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万見
- EMDB-20235: Structure of a complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20235
タイトルStructure of a complex
マップデータComposite map created by combining the best parts of consensus and multi-body maps
試料
  • 複合体: enzymatic complex with ligands
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta subunit 3
    • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードDNA binding / enzyme / catalysis / regulation / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling ...delta DNA polymerase complex / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA amplification / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / DNA replication, removal of RNA primer / lagging strand elongation / double-strand break repair via break-induced replication / postreplication repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / mismatch repair / base-excision repair, gap-filling / replication fork / nucleotide-excision repair / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / molecular adaptor activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B ...DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / : / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase delta catalytic subunit-like, N-terminal domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase delta catalytic subunit / DNA polymerase delta small subunit / DNA polymerase delta subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jain R / Rice W / Aggarwal AK
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure and dynamics of eukaryotic DNA polymerase δ holoenzyme.
著者: Rinku Jain / William J Rice / Radhika Malik / Robert E Johnson / Louise Prakash / Satya Prakash / Iban Ubarretxena-Belandia / Aneel K Aggarwal /
要旨: DNA polymerase δ (Polδ) plays pivotal roles in eukaryotic DNA replication and repair. Polδ is conserved from yeast to humans, and mutations in human Polδ have been implicated in various cancers. ...DNA polymerase δ (Polδ) plays pivotal roles in eukaryotic DNA replication and repair. Polδ is conserved from yeast to humans, and mutations in human Polδ have been implicated in various cancers. Saccharomyces cerevisiae Polδ consists of catalytic Pol3 and the regulatory Pol31 and Pol32 subunits. Here, we present the near atomic resolution (3.2 Å) cryo-EM structure of yeast Polδ holoenzyme in the act of DNA synthesis. The structure reveals an unexpected arrangement in which the regulatory subunits (Pol31 and Pol32) lie next to the exonuclease domain of Pol3 but do not engage the DNA. The Pol3 C-terminal domain contains a 4Fe-4S cluster and emerges as the keystone of Polδ assembly. We also show that the catalytic and regulatory subunits rotate relative to each other and that this is an intrinsic feature of the Polδ architecture. Collectively, the structure provides a framework for understanding DNA transactions at the replication fork.
履歴
登録2019年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6p1h
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20235.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20235.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map created by combining the best parts of consensus and multi-body maps
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.568 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.568 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.568 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8549 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-20.528583999999999 - 42.971040000000002
平均 (標準偏差)0.010617818 (±1.0534836)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.568 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.85490.85490.8549
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.568273.568273.568
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-20.52942.9710.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : enzymatic complex with ligands

全体名称: enzymatic complex with ligands
要素
  • 複合体: enzymatic complex with ligands
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase delta subunit 3
    • DNA: DNA (30-MER)
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: enzymatic complex with ligands

超分子名称: enzymatic complex with ligands / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: DNA polymerase delta catalytic subunit

