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- EMDB-21644: Subunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and q... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21644
タイトルSubunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and quality control
マップデータ
試料
  • 複合体: 80S-like ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
    • RNA: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
キーワード80S-like / Tsr1 / Structural heterogeneity / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / positive regulation of protein kinase activity / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / cellular response to amino acid starvation / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / negative regulation of gene expression / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tsr1, G-like domain / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) ...Tsr1, G-like domain / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A ...Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS14A / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Ribosome biogenesis protein TSR1 / Small ribosomal subunit protein eS10A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Rai J / Parker MD
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55108536 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM117093 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM086451 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2021
タイトル: An open interface in the pre-80S ribosome coordinated by ribosome assembly factors Tsr1 and Dim1 enables temporal regulation of Fap7.
著者: Jay Rai / Melissa D Parker / Haina Huang / Stefan Choy / Homa Ghalei / Matthew C Johnson / Katrin Karbstein / M Elizabeth Stroupe /
要旨: During their maturation, nascent 40S subunits enter a translation-like quality control cycle, where they are joined by mature 60S subunits to form 80S-like ribosomes. While these assembly ...During their maturation, nascent 40S subunits enter a translation-like quality control cycle, where they are joined by mature 60S subunits to form 80S-like ribosomes. While these assembly intermediates are essential for maturation and quality control, how they form, and how their structure promotes quality control, remains unknown. To address these questions, we determined the structure of an 80S-like ribosome assembly intermediate to an overall resolution of 3.4 Å. The structure, validated by biochemical data, resolves a large body of previously paradoxical data and illustrates how assembly and translation factors cooperate to promote the formation of an interface that lacks many mature subunit contacts but is stabilized by the universally conserved methyltransferase Dim1. We also show how Tsr1 enables this interface by blocking the canonical binding of eIF5B to 40S subunits, while maintaining its binding to 60S. The structure also shows how this interface leads to unfolding of the platform, which allows for temporal regulation of the ATPase Fap7, thus linking 40S maturation to quality control during ribosome assembly.
履歴
登録2020年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wdr
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 384 pix.
= 476.16 Å		1.24 Å/pix.
x 384 pix.
= 476.16 Å		1.24 Å/pix.
x 384 pix.
= 476.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.08677997 - 0.17174216
平均 (標準偏差)0.000373846 (±0.0042470023)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 476.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z476.160476.160476.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ727265
NX/NY/NZ157157169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0870.1720.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 80S-like ribosome

全体名称: 80S-like ribosome
要素
  • 複合体: 80S-like ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S0-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S10-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S22-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30-A
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein TSR1
    • RNA: 20S ribosomal RNA
  • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5

+
超分子 #1: 80S-like ribosome

超分子名称: 80S-like ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4, #6-#32
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
分子 #1: 40S ribosomal protein S0-A

分子名称: 40S ribosomal protein S0-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.84316 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: SLPATFDLTP EDAQLLLAAN THLGARNVQV HQEPYVFNAR PDGVHVINVG KTWEKLVLAA RIIAAIPNPE DVVAISSRTF GQRAVLKFA AHTGATPIAG RFTPGSFTNY ITRSFKEPRL VIVTDPRSDA QAIKEASYVN IPVIALTDLD SPSEFVDVAI P CNNRGKHS ...文字列:
SLPATFDLTP EDAQLLLAAN THLGARNVQV HQEPYVFNAR PDGVHVINVG KTWEKLVLAA RIIAAIPNPE DVVAISSRTF GQRAVLKFA AHTGATPIAG RFTPGSFTNY ITRSFKEPRL VIVTDPRSDA QAIKEASYVN IPVIALTDLD SPSEFVDVAI P CNNRGKHS IGLIWYLLAR EVLRLRGALV DRTQPWSIMP DLYFYRFP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2A

