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万見
- EMDB-20211: Subunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and q... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20211
タイトルSubunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and quality control
マップデータ60S subunit of 80S-like ribosome
試料
  • 複合体: 60S subunit of 80S-like ribosome
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Rai J / Parker MD / Ghalei H / Johnson MC / Karbstein K / Stroupe ME
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute55108536 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01-GM117093 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01-GM086451 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2021
タイトル: An open interface in the pre-80S ribosome coordinated by ribosome assembly factors Tsr1 and Dim1 enables temporal regulation of Fap7.
著者: Jay Rai / Melissa D Parker / Haina Huang / Stefan Choy / Homa Ghalei / Matthew C Johnson / Katrin Karbstein / M Elizabeth Stroupe /
要旨: During their maturation, nascent 40S subunits enter a translation-like quality control cycle, where they are joined by mature 60S subunits to form 80S-like ribosomes. While these assembly ...During their maturation, nascent 40S subunits enter a translation-like quality control cycle, where they are joined by mature 60S subunits to form 80S-like ribosomes. While these assembly intermediates are essential for maturation and quality control, how they form, and how their structure promotes quality control, remains unknown. To address these questions, we determined the structure of an 80S-like ribosome assembly intermediate to an overall resolution of 3.4 Å. The structure, validated by biochemical data, resolves a large body of previously paradoxical data and illustrates how assembly and translation factors cooperate to promote the formation of an interface that lacks many mature subunit contacts but is stabilized by the universally conserved methyltransferase Dim1. We also show how Tsr1 enables this interface by blocking the canonical binding of eIF5B to 40S subunits, while maintaining its binding to 60S. The structure also shows how this interface leads to unfolding of the platform, which allows for temporal regulation of the ATPase Fap7, thus linking 40S maturation to quality control during ribosome assembly.
履歴
登録2019年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2021年6月9日-
現状2021年6月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20211.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈60S subunit of 80S-like ribosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0067 / ムービー #1: 0.0067
最小 - 最大-0.014216832 - 0.047586642
平均 (標準偏差)0.00050149194 (±0.0029103516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 476.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z476.160476.160476.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ727265
NX/NY/NZ157157169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0140.0480.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 60S subunit of 80S-like ribosome

全体名称: 60S subunit of 80S-like ribosome
要素
  • 複合体: 60S subunit of 80S-like ribosome

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超分子 #1: 60S subunit of 80S-like ribosome

超分子名称: 60S subunit of 80S-like ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90692
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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