) within the virus core (or capsid). Phosphorylation of the arginine-rich carboxy-terminal domain (CTD) of the HBV capsid protein (Cp183) is essential for pgRNA encapsidation and reverse transcription. However, the structure of the CTD remains poorly defined. Here we report sub-nanometer resolution cryo-EM structures of in vitro assembled empty and pgRNA-filled Cp183 capsids in unphosphorylated and phosphorylation-mimic states. In empty capsids, we found unexpected evidence of surface accessible CTD density partially occluding pores in the capsid surface. We also observed that CTD organization changed substantively as a function of phosphorylation. In RNA-filled capsids, unphosphorylated CTDs favored thick ropes of RNA, while the phosphorylation-mimic favored a mesh of thin, high-density strands suggestive of single stranded RNA. These results demonstrate that the CTD can regulate nucleic acid structure, supporting the hypothesis that the HBV capsid has a functional role as a nucleic acid chaperone.
履歴
登録2012年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年3月22日-
マップ公開2013年4月3日-
更新2013年7月24日-
現状2013年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2057.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2057.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 101.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of HBV T=4 empty Cp183 capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 301 pix.
= 446.564 Å		1.48 Å/pix.
x 301 pix.
= 446.564 Å		1.48 Å/pix.
x 301 pix.
= 446.564 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4836 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.36718047 - 3.30588698
平均 (標準偏差)0.05598457 (±0.37999234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ301301301
Spacing301301301
セルA=B=C: 446.5636 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.48360132890371.48360132890371.4836013289037
M x/y/z301301301
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z446.564446.564446.564
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS301301301
D min/max/mean-1.3673.3060.056

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HBV T=4 empty Cp183 capsid

全体名称: HBV T=4 empty Cp183 capsid
要素
  • 試料: HBV T=4 empty Cp183 capsid
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

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超分子 #1000: HBV T=4 empty Cp183 capsid

超分子名称: HBV T=4 empty Cp183 capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量実験値: 5 MDa / 理論値: 5 MDa

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超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HBV Cp183
詳細: Reassembled HBV T=4 empty Cp183 capsid (from E. coli)
NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: HBV Cp183
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 5 MDa / 理論値: 5 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Cp183 / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.24 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 250 mM NaCl, 50 mM HEPES, 2 mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R 2/2 holey carbon 200 mesh copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡JEOL 3200FS
温度平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
日付2010年12月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 594 / 平均電子線量: 14 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.16 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡JEOL 3200FS
温度平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
日付2011年2月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 594 / 平均電子線量: 14 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.16 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle phase-flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3dem / 使用した粒子像数: 27489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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