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- EMDB-20500: The HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 SOSIP.664 in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20500
タイトルThe HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 SOSIP.664 in Complex with Three Copies of the Bovine Broadly Neutralizing Antibody, NC-Cow1, Fragment Antigen Binding Domain
マップデータSingle-Particle Cryo-EM map of The HIV-1 Envelope GLycoprotein Clone BG505 SOSIP.664 in Complex with the Bovine Broadly Neutralizing Antibody, NC-Cow1, Fragment Antigen Binding Domain
試料
  • 複合体: A complex of the HIV-1 Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664 and 3 copies of the bovine Fab NC-Cow1
    • 複合体: Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: bovine Fab NC-Cow1
      • タンパク質・ペプチド: Broadly Neutralizing Antibody NC-Cow1 Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV Vaccine / Cow Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Berndsen ZT / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI100663 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural basis of broad HIV neutralization by a vaccine-induced cow antibody.
著者: Robyn L Stanfield / Zachary T Berndsen / Ruiqi Huang / Devin Sok / Gabrielle Warner / Jonathan L Torres / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Vaughn V Smider /
要旨: Potent broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV have been very challenging to elicit by vaccination in wild-type animals. Here, by x-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and site- ...Potent broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV have been very challenging to elicit by vaccination in wild-type animals. Here, by x-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and site-directed mutagenesis, we structurally and functionally elucidate the mode of binding of a potent bnAb (NC-Cow1) elicited in cows by immunization with the HIV envelope (Env) trimer BG505 SOSIP.664. The exceptionally long (60 residues) third complementarity-determining region of the heavy chain (CDR H3) of NC-Cow1 forms a mini domain (knob) on an extended stalk that navigates through the dense glycan shield on Env to target a small footprint on the gp120 CD4 receptor binding site with no contact of the other CDRs to the rest of the Env trimer. These findings illustrate, in molecular detail, how an unusual vaccine-induced cow bnAb to HIV Env can neutralize with high potency and breadth.
履歴
登録2019年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月5日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pw6
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20500.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20500.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-Particle Cryo-EM map of The HIV-1 Envelope GLycoprotein Clone BG505 SOSIP.664 in Complex with the Bovine Broadly Neutralizing Antibody, NC-Cow1, Fragment Antigen Binding Domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 280 pix.
= 322. Å		1.15 Å/pix.
x 280 pix.
= 322. Å		1.15 Å/pix.
x 280 pix.
= 322. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.08997602 - 0.16736001
平均 (標準偏差)0.0004669091 (±0.007362695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 322.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z322.000322.000322.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0900.1670.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20500_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_20500_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_20500_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A complex of the HIV-1 Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.66...

全体名称: A complex of the HIV-1 Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664 and 3 copies of the bovine Fab NC-Cow1
要素
  • 複合体: A complex of the HIV-1 Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664 and 3 copies of the bovine Fab NC-Cow1
    • 複合体: Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: bovine Fab NC-Cow1
      • タンパク質・ペプチド: Broadly Neutralizing Antibody NC-Cow1 Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: A complex of the HIV-1 Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.66...

超分子名称: A complex of the HIV-1 Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664 and 3 copies of the bovine Fab NC-Cow1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664

超分子名称: Envelope Glycoprotein clone BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: bovine Fab NC-Cow1

超分子名称: bovine Fab NC-Cow1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.945977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKKQK ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKKQK VYSLFYRLDV VQINENQGNR SNNSNKEYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCKDKKF NG TGPCPSV STVQCTHGIK PVVSTQLLLN GSLAEEEVMI RSENITNNAK NILVQFNTPV QINCTRPNNN TRKSIRIGPG QAF YATGDI IGDIRQAHCN VSKATWNETL GKVVKQLRKH FGNNTIIRFA NSSGGDLEVT THSFNCGGEF FYCNTSGLFN STWI SNTSV QGSNSTGSND SITLPCRIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRD NWRS ELYKYKVVKI EPLGVAPTRC KRRVVGRRRR RR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: Broadly Neutralizing Antibody NC-Cow1 Heavy Chain

分子名称: Broadly Neutralizing Antibody NC-Cow1 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 28.928289 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLRESGPS LMKPSQTLSL TCTVSGSKSV GWVRQAPGKA LQWLGSVDTS GNTDYNPGLK SRLSITKDNS KSRISLTVTG MTTEDSATY YCITAHQKTN KKECPEDYTY NPRCPQQYGW SDCDCMGDRF GGYCRQDGCS NYIHRSTYEW YVSAWGQGLL V TVSSASTK ...文字列:
QVQLRESGPS LMKPSQTLSL TCTVSGSKSV GWVRQAPGKA LQWLGSVDTS GNTDYNPGLK SRLSITKDNS KSRISLTVTG MTTEDSATY YCITAHQKTN KKECPEDYTY NPRCPQQYGW SDCDCMGDRF GGYCRQDGCS NYIHRSTYEW YVSAWGQGLL V TVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SL GTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC D

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 36 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.65 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 7 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1506 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 21427
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cez


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6pw6:
The HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 SOSIP.664 in Complex with Three Copies of the Bovine Broadly Neutralizing Antibody, NC-Cow1, Fragment Antigen Binding Domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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