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万見
- EMDB-20254: Drosophila P element transposase strand transfer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20254
タイトルDrosophila P element transposase strand transfer complex
マップデータsymmetric (C2) cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex
試料
  • 複合体: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transposable element P transposase
    • タンパク質・ペプチド: Transposable element P transposase
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')
    • DNA: DNA (44-MER)
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードtransposase / Strand Transfer Complex (逆転写酵素) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


P-element binding / transposase activity / DNA transposition / DNA integration / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
87kDa Transposase / : / : / : / 87kDa Transposase / TNP-like, RNase H N-terminal domain / TNP-like, GTP-binding insertion domain / TNP-like, RNase H C-terminal domain / THAP-type zinc finger superfamily / Zinc finger domain in CG10631, C. elegans LIN-15B and human P52rIPK. ...87kDa Transposase / : / : / : / 87kDa Transposase / TNP-like, RNase H N-terminal domain / TNP-like, GTP-binding insertion domain / TNP-like, RNase H C-terminal domain / THAP-type zinc finger superfamily / Zinc finger domain in CG10631, C. elegans LIN-15B and human P52rIPK. / THAP-type zinc finger / THAP domain / Zinc finger THAP-type profile
類似検索 - ドメイン・相同性
Transposable element P transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kellogg EH / Nogales E
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)K99GM124463 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35GM118121 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structure of a P element transposase-DNA complex reveals unusual DNA structures and GTP-DNA contacts.
著者: George E Ghanim / Elizabeth H Kellogg / Eva Nogales / Donald C Rio /
要旨: P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a ...P element transposase catalyzes the mobility of P element DNA transposons within the Drosophila genome. P element transposase exhibits several unique properties, including the requirement for a guanosine triphosphate cofactor and the generation of long staggered DNA breaks during transposition. To gain insights into these features, we determined the atomic structure of the Drosophila P element transposase strand transfer complex using cryo-EM. The structure of this post-transposition nucleoprotein complex reveals that the terminal single-stranded transposon DNA adopts unusual A-form and distorted B-form helical geometries that are stabilized by extensive protein-DNA interactions. Additionally, we infer that the bound guanosine triphosphate cofactor interacts with the terminal base of the transposon DNA, apparently to position the P element DNA for catalysis. Our structure provides the first view of the P element transposase superfamily, offers new insights into P element transposition and implies a transposition pathway fundamentally distinct from other cut-and-paste DNA transposases.
履歴
登録2019年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2019年10月30日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6p5a
  • 表面レベル: 0.047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20254.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈symmetric (C2) cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.047 / ムービー #1: 0.047
最小 - 最大-0.12849796 - 0.23228465
平均 (標準偏差)0.00019525512 (±0.00433983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 296.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.960296.960296.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ307236
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1280.2320.000

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添付データ

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ハーフマップ: half map (1) of final cryo-EM reconstruction of...

ファイルemd_20254_half_map_1.map
注釈half map (1) of final cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map (2) of final cryo-EM reconstruction of...

ファイルemd_20254_half_map_2.map
注釈half map (2) of final cryo-EM reconstruction of the P element transposase strand-transfer complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of P element transposase in complex with strand t...

全体名称: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA
    • タンパク質・ペプチド: Transposable element P transposase
    • タンパク質・ペプチド: Transposable element P transposase
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')
    • DNA: DNA (44-MER)
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Ternary complex of P element transposase in complex with strand t...

超分子名称: Ternary complex of P element transposase in complex with strand transfer DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Transposable element P transposase

分子名称: Transposable element P transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 65.525992 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKYCKFCCKA VTGVKLIHVP KCAIKRKLWE QSLGCSLGEN SQICDTHFND SQWKAAPAKG QTFKRRRLNA DAVPSKVIEP EPEKIKEGY TSGSTQTESC SLFNENKSLR EKIRTLEYEM RRLEQQLRES QQLEESLRKI FTDTQIRILK NGGQRATFNS D DISTAICL ...文字列:
MKYCKFCCKA VTGVKLIHVP KCAIKRKLWE QSLGCSLGEN SQICDTHFND SQWKAAPAKG QTFKRRRLNA DAVPSKVIEP EPEKIKEGY TSGSTQTESC SLFNENKSLR EKIRTLEYEM RRLEQQLRES QQLEESLRKI FTDTQIRILK NGGQRATFNS D DISTAICL HTAGPRAYNH LYKKGFPLPS RTTLYRWLSD VDIKRGCLDV VIDLMDSDGV DDADKLCVLA FDEMKVAAAF EY DSSADIV YEPSDYVQLA IVRGLKKSWK QPVFFDFNTR MDPDTLNNIL RKLHRKGYLV VAIVSDLGTG NQKLWTELGI SES KTWFSH PADDHLKIFV FSDTPHLIKL VRNHYVDSGL TINGKKLTKK TIQEALHLCN KSDLSILFKI NENHINVRSL AKQK VKLAT QLFSNTTASS IRRCYSLGYD IENATETADF FKLMNDWFDI FNSKLSTSNC IECSQPYGKQ LDIQNDILNR MSEIM RTGI LDKPKRLPFQ KGIIVNNASL DGLYKYLQEN FSMQYILTSR LNQDIVEHFF GSMRSRGGQF DHPTPLQFKY RLRKYI IAR NTEMLR

UniProtKB: Transposable element P transposase

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分子 #2: Transposable element P transposase

分子名称: Transposable element P transposase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.086797 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
TEMDELTEDA MEYIAGYVIK KLRISDKVKE NLTFTYVDEV SHGGLIKPSE KFQEKLKELE CIFLHYTNNN NFEITNNVKE KLILAARNV DVDKQVKSFY FKIRIYFRIK YFNKKIEIKN QKQKLIGNSK LLKIKL

UniProtKB: Transposable element P transposase

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分子 #3: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*TP*A)-3') / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 4.827157 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)

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分子 #4: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.704529 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)

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分子 #5: DNA (44-MER)

分子名称: DNA (44-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 24.400576 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DA) (DT)(DG)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT) (DA) (DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DC)(DG) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA) (DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)

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分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMKClpotassium chloride
10.0 mMMgC4H6O4magnesium acetate
10.0 uMZnSO4zinc sulfate
0.5 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 4 microliters of concentrated STC complex was applied to a Quantifoil 1.2/1.3 UltraAuFoil grid. After a 30 second incubation, the sample was blotted using blot force of 8 pN and a blot time of 6 seconds..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Dataset collected at 40 degree tilt.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1857 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cryosparc
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: beta version
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 253209

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 100 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6p5a:
Drosophila P element transposase strand transfer complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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