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 23.212979 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GWVPVTKLGR LVKAGKITTI EEIFLHSLPV KEFQIIDTLL PGLQDEVMNI KPVQKQTRAG QRTRFKAVVV VGDSNGHVGL GIKTAKEVA GAIRAGIIIA KLSVIPIRRG YWGTNLGQPH SLATKTTGKC GSVTVRLIPA PRGSGIVASP AVKKLLQLAG V EDVYTQSN ...文字列:
GWVPVTKLGR LVKAGKITTI EEIFLHSLPV KEFQIIDTLL PGLQDEVMNI KPVQKQTRAG QRTRFKAVVV VGDSNGHVGL GIKTAKEVA GAIRAGIIIA KLSVIPIRRG YWGTNLGQPH SLATKTTGKC GSVTVRLIPA PRGSGIVASP AVKKLLQLAG V EDVYTQSN GKTRTLENTL KAAFVAIGNT YGFLTPNLWA EQPLPVSPLD IYSDEASAQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.702791 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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ALISKKRKLV ADGVFYAELN EFFTRELAEE GYSGVEVRVT PTKTEVIIRA TRTQDVLGEN GRRINELTLL VQKRFKYAPG TIVLYAERV QDRGLSAVAQ AESMKFKLLN GLAIRRAAYG VVRYVMESGA KGCEVVVSGK LRAARAKAMK FADGFLIHSG Q PVNDFIDT ATRHVLMRQG VLGIKVKIMR DPAKSRTGPK ALPDAVTIIE PKEEEPILAP SVKDY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S4-A

分子名称: 40S ribosomal protein S4-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 29.338133 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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ARGPKKHLKR LAAPHHWLLD KLSGCYAPRP SAGPHKLRES LPLIVFLRNR LKYALNGREV KAILMQRHVK VDGKVRTDTT YPAGFMDVI TLDATNENFR LVYDVKGRFA VHRITDEEAS YKLGKVKKVQ LGKKGVPYVV THDGRTIRYP DPNIKVNDTV K IDLASGKI TDFIKFDAGK LVYVTGGRNL GRIGTIVHKE RHDGGFDLVH IKDSLDNTFV TRLNNVFVIG EQGKPYISLP KG KGIKLSI AEERDRRRAQ QGL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4A

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.908338 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: FTPVVLATPI PEEVQQAQTE IKLFNKWSFE EVEVKDASLV DYVQVRQPIF VAHTAGRYAN KRFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKL KAVRIIKHTL DIINVLTDQN PIQVVVDAIT NTGPREDTTR VGGGGAARRQ AVDVSPLRRV NQAIALLTIG A REAAFRNI ...文字列:
FTPVVLATPI PEEVQQAQTE IKLFNKWSFE EVEVKDASLV DYVQVRQPIF VAHTAGRYAN KRFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKL KAVRIIKHTL DIINVLTDQN PIQVVVDAIT NTGPREDTTR VGGGGAARRQ AVDVSPLRRV NQAIALLTIG A REAAFRNI KTIAETLAEE LINAAKGSST SYAIKKKDEL ERVAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S6-A

分子名称: 40S ribosomal protein S6-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.65399 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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MKLNISYPVN GSQKTFEIDD EHRIRVFFDK RIGQEVDGEA VGDEFKGYVF KISGGNDKQG FPMKQGVLLP TRIKLLLTKN VSCYRPRRD GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALVIVKKGEQ ELEGLTDTTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLSK EDDVRDFVIR R EVTKGEKT YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR HQRALKVRNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEIRK RRAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6A

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S7-A

分子名称: 40S ribosomal protein S7-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.000492 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
PQAKILSQAP TELELQVAQA FVELENSSPE LKAELRPLQF KSIREIDVAG GKKALAIFVP VPSLAGFHKV QTKLTRELEK KFQDRHVIF LAERRILPKP SRTSRQVQKR PRSRTLTAVH DKILEDLVFP TEIVGKRVRY LVGGNKIQKV LLDSKDVQQI D YKLESFQA VYNKLTGKQI VFEIPS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7A

