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- EMDB-1976: Functional reconstitution of the 13-subunit human translation ini... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1976
タイトルFunctional reconstitution of the 13-subunit human translation initiation factor eIF3.
マップデータ3d reconstruction of 12mer human translation initiation factor eIF3
試料
  • 試料: 12mer of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 a
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 b
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 c
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 d
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 e
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 f
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 g
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 h
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 i
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 k
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 l
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 m
キーワードtranslation initiation / eukaryotic initiation factor 3 / ribosome / hepatitis C virus / internal ribosome entry site / proteasome / COP9 signalosome
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.3 Å
データ登録者Querol-Audi J / Sun C / Todorovic A / Bai Y / Villa N / Snyder M / Ashchyan J / Lewis C / Hartland A / Gradia S ...Querol-Audi J / Sun C / Todorovic A / Bai Y / Villa N / Snyder M / Ashchyan J / Lewis C / Hartland A / Gradia S / Fraser CS / Doudna JA / Nogales E / Cate JHD
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011
タイトル: Functional reconstitution of human eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3).
著者: Chaomin Sun / Aleksandar Todorovic / Jordi Querol-Audí / Yun Bai / Nancy Villa / Monica Snyder / John Ashchyan / Christopher S Lewis / Abbey Hartland / Scott Gradia / Christopher S Fraser / ...著者: Chaomin Sun / Aleksandar Todorovic / Jordi Querol-Audí / Yun Bai / Nancy Villa / Monica Snyder / John Ashchyan / Christopher S Lewis / Abbey Hartland / Scott Gradia / Christopher S Fraser / Jennifer A Doudna / Eva Nogales / Jamie H D Cate /
要旨: Protein fate in higher eukaryotes is controlled by three complexes that share conserved architectural elements: the proteasome, COP9 signalosome, and eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3). ...Protein fate in higher eukaryotes is controlled by three complexes that share conserved architectural elements: the proteasome, COP9 signalosome, and eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3). Here we reconstitute the 13-subunit human eIF3 in Escherichia coli, revealing its structural core to be the eight subunits with conserved orthologues in the proteasome lid complex and COP9 signalosome. This structural core in eIF3 binds to the small (40S) ribosomal subunit, to translation initiation factors involved in mRNA cap-dependent initiation, and to the hepatitis C viral (HCV) internal ribosome entry site (IRES) RNA. Addition of the remaining eIF3 subunits enables reconstituted eIF3 to assemble intact initiation complexes with the HCV IRES. Negative-stain EM reconstructions of reconstituted eIF3 further reveal how the approximately 400 kDa molecular mass structural core organizes the highly flexible 800 kDa molecular mass eIF3 complex, and mediates translation initiation.
履歴
登録2011年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月3日-
マップ公開2011年12月21日-
更新2011年12月21日-
現状2011年12月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

12mer_emd197...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3d reconstruction of 12mer human translation initiation factor eIF3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.36 Å/pix.
x 96 pix.
= 418.56 Å		4.36 Å/pix.
x 96 pix.
= 418.56 Å		4.36 Å/pix.
x 96 pix.
= 418.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.8 / ムービー #1: 4.8
最小 - 最大-5.17689 - 15.9619
平均 (標準偏差)0.00000000155009 (±0.999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 418.56 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.364.364.36
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z418.560418.560418.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-5.17715.9620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 12mer of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3

全体名称: 12mer of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3
要素
  • 試料: 12mer of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 a
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 b
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 c
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 d
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 e
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 f
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 g
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 h
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 i
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 k
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 l
  • 細胞器官・細胞要素: eIF3 m

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超分子 #1000: 12mer of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3

超分子名称: 12mer of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: Subcomplex containing 12 subunits, missing j subunit
Number unique components: 1
分子量理論値: 700 KDa

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超分子 #1: eIF3 a

超分子名称: eIF3 a / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: eIF3 a / 詳細: truncated version, contains residues 5-654 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: eIF3 b

超分子名称: eIF3 b / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / Name.synonym: eIF3 b / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: eIF3 c

超分子名称: eIF3 c / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / Name.synonym: eIF3 c / 詳細: truncated version, contains residues 302-913 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #4: eIF3 d

超分子名称: eIF3 d / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 4 / Name.synonym: eIF3 d / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #5: eIF3 e

超分子名称: eIF3 e / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 5 / Name.synonym: eIF3 e / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #6: eIF3 f

超分子名称: eIF3 f / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 6 / Name.synonym: eIF3 f / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #7: eIF3 g

超分子名称: eIF3 g / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 7 / Name.synonym: eIF3 g / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #8: eIF3 h

超分子名称: eIF3 h / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 8 / Name.synonym: eIF3 h / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #9: eIF3 i

超分子名称: eIF3 i / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 9 / Name.synonym: eIF3 i / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #10: eIF3 k

超分子名称: eIF3 k / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 10 / Name.synonym: eIF3 k / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #11: eIF3 l

超分子名称: eIF3 l / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 11 / Name.synonym: eIF3 l / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #12: eIF3 m

超分子名称: eIF3 m / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 12 / Name.synonym: eIF3 m / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES, 120 mM KCl, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 3% trehalose
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein stained with 3% w/v uranyl acetate for 40 seconds.
グリッド詳細: 200 mesh Cu grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 340 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Data collected using TVIPS camera
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
CTF補正詳細: Whole image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 12457
最終 角度割当詳細: EMAN2 with initial and final angular steps of 25 and 10 degrees
最終 2次元分類クラス数: 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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