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万見
- EMDB-19970: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19970
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 baseplate in the pre-contraction state - core, and wedge module proteins
マップデータPhage phi812 baseplate in the pre-contraction state - core, wedge modules; postprocessed map
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Baseplate
        • タンパク質・ペプチド: Peptidase C51 domain-containing protein
        • タンパク質・ペプチド: TmpF
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge subunit
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: Putative baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: GP-PDE domain-containing protein
        • タンパク質・ペプチド: NlpC/P60 domain-containing protein
キーワードbacteriophage / phage / contractile / phi812 / baseplate / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / phosphoric diester hydrolase activity / cysteine-type peptidase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Putative phage tail tube initiator protein / Protein of unknown function DUF2634 / Contractile injection system sheath initiator / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. ...: / Putative phage tail tube initiator protein / Protein of unknown function DUF2634 / Contractile injection system sheath initiator / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / LysM domain superfamily / LysM domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate component / Baseplate wedge subunit / NlpC/P60 domain-containing protein / Baseplate component / GP-PDE domain-containing protein / TmpF / Peptidase C51 domain-containing protein / Putative baseplate component
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Binovsky J / Siborova M / Baska R / Pichel-Beleiro A / Skubnik K / Novacek J / van Raaij MJ / Plevka P
資金援助European Union, チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Other governmentLX22NP05103 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky J / Siborova M / Baska R / Pichel-Beleiro A / Skubnik K / Novacek J / van Raaij MJ / Plevka P
履歴
登録2024年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19970.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phage phi812 baseplate in the pre-contraction state - core, wedge modules; postprocessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.13163494 - 0.18665607
平均 (標準偏差)0.0007822496 (±0.0104716085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 322.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage 812

全体名称: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Baseplate
        • タンパク質・ペプチド: Peptidase C51 domain-containing protein
        • タンパク質・ペプチド: TmpF
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge subunit
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: Putative baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: Baseplate component
        • タンパク質・ペプチド: GP-PDE domain-containing protein
        • タンパク質・ペプチド: NlpC/P60 domain-containing protein

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超分子 #1: Staphylococcus phage 812

超分子名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 307898 / 生物種: Staphylococcus phage 812 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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超分子 #2: Tail

超分子名称: Tail / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

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超分子 #3: Baseplate

超分子名称: Baseplate / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

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分子 #1: Peptidase C51 domain-containing protein

分子名称: Peptidase C51 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 91.364289 KDa
配列文字列: MRRIRRPKVR IEIVTDDNTF TLRFEDTRDY NGDEFGAKLL GFQTKNSMED DSSVFQINMA GDTYWDKLVM ANDIIRIFIT PNDDPNDKE GKQERLIQVG MVSQVSKVGS YGNDQTQFRI TGQSFVKPFM KFGLGVIQEV QAVLPEVGWL IDGDGDNEVK F TGSSAHEV ...文字列:
MRRIRRPKVR IEIVTDDNTF TLRFEDTRDY NGDEFGAKLL GFQTKNSMED DSSVFQINMA GDTYWDKLVM ANDIIRIFIT PNDDPNDKE GKQERLIQVG MVSQVSKVGS YGNDQTQFRI TGQSFVKPFM KFGLGVIQEV QAVLPEVGWL IDGDGDNEVK F TGSSAHEV MTGIIRRFIP YMKYNYTEKT YNTIDNYLDY DDLSSWDEFE KLTEVSAFTN FDGSLKQLMD MVTARPFNEL FF KNSEKTP GKAQLVLRKT PFNPTEWRAL DMIKVPTEDF IEEDVGKSDV ETYSIFTATP AGMLKELNGD VFSKPQFHPE LTD RYGYTK FEVENIYLST KSGSATEDSD SSGDDNGTER GTYSKIMKDL SNYGRDNISK GIDKYTSKLS SKYKNLKKAQ AKKI IEKFV KEGKVTEKEY EKITGNKVDD ELTSDNRPKL TKDKLKSILK EKFKTQDDFN NSKKKKKAKT DALKELTTKY RFGNK THAT TLLDEYIKYK GEPPNDEAFD KYLKAIEGVS NVATDTGSDA SDSPLVMFSR MLFNWYHGNP NFYAGDIIVL GDPKYD LGK RLFIEDKQRG DTWEFYIESV EHKFDYKQGY YTTVGVTRGL KDAILEDGKG SPHRFAGLWN QSSDFMGGLM GEDTSKE LK EKGVAEKQSS GDKDGGSDSG GAQDGGSLDS LKKYNGKLPK HDPSFVQPGN RHYKYQCTWY AYNRRGQLGI PVPLWGDA A DWIGGAKGAG YGVGRTPKQG ACVIWQRGVQ GGSPQYGHVA FVEKVLDGGK KIFISEHNYA TPNGYGTRTI DMSSAIGKN AQFIYDKK

