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- EMDB-20114: CryoEM structure of PilB from Geobacter metallireducens: C2ccocco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20114
タイトルCryoEM structure of PilB from Geobacter metallireducens: C2ccocco conformation
マップデータSharpened and z-flipped map
試料
  • 複合体: PilB Hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
キーワードATPase / T4P / type iv pilus / motor / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア) / Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者McCallum M / Howell PL
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus.
著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell /
要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by motor ATPases of the PilT/VirB11-like family. This family is thought to operate with C symmetry; however, most of these ATPases crystallize with either C or C symmetric conformations. The relevance of these conformations is unclear. Here, we determine the X-ray structures of PilT in four unique conformations and use these structures to classify the conformation of available PilT/VirB11-like family member structures. Single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) structures of PilT reveal condition-dependent preferences for C C, and C conformations. The physiologic importance of these conformations is validated by coevolution analysis and functional studies of point mutants, identifying a rare gain-of-function mutation that favours the C conformation. With these data, we propose a comprehensive model of PilT function with broad implications for PilT/VirB11-like family members.
履歴
登録2019年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月5日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.281
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.281
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6olj
  • 表面レベル: 0.281
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20114.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened and z-flipped map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 371.2 Å		1.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 371.2 Å		1.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 371.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.281 / ムービー #1: 0.281
最小 - 最大-0.6185528 - 1.2221209
平均 (標準偏差)-0.001202751 (±0.047119264)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.200371.200371.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6191.222-0.001

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添付データ

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追加マップ: Original unsharpened and unflipped map

ファイルemd_20114_additional.map
注釈Original unsharpened and unflipped map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PilB Hexamer

全体名称: PilB Hexamer
要素
  • 複合体: PilB Hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB

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超分子 #1: PilB Hexamer

超分子名称: PilB Hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Geobacter metallireducens (バクテリア)

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分子 #1: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB

分子名称: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210
分子量理論値: 64.899281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MQASRLGELL VRNNVITKEQ LAKALEEQKS ADGQQRLGSI LIKNGLISEP DLTSFLSKQY GVPSINLSE FEAEQAVVKI IPADVAQKYQ IVPVNRAGST LIIAMADPSN IFAIDDIKFM TGYNVEVVVA SESAIKAAID K YYDQSASL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MQASRLGELL VRNNVITKEQ LAKALEEQKS ADGQQRLGSI LIKNGLISEP DLTSFLSKQY GVPSINLSE FEAEQAVVKI IPADVAQKYQ IVPVNRAGST LIIAMADPSN IFAIDDIKFM TGYNVEVVVA SESAIKAAID K YYDQSASL ADVMGDLEMD DLEVIDTDDE VDVSSLERAT EDAPVVKLVN LILTDAIKRK ASDIHIEPYE RSFRVRYRID GV LYEVMKP PLKLKNAITS RIKIMAELDI AERRLPQDGR IKIKLGGGQD MDYRVSVLPT LFGEKVVLRL LDKSNLQLDM TKL GYEPDA LHYFKEAIHK PFGMVLVTGP TGSGKTVSLY SALGELNKTT ENISTAEDPV EFNFAGINQV QMHEDIGLNF AAAL RSFLR QDPDIIMIGE IRDFETAEIA IKAALTGHLV LSTLHTNDAP ATINRLLNMG VEPFLVASAV NLITAQRLAR RVCSE CKQP EEIPIQALID AGVSPDEAPS YVCYKGTGCV KCNNTGYKGR VGFYQVMPML EEIRELILNG ANTAEIKRES MRLGIK TMR QSGLTKLKEG VTSFEEVLRV TVADD

UniProtKB: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 35.7 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5tsg

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 3257
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tsg

詳細Initial fitting in chimera, flexible fitting in Phenix-refine
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 68.8
得られたモデル

PDB-6olj:
CryoEM structure of PilB from Geobacter metallireducens: C2ccocco conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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