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S8-A

分子名称: 40S ribosomal protein S8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.406609 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GISRDSRHKR SATGAKRAQF RKKRKFELGR QPANTKIGAK RIHSVRTRGG NKKYRALRIE TGNFSWASEG ISKKTRIAGV VYHPSNNEL VRTNTLTKAA IVQIDATPFR QWFEAHYGQT LGKKKNVKEE ETVAKSKNAE RKWAARAASA KIESSVESQF S AGRLYACI ...文字列:
GISRDSRHKR SATGAKRAQF RKKRKFELGR QPANTKIGAK RIHSVRTRGG NKKYRALRIE TGNFSWASEG ISKKTRIAGV VYHPSNNEL VRTNTLTKAA IVQIDATPFR QWFEAHYGQT LGKKKNVKEE ETVAKSKNAE RKWAARAASA KIESSVESQF S AGRLYACI SSRPGQSGRC DGYILEGEEL AFYLRRLTAK K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8A

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S9-A

分子名称: 40S ribosomal protein S9-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.210662 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
PRAPRTYSKT YSTPKRPYES SRLDAELKLA GEFGLKNKKE IYRISFQLSK IRRAARDLLT RDEKDPKRLF EGNALIRRLV RVGVLSEDK KKLDYVLALK VEDFLERRLQ TQVYKLGLAK SVHHARVLIT QRHIAVGKQI VNIPSFMVRL DSEKHIDFAP T SPFGGARP GRVARRNAAR KAEASGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4A

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S10-A

分子名称: 40S ribosomal protein S10-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.5711 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MLMPKEDRNK IHQYLFQEGV VVAKKDFNQA KHEEIDTKNL YVIKALQSLT SKGYVKTQFS WQYYYYTLTE EGVEYLREYL NLPEHIVPG TYIQERN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10A

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S11-A

分子名称: 40S ribosomal protein S11-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.029878 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
TVQSERAFQK QPHIFNNPKV KTSKRTKRWY KNAGLGFKTP KTAIEGSYID KKCPFTGLVS IRGKILTGTV VSTKMHRTIV IRRAYLHYI PKYNRYEKRH KNVPVHVSPA FRVQVGDIVT VGQCRPISKT VRFNVVKVSA A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17A

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.428435 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
QTAEVTIEDA LKVVLRTALV HDGLARGLRE STKALTRGEA LLVVLVSSVT EANIIKLVEG LANDPENKVP LIKVADAKQL GEWAGLGKI DREGNARKVV GASVVVVKNW GAETDELSMI MEHFSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.928748 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
GRMHSAGKGI SSSAIPYSRN APAWFKLSSE SVIEQIVKYA RKGLTPSQIG VLLRDAHGVT QARVITGNKI MRILKSNGLA PEIPEDLYY LIKKAVSVRK HLERNRKDKD AKFRLILIES RIHRLARYYR TVAVLPPNWK YESATASALV N

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.299823 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
SYRGVDLEKL LEMSTEDFVK LAPARVRRRF ARGMTSKPAG FMKKLRAAKL AAPENEKPAP VRTHMRNMII VPEMIGSVVG IYNGKAFNQ VEIRPEMLGH YLGEFSITYT PVRHGRAGAT TSRFIPLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S16-A

分子名称: 40S ribosomal protein S16-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.074407 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
AVPSVQTFGK KKSATAVAHV KAGKGLIKVN GSPITLVEPE ILRFKVYEPL LLVGLDKFSN IDIRVRVTGG GHVSQVYAIR QAIAKGLVA YHQKYVDEQS KNELKKAFTS YDRTLLIADS RRPEPKKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9A

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S17-A

分子名称: 40S ribosomal protein S17-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.268545 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
GRVRTKTVKR ASKALIERYY PKLTLDFQTN KRLCDEIATI QSKRLRNKIA GYTTHLMKRI QKGPVRGISF KLQEEERERK DQYVPEVSA LDLSRSNGVL NVDNQTSDLV KSLGLKLPLS VINVSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17A

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S18-A

分子名称: 40S ribosomal protein S18-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.770094 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
SLVVQEQGSF QHILRLLNTN VDGNIKIVYA LTTIKGVGRR YSNLVCKKAD VDLHKRAGEL TQEELERIVQ IMQNPTHYKI PAWFLNRQN DITDGKDYHT LANNVESKLR DDLERLKKIR AHRGIRHFWG LRVRGQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13A

