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Yorodumi- PDB-6wya: RTX (Reverse Transcription Xenopolymerase) in complex with a DNA ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wya | ||||||
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Title | RTX (Reverse Transcription Xenopolymerase) in complex with a DNA duplex and dAMPNPP | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / Reverse transcription / proofreading / 3' to 5' exonuclease / Thumb / RTX / KOD / Reverse Tanscription Xenopolymerase / REPLICATION / RNA / DNA / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.41 Å | ||||||
Authors | Choi, W.S. / He, P. / Pothukuchy, A. / Gollihar, J. / Ellington, A.D. / Yang, W. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: How a B family DNA polymerase has been evolved to copy RNA. Authors: Choi, W.S. / He, P. / Pothukuchy, A. / Gollihar, J. / Ellington, A.D. / Yang, W. #1: Journal: Science / Year: 2016 Title: Synthetic evolutionary origin of a proofreading reverse transcriptase. Authors: Ellefson, J.W. / Gollihar, J. / Shroff, R. / Shivram, H. / Iyer, V.R. / Ellington, A.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wya.cif.gz | 434.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wya.ent.gz | 313 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wya.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wya_validation.pdf.gz | 802.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wya_full_validation.pdf.gz | 812.5 KB | Display | |
Data in XML | 6wya_validation.xml.gz | 32.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6wya_validation.cif.gz | 46.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wya | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wybC 4k8zS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 90023.609 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (archaea) Strain: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: D0VWU9, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: DNA chain | Mass: 7033.574 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (archaea) |
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#3: DNA chain | Mass: 6155.975 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (archaea) |
-Non-polymers , 6 types, 273 molecules
#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-DZ4 / | #6: Chemical | ChemComp-TRS / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-ACT / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M potassium acetate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 18, 2017 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.41→50 Å / Num. obs: 39853 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 50.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.02 |
Reflection shell | Resolution: 2.41→2.47 Å / Redundancy: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2913 / CC1/2: 0.714 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4K8Z Resolution: 2.41→42.78 Å / SU ML: 0.2733 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.4691 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.41→42.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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