[日本語] English
万見
- EMDB-20516: Set2 bound to nucleosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20516
タイトルSet2 bound to nucleosome
マップデータNucleosome
試料
  • 複合体: Nucleosome
    • 複合体: Histone H3, Histone H4, Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A, Histone H2B 1.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (149-MER)
      • DNA: DNA (149-MER)
キーワードSet2 / nucleosome / chromatin / KMT / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit export from nucleus / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit ...ribosomal large subunit export from nucleus / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Ubiquitin domain signature. / Histone H2A/H2B/H3 / Ubiquitin conserved site / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Ubiquitin domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone H2B 1.1 / Histone H3.3C / Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein / Histone H4 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Halic M / Bilokapic S
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Nucleosome and ubiquitin position Set2 to methylate H3K36.
著者: Silvija Bilokapic / Mario Halic /
要旨: Histone H3 lysine 36 methylation (H3K36me) is a conserved histone modification deposited by the Set2 methyltransferases. Recent findings show that over-expression or mutation of Set2 enzymes promotes ...Histone H3 lysine 36 methylation (H3K36me) is a conserved histone modification deposited by the Set2 methyltransferases. Recent findings show that over-expression or mutation of Set2 enzymes promotes cancer progression, however, mechanisms of H3K36me are poorly understood. Set2 enzymes show spurious activity on histones and histone tails, and it is unknown how they obtain specificity to methylate H3K36 on the nucleosome. In this study, we present 3.8 Å cryo-EM structure of Set2 bound to the mimic of H2B ubiquitinated nucleosome. Our structure shows that Set2 makes extensive interactions with the H3 αN, the H3 tail, the H2A C-terminal tail and stabilizes DNA in the unwrapped conformation, which positions Set2 to specifically methylate H3K36. Moreover, we show that ubiquitin contributes to Set2 positioning on the nucleosome and stimulates the methyltransferase activity. Notably, our structure uncovers interfaces that can be targeted by small molecules for development of future cancer therapies.
履歴
登録2019年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年8月28日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6px1
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20516.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20516.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nucleosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.03 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.1136145 - 0.21576296
平均 (標準偏差)0.00037532378 (±0.007074301)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.600249.600249.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-13-52-30
NX/NY/NZ576659
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1140.2160.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Nucleosome

全体名称: Nucleosome
要素
  • 複合体: Nucleosome
    • 複合体: Histone H3, Histone H4, Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A, Histone H2B 1.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (149-MER)
      • DNA: DNA (149-MER)

-
超分子 #1: Nucleosome

超分子名称: Nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 200 KDa

-
超分子 #2: Histone H3, Histone H4, Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histo...

超分子名称: Histone H3, Histone H4, Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A, Histone H2B 1.1
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: histone-lysine N-methyltransferase and ubiquitin not visible in this EM map
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

-
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6 / 詳細: DNA was obtained by PCR reaction synthetic source
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

-
分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.437144 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVMKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3

-
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

-
分子 #3: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A

分子名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40,Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 24.045436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDSPDLHHHH HHGTLVPRGS MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKSKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHL VLRLRGTSSG GSGGSGGSGR SSRAGLQFPV GRVHRLLRKG NYAERVGAGA PVYLAAVLEY LTAEILELAG N AARDNKKT ...文字列:
MDSPDLHHHH HHGTLVPRGS MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKSKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHL VLRLRGTSSG GSGGSGGSGR SSRAGLQFPV GRVHRLLRKG NYAERVGAGA PVYLAAVLEY LTAEILELAG N AARDNKKT RIIPRHLQLA VRNDEELNKL LGRVTIAQGG VLPNIQSVLL PKKTESSKSA KSK

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein, Histone H2A

-
分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.655948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKSAPAPKK GSKKAVTKTQ KKDGKKRRKT RKESYAIYVY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDVFER IAGEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

-
分子 #5: DNA (149-MER)

分子名称: DNA (149-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.764141 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)

-
分子 #6: DNA (149-MER)

分子名称: DNA (149-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.222434 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る