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S19-A

分子名称: 40S ribosomal protein S19-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.81093 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
PGVSVRDVAA QDFINAYASF LQRQGKLEVP GYVDIVKTSS GNEMPPQDAE GWFYKRAASV ARHIYMRKQV GVGKLNKLYG GAKSRGVRP YKHIDASGSI NRKVLQALEK IGIVEISPKG GRRISENGQR DLDRIAAQTL EEDE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19A

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S20

分子名称: 40S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.677659 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
IIKIRITLTS TKVKQLENVS SNIVKNAEQH NLVKKGPVRL PTKVLKISTR KTPNGEGSKT WETYEMRIHK RYIDLEAPVQ IVKRITQIT IEPGVDVEVV VASN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S21-A

分子名称: 40S ribosomal protein S21-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.758829 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKADDHA SVQINVAKVD EEGRAIPGEY VTYALSGYVR SRGESDDSLN RLAQNDGLLK NVWSYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21A

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S22-A

分子名称: 40S ribosomal protein S22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.518867 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
TRSSVLADAL NAINNAEKTG KRQVLIRPSS KVIIKFLQVM QKHGYIGEFE YIDDHRSGKI VVQLNGRLNK CGVISPRFNV KIGDIEKWT ANLLPARQFG YVILTTSAGI MDHEEARRKH VSGKILGFVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8A

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S23-A

分子名称: 40S ribosomal protein S23-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.942699 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
GKGKPRGLNS ARKLRVHRRN NRWAENNYKK RLLGTAFKSS PFGGSSHAKG IVLEKLGIES KQPNSAIRKC VRVQLIKNGK KVTAFVPND GCLNFVDEND EVLLAGFGRK GKAKGDIPGV RFKVVKVSGV SLLALWKEKK EKPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12A

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S24-A

分子名称: 40S ribosomal protein S24-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.23165 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
SDAVTIRTRK VISNPLLARK QFVVDVLHPN RANVSKDELR EKLAEVYKAE KDAVSVFGFR TQFGGGKSVG FGLVYNSVAE AKKFEPTYR LVRYGLAEKV EKASRQQRKQ KKNRDKKIFG TGKRLAKKVA RRNAD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24A

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S25-A

分子名称: 40S ribosomal protein S25-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.279555 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
LDQEKYDRIL KEVPTYRYVS VSVLVDRLKI GGSLARIALR HLEKEGIIKP ISKHSKQAIY TRA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25A

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S27-A

分子名称: 40S ribosomal protein S27-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.762195 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
VLVQDLLHPT AASEARKHKL KTLVQGPRSY FLDVKCPGCL NITTVFSHAQ TAVTCESCST ILCTPTGGKA KLSEGTSFRR K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27A

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S28-A

分子名称: 40S ribosomal protein S28-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.116281 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
TPVTLAKVIK VLGRTGSRGG VTQVRVEFLE DTSRTIVRNV KGPVRENDIL VLMESEREAR RLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28A

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S29-A

分子名称: 40S ribosomal protein S29-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 4.372116 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
QCRVCSSHTG LIRKYGLNIC RQCFREKAND IGFNKFR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14A

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S30-A

分子名称: 40S ribosomal protein S30-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.137541 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MAKVHGSLAR AGKVKSQTPK VEKTEKPKKP KGRAYKRLLY TRRFVNVTLV NGKRRMNPGP SVQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS30A

+
分子 #29: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

分子名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.101675 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
KKVYTTPKKI KHKHKKVKLA VLSYYKVDAE GKVTKLRREC SNPTCGAGVF LANHKDRLYC GKCHSVYKVN A