UniProtKB: Peptidase C51 domain-containing protein

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分子 #2: TmpF

分子名称: TmpF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 116.389945 KDa
配列文字列: MANFLKNLHP LLRRDRNKKD NQDPNFALID ALNEEMNQVE KDAIESKLQS SLKTSTSEYL DKFGDWFGVY RKTDEKDDVY RARIIKYLL LKRGTNNAII DAIKDYLGRD DIDVSVYEPF TNIFYTNKSH LNGEDHLMGY YYRFAVINVS IGDYFPVEII D VINEFKPA ...文字列:
MANFLKNLHP LLRRDRNKKD NQDPNFALID ALNEEMNQVE KDAIESKLQS SLKTSTSEYL DKFGDWFGVY RKTDEKDDVY RARIIKYLL LKRGTNNAII DAIKDYLGRD DIDVSVYEPF TNIFYTNKSH LNGEDHLMGY YYRFAVINVS IGDYFPVEII D VINEFKPA GVTLYVTYDG ASTIRGGAII KWLDGLPKIE TYQEFDRFTG YDDTFYGHIN MNQSKDTDNS SSDIFKTNHS LI NSLDVLT GSSSVGRQYI NYGYVTSYVY NPGMTSSVNQ ISASTEGRGQ EVPTDYYMYT STKNNNTVEL SMQTTSGVSY LYN NFNFRD YMSKYRPQVD LQSDEARRIV SDYIKELSID YYLSAVIPPD ESIEIKLQVY DFSINRWLTV SINNLSFYEK NIGS NIGYI KDYLNSELNM FTRLEINAGK RDSVDIKVNY LDLMFYYYER GIYTIKPYKA LIENYLDISR ETYVEAFKIA SLSNG DIIT KTGFQPIGYL KLVGNYENTI PSTINIVAKD TDNNPIESNE LDVYNTVENR NLLQSYKGVN TIAREITSTK EFTVSG WAK EIYSTNYLSK VLKPGKVYTL SFDMEITGND PTLKSYSDNH GIYLYSNTKG IVVNGVKSME RTIGNKVSVT QTFTAPT IT DHRLLIYTGR YTSDGKASTP PVFFNTVKIT ELKLTEGSSK LEYSPAPEDK PNVIEKGIKF NNILTNIQTL SINSDTIL K NVTLYYSYYG DSWVELKTLG NISTGETTET NNLIDLYGLQ TVDYSNINPM SKVSLRSIWN VKLGELNNQE GSLSNMPND YFNAVWQDID KLSDIELGSM RMVKDTEGGV FDGATGEIIK ATLFNVGAYT DLDMLAYTLT NYTEPLTLGS SRLISELKEE LLTSESFNV DNRIKVIDSI YEELPNTSII KNGFVEREVT GSKYLDYGLY EPIEDGTRYK LIVEGEFKDN IEFISLYNSN P NFNETFIY PSEIINGVAE KEFIAKPSTE DKPRLNTDVR IYIRPYDSTI SKVRRVELRK V

UniProtKB: TmpF

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分子 #3: Baseplate wedge subunit

