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- EMDB-19718: RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ord... -

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データベース: EMDB / ID: EMD-19718
タイトルRNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt
マップデータlocally filtered and sharpened map
試料
  • 複合体: Core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: DNA and RNA
      • DNA: x 2種
      • RNA: x 1種
    • 複合体: Transcription initiation factor IIB, IIE and IIF
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • 複合体: TATA-box-binding protein, Transcription initiation factor IIA
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA polymerase II / promoter escape / de novo initiation / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding ...positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIF complex / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / female germ cell nucleus / nuclear lumen / male pronucleus / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / protein acetylation / cell division site / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / acetyltransferase activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / aryl hydrocarbon receptor binding / RNA polymerase II complex binding / viral transcription / TFIIB-class transcription factor binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain ...Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta ...RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit K / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / General transcription factor IIF subunit 2 / TATA-box-binding protein / General transcription factor IIE subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription factor IIF subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / unidentified adenovirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhan Y / Grabbe F / Oberbeckmann E / Dienemann C / Cramer P
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Three-step mechanism of promoter escape by RNA polymerase II.
著者: Yumeng Zhan / Frauke Grabbe / Elisa Oberbeckmann / Christian Dienemann / Patrick Cramer /
要旨: The transition from transcription initiation to elongation is highly regulated in human cells but remains incompletely understood at the structural level. In particular, it is unclear how ...The transition from transcription initiation to elongation is highly regulated in human cells but remains incompletely understood at the structural level. In particular, it is unclear how interactions between RNA polymerase II (RNA Pol II) and initiation factors are broken to enable promoter escape. Here, we reconstitute RNA Pol II promoter escape in vitro and determine high-resolution structures of initially transcribing complexes containing 8-, 10-, and 12-nt ordered RNAs and two elongation complexes containing 14-nt RNAs. We suggest that promoter escape occurs in three major steps. First, the growing RNA displaces the B-reader element of the initiation factor TFIIB without evicting TFIIB. Second, the rewinding of the transcription bubble coincides with the eviction of TFIIA, TFIIB, and TBP. Third, the binding of DSIF and NELF facilitates TFIIE and TFIIH dissociation, establishing the paused elongation complex. This three-step model for promoter escape fills a gap in our understanding of the initiation-elongation transition of RNA Pol II transcription.
履歴
登録2024年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19718.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.29
最小 - 最大-35.910297 - 54.772193999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000001496 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19718_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19718_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19718_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt

全体名称: Core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt
要素
  • 複合体: Core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • 複合体: DNA and RNA
      • DNA: Non-template DNA
      • RNA: RNA
      • DNA: Template DNA
    • 複合体: Transcription initiation factor IIB, IIE and IIF
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIB
      • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIF subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIF subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: General transcription factor IIE subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIE subunit beta
    • 複合体: TATA-box-binding protein, Transcription initiation factor IIA
      • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 2
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt

超分子名称: Core initially transcribing complex with an ordered RNA of 8 nt
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23

+
超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
超分子 #3: DNA and RNA

超分子名称: DNA and RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14, #16, #19
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)

+
超分子 #4: Transcription initiation factor IIB, IIE and IIF

超分子名称: Transcription initiation factor IIB, IIE and IIF / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13, #17-#18, #22-#23
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: TATA-box-binding protein, Transcription initiation factor IIA