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #30: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 34.638945 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: SNEVLVLRGT LEGHNGWVTS LATSAGQPNL LLSASRDKTL ISWKLTGDDQ KFGVPVRSFK GHSHIVQDCT LTADGAYALS ASWDKTLRL WDVATGETYQ RFVGHKSDVM SVDIDKKASM IISGSRDKTI KVWTIKGQCL ATLLGHNDWV SQVRVVPNEK A DDDSVTII ...文字列:
SNEVLVLRGT LEGHNGWVTS LATSAGQPNL LLSASRDKTL ISWKLTGDDQ KFGVPVRSFK GHSHIVQDCT LTADGAYALS ASWDKTLRL WDVATGETYQ RFVGHKSDVM SVDIDKKASM IISGSRDKTI KVWTIKGQCL ATLLGHNDWV SQVRVVPNEK A DDDSVTII SAGNDKMVKA WNLNQFQIEA DFIGHNSNIN TLTASPDGTL IASAGKDGEI MLWNLAAKKA MYTLSAQDEV FS LAFSPNR YWLAAATATG IKVFSLDPQY LVDDLRPEFA GYSKAAEPHA VSLAWSADGQ TLFAGYTDNV IRVWQVMTAN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #31: Ribosome biogenesis protein TSR1

分子名称: Ribosome biogenesis protein TSR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 90.876539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAGHSHRSSL KNGHKSYKSK HASKGALKRL YKGKVEKEPV GTGKPDKQVS KLQRKNKAKQ LRAQRILDSI ENRKLFEGKN GAAKIITIV PLVNDLDPLD ILYKLLKCAD DEGIMVQEVD SKRIFNVHIK KFKSNLKIII PDMTNFLNIL DCAKVADFVV F GLSGVQEV ...文字列:
MAGHSHRSSL KNGHKSYKSK HASKGALKRL YKGKVEKEPV GTGKPDKQVS KLQRKNKAKQ LRAQRILDSI ENRKLFEGKN GAAKIITIV PLVNDLDPLD ILYKLLKCAD DEGIMVQEVD SKRIFNVHIK KFKSNLKIII PDMTNFLNIL DCAKVADFVV F GLSGVQEV DEEFGEQIIR ALELQGIASY IGVISNLSAV HEKEKFQLDV KQSLESYFKH FFPSEERVYN LEKNSDALNV LR TLCQRLP RSINWRDNRG YVVADFVDFV ETSPDSGDLV IEGTVRGIGF NANRLVHIPD FGDFQLNKIE KISESSQKRK IIK EKATDS LSLELDLQTV FESNMNRDTL DEYAPEGTED WSDYDEDFEY DGLTTARYDD HGFLPGREQT SKKAAVPKGT SDYQ AKWYL DDVIDANEEE EAEQTNGKDE TMMEIDDEMM VEQDNEEVAG DEEYDIEDNE GFEELSPEEE ERQLREFRDM EKEDR EFPD EIELEPSESA IERLKRYRGL KNLYNCDWQV DEKDPSSPAE WKRLLRIGNY KNTKNRIIKE TKNEAQAIAG DRIRMF IRF PKFLLEKIQD PKQLLFAVYG LLLHEHKNAV VNFSLQRWEQ YDKPVPSQEP IVVQYGVRRY TIQPLFSQGS NSPNNVH KY ERFLHPDTVS VATCIAPVDF TQSPAIFFKP SPTDAKNIEL IGHGTFLNAD HSRILAKRAI LTGHPFRFHK TVVTVRYM F FRPEDVEWFK SIPLFTKSGR SGFIKESLGT HGYFKATFDG KLSAQDVVAM SLYKRMWPMP SLPWNGM

