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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20254 | |||||||||
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タイトル | Drosophila P element transposase strand transfer complex | |||||||||
マップデータ | symmetric (C2) cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | transposase / Strand Transfer Complex / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P-element binding / transposase activity / DNA transposition / DNA integration / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kellogg EH / Nogales E | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structure of a P element transposase-DNA complex reveals unusual DNA structures and GTP-DNA contacts. 著者: George E Ghanim / Elizabeth H Kellogg / Eva Nogales / Donald C Rio / 要旨: P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a ...P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a guanosine triphosphate cofactor and the generation of long staggered DNA breaks during transposition. To gain insights into these features, we determined the atomic structure of the Drosophila P element transposase strand transfer complex using cryo-EM. The structure of this post-transposition nucleoprotein complex reveals that the terminal single-stranded transposon DNA adopts unusual A-form and distorted B-form helical geometries that are stabilized by extensive protein-DNA interactions. Additionally, we infer that the bound guanosine triphosphate cofactor interacts with the terminal base of the transposon DNA, apparently to position the P element DNA for catalysis. Our structure provides the first view of the P element transposase superfamily, offers new insights into P element transposition and implies a transposition pathway fundamentally distinct from other cut-and-paste DNA transposases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20254.map.gz | 4.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20254-v30.xml emd-20254.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20254.png | 122.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20254.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_20254_half_map_1.map.gz emd_20254_half_map_2.map.gz | 48.4 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20254 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20254_validation.pdf.gz | 648.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20254_full_validation.pdf.gz | 647.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20254_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20254_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20254 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | symmetric (C2) cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map (1) of final cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_20254_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map (1) of final cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map (2) of final cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_20254_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map (2) of final cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of P element transposase in complex with strand t...
全体 | 名称: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of P element transposase in complex with strand t...
超分子 | 名称: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-分子 #1: Transposable element P transposase
分子 | 名称: Transposable element P transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 65.525992 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKYCKFCCKA VTGVKLIHVP KCAIKRKLWE QSLGCSLGEN SQICDTHFND SQWKAAPAKG QTFKRRRLNA DAVPSKVIEP EPEKIKEGY TSGSTQTESC SLFNENKSLR EKIRTLEYEM RRLEQQLRES QQLEESLRKI FTDTQIRILK NGGQRATFNS D DISTAICL ...文字列: MKYCKFCCKA VTGVKLIHVP KCAIKRKLWE QSLGCSLGEN SQICDTHFND SQWKAAPAKG QTFKRRRLNA DAVPSKVIEP EPEKIKEGY TSGSTQTESC SLFNENKSLR EKIRTLEYEM RRLEQQLRES QQLEESLRKI FTDTQIRILK NGGQRATFNS D DISTAICL HTAGPRAYNH LYKKGFPLPS RTTLYRWLSD VDIKRGCLDV VIDLMDSDGV DDADKLCVLA FDEMKVAAAF EY DSSADIV YEPSDYVQLA IVRGLKKSWK QPVFFDFNTR MDPDTLNNIL RKLHRKGYLV VAIVSDLGTG NQKLWTELGI SES KTWFSH PADDHLKIFV FSDTPHLIKL VRNHYVDSGL TINGKKLTKK TIQEALHLCN KSDLSILFKI NENHINVRSL AKQK VKLAT QLFSNTTASS IRRCYSLGYD IENATETADF FKLMNDWFDI FNSKLSTSNC IECSQPYGKQ LDIQNDILNR MSEIM RTGI LDKPKRLPFQ KGIIVNNASL DGLYKYLQEN FSMQYILTSR LNQDIVEHFF GSMRSRGGQF DHPTPLQFKY RLRKYI IAR NTEMLR UniProtKB: Transposable element P transposase |
-分子 #2: Transposable element P transposase
分子 | 名称: Transposable element P transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 16.086797 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: TEMDELTEDA MEYIAGYVIK KLRISDKVKE NLTFTYVDEV SHGGLIKPSE KFQEKLKELE CIFLHYTNNN NFEITNNVKE KLILAARNV DVDKQVKSFY FKIRIYFRIK YFNKKIEIKN QKQKLIGNSK LLKIKL UniProtKB: Transposable element P transposase |
-分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 4.827157 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA) |
-分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 11.704529 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT) |
-分子 #5: DNA (44-MER)
分子 | 名称: DNA (44-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 24.400576 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DA) (DT)(DG)(DT)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DA) (DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DC)(DG) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA) (DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG) |
-分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 4 microliters of concentrated STC complex was applied to a Quantifoil 1.2/1.3 UltraAuFoil grid. After a 30 second incubation, the sample was blotted using blot force of 8 pN and a blot time of 6 seconds.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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詳細 | Dataset collected at 40 degree tilt. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1857 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: cryosparc |
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最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 253209 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: beta version |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 100 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6p5a: |