分子名称: Baseplate wedge subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 26.611752 KDa
配列文字列: MRFKKHVVQH EETMQAIAQR YYGDVSYWID LVEHNNLKYP YLVETDEEKM KDPERLASTG DTLIIPIESD LTDVSAKEIN SRDKDVLVE LALGRDLNIT ADEKYFNEHG TSDNILAFST NGNGDLDTVK GIDNMKQQLQ ARLLTPRGSL MLHPNYGSDL H NLFGLNIP ...文字列:
MRFKKHVVQH EETMQAIAQR YYGDVSYWID LVEHNNLKYP YLVETDEEKM KDPERLASTG DTLIIPIESD LTDVSAKEIN SRDKDVLVE LALGRDLNIT ADEKYFNEHG TSDNILAFST NGNGDLDTVK GIDNMKQQLQ ARLLTPRGSL MLHPNYGSDL H NLFGLNIP EQATLIEMEV LRTLTSDNRV KSANLIDWKI QGNVYSGQFS VEIKSVEESI NFVLGQDEEG IFALFE

UniProtKB: Baseplate wedge subunit

+
分子 #4: Baseplate component

分子名称: Baseplate component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 19.998748 KDa
配列文字列:
MNNFIPQPQG LLRFLNTLDT DLTSSHMNLL DEEVSFVSKF YTPQLQLSEL AKKVLTNIKT DDIPVLEREF NDNTIIHKAN DTLLKVQAP RMYMILQSIV LEAYAIVNCF VENPSSLKYL TEEDVSITRE NLNYVADYLG NYDDYNSVVL DLRDLDLCFS A IELQLPLI KKEANV

UniProtKB: Baseplate component

+
分子 #5: Putative baseplate component

分子名称: Putative baseplate component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 29.381604 KDa
配列文字列: MPQSDGISNL HRIALRFPKE GGGYDMYRFK VNPENYTIDS PQRTTAIKTK SDIVIEDYGK DIEVINFTGT TGFRPVREAD GLKTGKQKM EELQSRVSEY AMQGGSGNVS GSYLQFFNFT DDSYYKVHLA PQGLKITRSK DEPLLFRYEI TLVVIGSLTE A DRSAVTTE ...文字列:
MPQSDGISNL HRIALRFPKE GGGYDMYRFK VNPENYTIDS PQRTTAIKTK SDIVIEDYGK DIEVINFTGT TGFRPVREAD GLKTGKQKM EELQSRVSEY AMQGGSGNVS GSYLQFFNFT DDSYYKVHLA PQGLKITRSK DEPLLFRYEI TLVVIGSLTE A DRSAVTTE EFGNVKPNAS QRVDEGIKEL DKNARKTRDR NNQEISRREN TIPKSTGDNT NEGNRLKQSF PSSSIYNPRQ ST NGLKGNI DNMALIIGYG DGGVSS

UniProtKB: Putative baseplate component

+
分子 #6: Baseplate component

分子名称: Baseplate component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 39.248859 KDa
配列文字列: MKTRKLTNIL SKLIDKTMAG TSKITDFTPG SASRSLLEAV SLEIEQFYIL TKENIDWGIQ EGIIEAFDFQ KRQSKRAYGD VTIQFYQPL DMRMYIPAGT TFTSTRQEYP QQFETLVDYY AEPDSTEIVV EVYCKETGVA GNVPEGTINT IASGSSLIRS V NNEYSFNT ...文字列:
MKTRKLTNIL SKLIDKTMAG TSKITDFTPG SASRSLLEAV SLEIEQFYIL TKENIDWGIQ EGIIEAFDFQ KRQSKRAYGD VTIQFYQPL DMRMYIPAGT TFTSTRQEYP QQFETLVDYY AEPDSTEIVV EVYCKETGVA GNVPEGTINT IASGSSLIRS V NNEYSFNT GTKEESQEDF KRRFHSFVES RGRATNKSVR YGALQIPDVE GVYVYEETGH ITVFAHDRNG NLSDTLKEDI ID ALQDYRP SGIMLDVTGV EKEEVNVSAT VTISNKSRIG DTLQKHIESV IRSYLNNLKT SDDLIITDLI QAIMNIDDVL IYD VSFDNL DENIIVPPQG IIRAGEIKVE LK