UniProtKB: Ribosome biogenesis protein TSR1

+
分子 #32: 20S ribosomal RNA

分子名称: 20S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 614.942125 KDa
配列文字列: AUCUGGUUGA UCCUGCCAGU AGUCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUAUAAGCA AUUUAUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUCGUUUAU UUGAUAGUUC CUUUACUACA UGGUAUAACU GUGGUAAUUC U AGAGCUAA ...文字列:
AUCUGGUUGA UCCUGCCAGU AGUCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUAUAAGCA AUUUAUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUCGUUUAU UUGAUAGUUC CUUUACUACA UGGUAUAACU GUGGUAAUUC U AGAGCUAA UACAUGCUUA AAAUCUCGAC CCUUUGGAAG AGAUGUAUUU AUUAGAUAAA AAAUCAAUGU CUUCGGACUC UU UGAUGAU UCAUAAUAAC UUUUCGAAUC GCAUGGCCUU GUGCUGGCGA UGGUUCAUUC AAAUUUCUGC CCUAUCAACU UUC GAUGGU AGGAUAGUGG CCUACCAUGG UUUCAACGGG UAACGGGGAA UAAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAA CGGCU ACCACAUCUG GUAAUUCUAG AGCUAAUACA UGCUUAAAAU CUCGACCCUU UGGAAGAGAU GUAUUUAUUA GAUAA AAAA UCAAUGUCUU CGGACUCUUU GAUGAUUCAU AAUAACUUUU CGAAUCGCAU GGCCUUGUGC UGGCGAUGGU UCAUUC AAA UUUCUGCCCU AUCAACUUUC GAUGGUAGGA UAGUGGCCUA CCAUGGUUUC AACGGGUAAC GGGGAAUAAG GGUUCGA UU CCGGAGAGGG AGCCUGAGAA ACGGCUACCA CAUCCAAGGA AGGCAGCAGG CGCGCAAAUU ACCCAAUCCU AAUUCAGG G AGGUAGUGAC AAUAAAUAAC GAUACAGGGC CCAUUCGGGU CUUGUAAUUG GAAUGAGUAC AAUGUAAAUA CCUUAACGA GGAACAAUUG GAGGGCAAGU CUGGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUUCCAGCU CCAAUAGCGU AUAUUAAAGU UGUUGCAGUU AAAAAGCUC GUAGUUGAAC UUUGGGCCCG GUUGGCCGGU CGGAUUUCCA ACGGGGCCUU UCCUUCUGGC UAACCUUGAG U CCUUGUGG CUCUUGGCGA ACCAGGACUU UUACUUUGAA AAAAUUAGAG UGUUCAAAGC AGGCGUAUUG CUCGAAUAUA UU AGCAUGG AAUAAUAGAA UAGGACGUUU GGUUCUAUUU UGUUGGUUUC UAGGACCAUC GUAAUGAUUA AUAGGGACGG UCG GGGGCA UAACUACUGC GAAAGCAUUU GCCAAGGACG UUUUCAUUAA UCUAACCAUA AACUAUGCCG ACUAGGGAUC GGGU GGUGU UUUUUUAAUG ACCCACUCGG CACCUUACGA GAAAUCAAAG UCUUUGGGUU CUGGGGGGAG UAUGGUCGCA AGGAU GAAA CUUAAAGGAA UUGACGGAAG GGCACCACCA GGAGUGGAGC CUGCGGCUUA AUUUGACUCA ACACGGGGAA ACUCAC CAG GUCCAGACAC AAUAAGGAUU GACAGAUUGA GAGCUCUUUC UUGAUUUUGU GGGUGGUGGU GCAUGGCCGU UCUUAGU UG GUGGAGUGAU UUGUCUGCUU AAUUGCGAUA ACGAACGAGA CCUUAACCUA CUAAAUAGUG GUGCUAGCAU UUGCUGGU U AUCCACUUCU UAGAGGGACU AUCGGUUUCA AGCCGAUGGA AGUUUGAGGC AAUAACAGGU CUGUGAUGCC CUUAGACGU UCUGGGCCGC ACGCGCGCUA CACUGACGGA GCCAGCGAGU CUAACCUUGG CCGAGAGGUC UUGGUAAUCU UGUGAAACUC CGUCGUGCU GGGGAUAGAG CAUUGUAAUU AUUGCUCUUC AACGAGGAAU UCCUAGUAAG CGCAAGUCAU CAGCUUGCGU U GAUUACGU CCCUGCCCUU UGUACACACC GCCCGUCGCU AGUACCGAUU GAAUGGCUUA GUGAGGCCUC AGGAUCUGCU UA GAGAAGG GGGCAACUCC AUCUCAGAGC GGAGAAUUUG GACAAACUUG GUCAUUUAGA GGAACUAAAA GUC

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90692
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

+
画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90692
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6wdr:
Subunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and quality control

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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