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- EMDB-20391: CryoEM structure of mouse mediator subunit one deletion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20391
タイトルCryoEM structure of mouse mediator subunit one deletion
マップデータCryoEM structure of mouse mediator subunit one delection
試料
  • 複合体: mouse mediator subunit
    • Other: mouse mediator subunit
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.28 Å
データ登録者Asturias F / Zhao H / Young N
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01-67167 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Pliable Mediator Acts as a Functional Rather Than an Architectural Bridge between Promoters and Enhancers.
著者: Laila El Khattabi / Haiyan Zhao / Jens Kalchschmidt / Natalie Young / Seolkyoung Jung / Peter Van Blerkom / Philippe Kieffer-Kwon / Kyong-Rim Kieffer-Kwon / Solji Park / Xiang Wang / Jordan ...著者: Laila El Khattabi / Haiyan Zhao / Jens Kalchschmidt / Natalie Young / Seolkyoung Jung / Peter Van Blerkom / Philippe Kieffer-Kwon / Kyong-Rim Kieffer-Kwon / Solji Park / Xiang Wang / Jordan Krebs / Subhash Tripathi / Noboru Sakabe / Débora R Sobreira / Su-Chen Huang / Suhas S P Rao / Nathanael Pruett / Daniel Chauss / Erica Sadler / Andrea Lopez / Marcelo A Nóbrega / Erez Lieberman Aiden / Francisco J Asturias / Rafael Casellas /
要旨: While Mediator plays a key role in eukaryotic transcription, little is known about its mechanism of action. This study combines CRISPR-Cas9 genetic screens, degron assays, Hi-C, and cryoelectron ...While Mediator plays a key role in eukaryotic transcription, little is known about its mechanism of action. This study combines CRISPR-Cas9 genetic screens, degron assays, Hi-C, and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to dissect the function and structure of mammalian Mediator (mMED). Deletion analyses in B, T, and embryonic stem cells (ESC) identified a core of essential subunits required for Pol II recruitment genome-wide. Conversely, loss of non-essential subunits mostly affects promoters linked to multiple enhancers. Contrary to current models, however, mMED and Pol II are dispensable to physically tether regulatory DNA, a topological activity requiring architectural proteins. Cryo-EM analysis revealed a conserved core, with non-essential subunits increasing structural complexity of the tail module, a primary transcription factor target. Changes in tail structure markedly increase Pol II and kinase module interactions. We propose that Mediator's structural pliability enables it to integrate and transmit regulatory signals and act as a functional, rather than an architectural bridge, between promoters and enhancers.
履歴
登録2019年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2020年3月4日-
現状2020年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.38
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.38
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20391.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of mouse mediator subunit one delection
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 661.432 Å		1.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 661.432 Å		1.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 661.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.83731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28 / ムービー #1: 0.38
最小 - 最大-1.3210069 - 2.486549
平均 (標準偏差)0.0016588357 (±0.05789689)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 661.4316 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.83731111111111.83731111111111.8373111111111
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z661.432661.432661.432
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.3212.4870.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse mediator subunit

全体名称: mouse mediator subunit
要素
  • 複合体: mouse mediator subunit
    • Other: mouse mediator subunit

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超分子 #1: mouse mediator subunit

超分子名称: mouse mediator subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 組換細胞: CH12 B cells
分子量理論値: 1.0 MDa

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分子 #1: mouse mediator subunit

分子名称: mouse mediator subunit / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MAPVQLDNHQ LIPPGGGGGS SGGGGSSSGS ASAPAPPPPA AAVAAAAAAA ASPGYRLSTL IEFLLHRAY SELMVLTDLL PRKSDVERKI EIVQFASRTR QLFVRLLALV KWANDAGKVE K CAMISSFL DQQAILFVDT ADRLASLARD ALVHARLPSF AIPYAIDVLT ...文字列:
MAPVQLDNHQ LIPPGGGGGS SGGGGSSSGS ASAPAPPPPA AAVAAAAAAA ASPGYRLSTL IEFLLHRAY SELMVLTDLL PRKSDVERKI EIVQFASRTR QLFVRLLALV KWANDAGKVE K CAMISSFL DQQAILFVDT ADRLASLARD ALVHARLPSF AIPYAIDVLT TGSYPRLPTC IR DKIIPPD PITKIEKQAT LHQLNQILRH RLVTTDLPPQ LANLTVANGR VKFRVEGEFE ATL TVMGDD PEVPWRLLKL EILVEDKETG DGRALVHSMQ IDFIHQLVQS RLFADEKPLQ DMYN CLHCF CLSLQLEVLH SQTLMLIRER WGDLVQVERY HAGKSLSLSV WNQQVLGRKT GTASV HKVT IKIDENDVSK PLQIFHDPPL PASDSKLVER AMKIDHLSIE KLLIDSVHAR AHQRLQ ELK AILRSFNANE SSSIETALPA LIVPILEPCG NSECLHIFVD LHSGMFQLML YGLDPAT LE DMEKSLNDDM KRIIPWIQQL KFWLGQQRCK QSIKHLPTIT TETLQLANYS THPIGSLS K NKLFIKLTRL PQYYIVVEML EVPNKPTQLS YNYYFMSVST ADREDSPVMA LLLQQFKDN IQDLMSYTKT GKQTRTGTKH KLSDDPCPID SKKAKRSGEM CAFNKVLAHF VAMCDTNMPF VGLRLELSN LEIPHQGVQV EGDGFNHAIR LLKIPPCKGI SEETQKALDR SLLDCTFRLQ G RNNRTWVA ELVFANCPLN GTSTREQGPS RHVYLTYENL LSEPVGGRKV VEMFLNDWSS IA RLYECVL EFARSLPEIP AHLNIFSEVR VYNYRKLILC YGTTKGSSIS IQWNSIHQKF HIA LGTVGP NSGCSNCHNT ILHQLQEMFN KTPNVVQLLQ VLFDTQAPLN AINKLPTVPM LGLT QRTNT AYQCFSILPQ SSTHIRLAFR NMYCIDIYCR SRGVVAIRDG AYSLFDNSKL VEGFY PAPG LKTFLNMFVD SNQDARRRSV NEDDNPPSPI GGDMMDSLIS QLQPPQQQPF PKQPGT SGA YPLTSPPTSY HSTVNQSPSM MHTQSPGNLH AASSPSGALR APSPASFVPT PPPSSHG IS IGPGASFASP HGTLDPSSPY TMVSPSGRAG NWPGSPQVSG PSPATRLPGM SPANPSLH S PVPDVSHSPR AGTSSQTMPT NMPPPRKLPQ RSWAASIPTI LTHSALNILL LPSPTPGLV PGLAGSYLCS PLERFLGSVI MRRHLQRIIQ QETLQLINSN EPGVIMFKTD ALKCRVALSP KTNQTLQLK VTPENAGQWK PDELQVLEKF FETRVAGPPF KANTLIAFTK LLGAPTHILR D CVHIMKLE LFPDQATQLK WNVQFCLTIP PSAPPIAPPG TPAVVLKSKM LFFLQLTQKT SV PPQEPVS IIVPIIYDMA SGTTQQADIP RQQNSSVAAP MMVSNILKRF AEMNPPRQGE CTI FAAVRD LMANLTLPPG GRP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 273 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 28-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4339 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 39.7 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 22000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 22000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18688
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 18688
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 200 / 平均メンバー数/クラス: 700
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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