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万見
- EMDB-19974: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19974
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 central spike protein - knob and petal domains
マップデータPhage phi812 central spike protein - knob and petal domains; postprocessed map
試料
  • 複合体: Central spike protein - knob and petal domains
    • タンパク質・ペプチド: GP-PDE domain-containing protein
キーワードbacteriophage / phage / contractile / phi812 / spike / central spike / TIM / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / GP-PDE domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Binovsky J / Pichel-Beleiro A / van Raaij MJ / Plevka P
資金援助European Union, チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Other governmentLX22NP05103 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky J / Pichel-Beleiro A / van Raaij MJ / Plevka P
履歴
登録2024年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phage phi812 central spike protein - knob and petal domains; postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.027909704 - 0.06598589
平均 (標準偏差)0.000112777365 (±0.0013928787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19974_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Phage phi812 central spike protein - knob and...

ファイルemd_19974_half_map_1.map
注釈Phage phi812 central spike protein - knob and petal domains; half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Phage phi812 central spike protein - knob and...

ファイルemd_19974_half_map_2.map
注釈Phage phi812 central spike protein - knob and petal domains; half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Central spike protein - knob and petal domains

全体名称: Central spike protein - knob and petal domains
要素
  • 複合体: Central spike protein - knob and petal domains
    • タンパク質・ペプチド: GP-PDE domain-containing protein

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超分子 #1: Central spike protein - knob and petal domains

超分子名称: Central spike protein - knob and petal domains / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

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分子 #1: GP-PDE domain-containing protein

分子名称: GP-PDE domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 94.274195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSDDLNVKGL VLATVSKINY KYQSVEVKVN NLTLGSRIGD DGSLAVPYPK SFIGRTPEGS VFGTKPLITE GSVVLIGFLN DDINSPIIL SVYGDNEQNK MINTNPLDGG KFDTESVYKY SSSLYEILPS LNYKYDDGEG TSIRTYNGKS FFSMTSGEEE K PQATDFYT ...文字列:
GSDDLNVKGL VLATVSKINY KYQSVEVKVN NLTLGSRIGD DGSLAVPYPK SFIGRTPEGS VFGTKPLITE GSVVLIGFLN DDINSPIIL SVYGDNEQNK MINTNPLDGG KFDTESVYKY SSSLYEILPS LNYKYDDGEG TSIRTYNGKS FFSMTSGEEE K PQATDFYT GTEYQDLFTS YYGNKTLIEP RIQKAPNMLF KHQGVFYDDG TPDNHITTLF ISERGDIRAS VLNTETQKRT TQ EMSSDGS YRVIKQDDDL MLDEAQVWIE YGISEDNKFY IKNDKHKFEF TDEGIYIDDK PMLENLDESI AEAMKNLNEI QKE LDDINY LLKGVGKDNL EELIESTKES IEASKKATSD VNRLTTQIAE VSGRTEGIIT QFQKFRDETF KDFYEDASTV INEV NQNFP TMKTDVKTLK TKVDNLEKTE IPNIKTRLTE LENNNNNADK IISDRGEHIG AMIQLEENVT VPMRKYMPIP WSKVT YNNA EFWDSNNPTR LVVPKGITKV RVAGNVLWDS NATGQRMLRI LKNGTYSIGL PYTRDVAIST APQNGTSGVI PVKEGD YFE FEAFQDSEGD RQFRADPYTW FSIEAIELET ETMEKDFMLI GHRGATGYTD EHTIKGYQMA LDKGADYIEL DLQLTKD NK LLCMHDSTID RTTTGTGKVG DMTLSYIQTN FTSLNGEPIP SLDDVLNHFG TKVKYYIETK RPFDANMDRE LLTQLKAK G LIGIGSERFQ VIIQSFARES LINIHNQFSN IPLAYLTSTF SESEMDDCLS YGFYAIAPKY TTITKELVDL AHSKGLKVH AWTVNTKEEM QSLIQMGVDG FFTNYLDEYK KI

UniProtKB: GP-PDE domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMKNaO4P-Sodium Potassium Phosphate
200.0 mMNaClSodium Chloride

詳細: sample diluted 10x with water before vitrification
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細sample diluted 10x with water before vitrification

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3120 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 487160
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated by stochastic gradient descent in Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0beta) / 使用した粒子像数: 135736
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 詳細: 3D Autorefine
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0beta) / 詳細: 3D Autorefine
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
source_name: Other, initial_model_type: experimental modelXray structure
source_name: Other, initial_model_type: in silico modelmanual building
詳細Chimera; Isolde
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9eul:
Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 central spike protein - knob and petal domains

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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