EMDB-6887: Cryo-EM structure of HBV Cp164 capsid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-6887

タイトル

Cryo-EM structure of HBV Cp164 capsid

マップデータ

HBV capsid assembled from core protein-164

試料

HBV core protein-164 != Hepatitis B virus

HBV core protein-164

ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
- タンパク質・ペプチド: HBV core protein-164

生物種

Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å

データ登録者

He J / Li Z / Gao Y / Yan D / Sun J / Zhang Q / Liu S

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into the Structural Organization of Carboxy-Terminal Domain via Nuclease Sensitivity of Hepatitis B Virus Capsid
著者: He J / Li Z / Gao Y / Yan D / Sun J / Zhang Q / Liu S

履歴

登録	2018年1月12日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2018年5月2日	-
マップ公開	2018年5月2日	-
更新	2018年5月2日	-
現状	2018年5月2日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 55 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 55 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_6887.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_6887.map.gz	228.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-6887-v30.xml emd-6887.xml	8.9 KB 8.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_6887_fsc.xml	16 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_6887.png	325.3 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6887	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6888C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	10802 3015 12252 21653 3267 4416 21252 0271 1969 2057 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_6887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

HBV capsid assembled from core protein-164

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.09 Å/pix. x 400 pix. = 436. Å	1.09 Å/pix. x 400 pix. = 436. Å	1.09 Å/pix. x 400 pix. = 436. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.09 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 55. / ムービー #1: 55
最小 - 最大	-121.608270000000005 - 191.98429999999999
平均 (標準偏差)	0.3913985 (±16.456509)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	28	28	28
サイズ	400	400	400
Spacing	400	400	400

セル

A=B=C: 436.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.09	1.09	1.09
M x/y/z	400	400	400
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	436.000	436.000	436.000
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	28	28	28
NC/NR/NS	400	400	400
D min/max/mean	-121.608	191.984	0.391

-
全体 : HBV core protein-164

全体	名称: HBV core protein-164
要素	ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) タンパク質・ペプチド: HBV core protein-164

-
超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子	名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Host system	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: HBV core protein-164

分子	名称: HBV core protein-164 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) / 株: adr
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: MDIDPYKEFG ASVELLSFLP SDFFPSIRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMNLAT WVGSNLEDPA SRELVVSYVN VNMGLKIRQL LWFHISCLTF GRETVLEYLV SFGVWIRTPP AYRPPNAPIL STLPETTVVR RRGRSPRRRT PSPR

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	15 mg/mL
緩衝液	pH: 7.4
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TECNAI 20
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17436
初期角度割当	タイプ: COMMON LINE
最終角度割当	タイプ: COMMON LINE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化	プロトコル: FLEXIBLE FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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