UniProtKB: Baseplate component

+
分子 #7: GP-PDE domain-containing protein

分子名称: GP-PDE domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 96.199547 KDa
配列文字列: MVVRFQSSMG RSLKRVDSDD LNVKGLVLAT VSKINYKYQS VEVKVNNLTL GSRIGDDGSL AVPYPKSFIG RTPEGSVFGT KPLITEGSV VLIGFLNDDI NSPIILSVYG DNEQNKMINT NPLDGGKFDT ESVYKYSSSL YEILPSLNYK YDDGEGTSIR T YNGKSFFS ...文字列:
MVVRFQSSMG RSLKRVDSDD LNVKGLVLAT VSKINYKYQS VEVKVNNLTL GSRIGDDGSL AVPYPKSFIG RTPEGSVFGT KPLITEGSV VLIGFLNDDI NSPIILSVYG DNEQNKMINT NPLDGGKFDT ESVYKYSSSL YEILPSLNYK YDDGEGTSIR T YNGKSFFS MTSGEEEKPQ ATDFYTGTEY QDLFTSYYGN KTLIEPRIQK APNMLFKHQG VFYDDGTPDN HITTLFISER GD IRASVLN TETQKRTTQE MSSDGSYRVI KQDDDLMLDE AQVWIEYGIS EDNKFYIKND KHKFEFTDEG IYIDDKPMLE NLD ESIAEA MKNLNEIQKE LDDINYLLKG VGKDNLEELI ESTKESIEAS KKATSDVNRL TTQIAEVSGR TEGIITQFQK FRDE TFKDF YEDASTVINE VNQNFPTMKT DVKTLKTKVD NLEKTEIPNI KTRLTELENN NNNADKIISD RGEHIGAMIQ LEENV TVPM RKYMPIPWSK VTYNNAEFWD SNNPTRLVVP KGITKVRVAG NVLWDSNATG QRMLRILKNG TYSIGLPYTR DVAIST APQ NGTSGVIPVK EGDYFEFEAF QDSEGDRQFR ADPYTWFSIE AIELETETME KDFMLIGHRG ATGYTDEHTI KGYQMAL DK GADYIELDLQ LTKDNKLLCM HDSTIDRTTT GTGKVGDMTL SYIQTNFTSL NGEPIPSLDD VLNHFGTKVK YYIETKRP F DANMDRELLT QLKAKGLIGI GSERFQVIIQ SFARESLINI HNQFSNIPLA YLTSTFSESE MDDCLSYGFY AIAPKYTTI TKELVDLAHS KGLKVHAWTV NTKEEMQSLI QMGVDGFFTN YLDEYKKI

UniProtKB: GP-PDE domain-containing protein

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分子 #8: NlpC/P60 domain-containing protein

分子名称: NlpC/P60 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 34.645887 KDa
配列文字列: MATDKEAKDV IDKFIDNVFN FDVLTKERIK EKDEEIKKIT TDDMYEKVVY IRPYVGVIQS LNPQHVQYES FSNNGYDIEA ELSFRKVSY LVDKGSIPTD SLSTLTVHLV ERNQELLIDY FDEIQDVLYG EYMEEEYVFD EDVPLSTILA LDLNDNLKSL S NIKYMFKG ...文字列:
MATDKEAKDV IDKFIDNVFN FDVLTKERIK EKDEEIKKIT TDDMYEKVVY IRPYVGVIQS LNPQHVQYES FSNNGYDIEA ELSFRKVSY LVDKGSIPTD SLSTLTVHLV ERNQELLIDY FDEIQDVLYG EYMEEEYVFD EDVPLSTILA LDLNDNLKSL S NIKYMFKG APKENPFGTD KDVYIDTYNL LYWLYLGEDE ELAYPMNINY FFTEGRFFTI FGKGHKYKVD VSKFIVGDIL FF GRSDTNI GIYVGDGEFI SMMGKFPKDE TPIGKYKLDD YWNEFNGRVM RFDEEVYI

UniProtKB: NlpC/P60 domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris, 10mM NaCl, 10mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 23421
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8210

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 9705
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: C3 symmetry imposed
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9euh:
Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 baseplate in the pre-contraction state - core, and wedge module proteins

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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