分子名称: DNA polymerase delta catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 127.438164 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PHMSEKRSLP MVDVKIDDED TPQLEKKIKR QSIDHGVGSE PVSTIEIIPS DSFRKYNSQG FKAKDTDLM GTQLESTFEQ ELSQMEHDMA DQEEHDLSSF ERKKLPTDFD PSLYDISFQQ IDAEQSVLNG IKDENTSTVV R FFGVTSEG ...文字列:
MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PHMSEKRSLP MVDVKIDDED TPQLEKKIKR QSIDHGVGSE PVSTIEIIPS DSFRKYNSQG FKAKDTDLM GTQLESTFEQ ELSQMEHDMA DQEEHDLSSF ERKKLPTDFD PSLYDISFQQ IDAEQSVLNG IKDENTSTVV R FFGVTSEG HSVLCNVTGF KNYLYVPAPN SSDANDQEQI NKFVHYLNET FDHAIDSIEV VSKQSIWGYS GDTKLPFWKI YV TYPHMVN KLRTAFERGH LSFNSWFSNG TTTYDNIAYT LRLMVDCGIV GMSWITLPKG KYSMIEPNNR VSSCQLEVSI NYR NLIAHP AEGDWSHTAP LRIMSFDIEC AGRIGVFPEP EYDPVIQIAN VVSIAGAKKP FIRNVFTLNT CSPITGSMIF SHAT EEEML SNWRNFIIKV DPDVIIGYNT TNFDIPYLLN RAKALKVNDF PYFGRLKTVK QEIKESVFSS KAYGTRETKN VNIDG RLQL DLLQFIQREY KLRSYTLNAV SAHFLGEQKE DVHYSIISDL QNGDSETRRR LAVYCLKDAY LPLRLMEKLM ALVNYT EMA RVTGVPFSYL LARGQQIKVV SQLFRKCLEI DTVIPNMQSQ ASDDQYEGAT VIEPIRGYYD VPIATLDFNS LYPSIMM AH NLCYTTLCNK ATVERLNLKI DEDYVITPNG DYFVTTKRRR GILPIILDEL ISARKRAKKD LRDEKDPFKR DVLNGRQL A LKISANSVYG FTGATVGKLP CLAISSSVTA YGRTMILKTK TAVQEKYCIK NGYKHDAVVV YGDTDSVMVK FGTTDLKEA MDLGTEAAKY VSTLFKHPIN LEFEKAYFPY LLINKKRYAG LFWTNPDKFD KLDQKGLASV RRDSCSLVSI VMNKVLKKIL IERNVDGAL AFVRETINDI LHNRVDISKL IISKTLAPNY TNPQPHAVLA ERMKRREGVG PNVGDRVDYV IIGGNDKLYN R AEDPLFVL ENNIQVDSRY YLTNQLQNPI ISIVAPIIGD KQANGMFVVK SIKINTGSQK GGLMSFIKKV EACKSCKGPL RK GEGPLCS NCLARSGELY IKALYDVRDL EEKYSRLWTQ CQRCAGNLHS EVLCSNKNCD IFYMRVKVKK ELQEKVEQLS KW

UniProtKB: DNA polymerase delta catalytic subunit

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分子 #2: DNA polymerase delta small subunit

分子名称: DNA polymerase delta small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 55.987352 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF ...文字列:
GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF IRSTPFITGV VVGILGMEAE AGTFQVLDIC YPTPLPQNPF PAPIATCPTR GKIALVSGLN LNNTSPDRLL RL EILREFL MGRINNKIDD ISLIGRLLIC GNSVDFDIKS VNKDELMISL TEFSKFLHNI LPSISVDIMP GTNDPSDKSL PQQ PFHKSL FDKSLESYFN GSNKEILNLV TNPYEFSYNG VDVLAVSGKN INDICKYVIP SNDNGESENK VEEGESNDFK DDIE HRLDL MECTMKWQNI APTAPDTLWC YPYTDKDPFV LDKWPHVYIV ANQPYFGTRV VEIGGKNIKI ISVPEFSSTG MIILL DLET LEAETVKIDI

UniProtKB: DNA polymerase delta small subunit

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分子 #3: DNA polymerase delta subunit 3

分子名称: DNA polymerase delta subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 40.377715 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL ...文字列:
MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL LAKMKKDRDD KETSRQNELR KRKEENLQKI NKQNPEREAQ MKELNNLFVE DDLDTEEVNG GSKPNSPKET DS NDKDKNN DDLEDLLETT AEDSLMDVPK IQQTKPSETE HSKEPKSEEE PSSFIDEDGY IVTKRPATST PPRKPSPVVK RAL SSSKKQ ETPSSNKRLK KQGTLESFFK RKAK

UniProtKB: DNA polymerase delta subunit 3

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分子 #4: DNA (30-MER)

分子名称: DNA (30-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.247966 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DC)

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #6: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: DCP
分子量理論値: 467.157 Da
Chemical component information

ChemComp-DCP:
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 44 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 166444
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6p1h:
Cryo-EM Structure of DNA Polymerase Delta Holoenzyme

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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