超分子名称: TATA-box-binding protein, Transcription initiation factor IIA
タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15, #20-#21
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 217.450078 KDa
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMTE CPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK RLTHVYDLCK GKNICEGGEE M DNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQEKKILLSP ERVHEIFKRI SDEECFVLGM EP RYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKLADIVKIN NQLRRNEQNG AAAHVIAEDV KLLQFHVATM VDN ELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRVRGNLMG KRVDFSARTV ITPDPNLSID QVGVPRSIAA NMTFAEIVTP FNID RLQEL VRRGNSQYPG AKYIIRDNGD RIDLRFHPKP SDLHLQTGYK VERHMCDGDI VIFNRQPTLH KMSMMGHRVR ILPWS TFRL NLSVTTPYNA DFDGDEMNLH LPQSLETRAE IQELAMVPRM IVTPQSNRPV MGIVQDTLTA VRKFTKRDVF LERGEV MNL LMFLSTWDGK VPQPAILKPR PLWTGKQIFS LIIPGHINCI RTHSTHPDDE DSGPYKHISP GDTKVVVENG ELIMGIL CK KSLGTSAGSL VHISYLEMGH DITRLFYSNI QTVINNWLLI EGHTIGIGDS IADSKTYQDI QNTIKKAKQD VIEVIEKA H NNELEPTPGN TLRQTFENQV NRILNDARDK TGSSAQKSLS EYNNFKSMVV SGAKGSKINI SQVIAVVGQQ NVEGKRIPF GFKHRTLPHF IKDDYGPESR GFVENSYLAG LTPTEFFFHA MGGREGLIDT AVKTAETGYI QRRLIKSMES VMVKYDATVR NSINQVVQL RYGEDGLAGE SVEFQNLATL KPSNKAFEKK FRFDYTNERA LRRTLQEDLV KDVLSNAHIQ NELEREFERM R EDREVLRV IFPTGDSKVV LPCNLLRMIW NAQKIFHINP RLPSDLHPIK VVEGVKELSK KLVIVNGDDP LSRQAQENAT LL FNIHLRS TLCSRRMAEE FRLSGEAFDW LLGEIESKFN QAIAHPGEMV GALAAQSLGE PATQMTLNTF HYAGVSAKNV TLG VPRLKE LINISKKPKT PSLTVFLLGQ SARDAERAKD ILCRLEHTTL RKVTANTAIY YDPNPQSTVV AEDQEWVNVY YEMP DFDVA RISPWLLRVE LDRKHMTDRK LTMEQIAEKI NAGFGDDLNC IFNDDNAEKL VLRIRIMNSD ENKMQEEEEV VDKMD DDVF LRCIESNMLT DMTLQGIEQI SKVYMHLPQT DNKKKIIITE DGEFKALQEW ILETDGVSLM RVLSEKDVDP VRTTSN DIV EIFTVLGIEA VRKALERELY HVISFDGSYV NYRHLALLCD TMTCRGHLMA ITRHGVNRQD TGPLMKCSFE ETVDVLM EA AAHGESDPMK GVSENIMLGQ LAPAGTGCFD LLLDAEKCKY GMEIPTNIPG LGAAGPTGMF FGSAPSPMGG ISPAMTPW N QGATPAYGAW SPSVGSGMTP GAAGFSPSAA SDASGFSPGY SPAWSPTPGS PGSPGPSSPY IPSPGGAMSP SYSPTSPAY EPRSPGGYTP QSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPNYS PTSPNYTPTS P SYSPTSPS YSPTSPNYTP TSPNYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPSS PRYTPQSPTY TPSSPSYSPS SPSYSPTSPK YT PTSPSYS PSSPEYTPTS PKYSPTSPKY SPTSPKYSPT SPTYSPTTPK YSPTSPTYSP TSPVYTPTSP KYSPTSPTYS PTS PKYSPT SPTYSPTSPK GSTYSPTSPG YSPTSPTYSL TSPAISPDDS DEEN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 147.938594 KDa
配列文字列: MKPLRPENPP KAELKGLLFV QQHCKTRLHS VAVTRPRGAA TEESTPKLRM CSTNLSQALA YFRAGANLTA ASLWAGFRGS RRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDED DDEITPDLWQ EACWIVISSY F DEKGLVRQ ...文字列:
MKPLRPENPP KAELKGLLFV QQHCKTRLHS VAVTRPRGAA TEESTPKLRM CSTNLSQALA YFRAGANLTA ASLWAGFRGS RRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGLG APGSCANMYD ADEDMQYDED DDEITPDLWQ EACWIVISSY F DEKGLVRQ QLDSFDEFIQ MSVQRIVEDA PPIDLQAEAQ HASGEVEEPP RYLLKFEQIY LSKPTHWERD GAPSPMMPNE AR LRNLTYS APLYVDITKT VIKEGEEQLQ TQHQKTFIGK IPIMLRSTYC LLNGLTDRDL CELNECPLDP GGYFIINGSE KVL IAQEKM ATNTVYVFAK KDSKYAYTGE CRSCLENSSR PTSTIWVSML ARGGQGAKKS AIGQRIVATL PYIKQEVPII IVFR ALGFV SDRDILEHII YDFEDPEMME MVKPSLDEAF VIQEQNVALN FIGSRGAKPG VTKEKRIKYA KEVLQKEMLP HVGVS DFCE TKKAYFLGYM VHRLLLAALG RRELDDRDHY GNKRLDLAGP LLAFLFRGMF KNLLKEVRIY AQKFIDRGKD FNLELA IKT RIISDGLKYS LATGNWGDQK KAHQARAGVS QVLNRLTFAS TLSHLRRLNS PIGRDGKLAK PRQLHNTLWG MVCPAET PE GHAVGLVKNL ALMAYISVGS QPSPILEFLE EWSMENLEEI SPAAIADATK IFVNGCWVGI HKDPEQLMNT LRKLRRQM D IIVSEVSMIR DIREREIRIY TDAGRICRPL LIVEKQKLLL KKRHIDQLKE REYNNYSWQD LVASGVVEYI DTLEEETVM LAMTPDDLQE KEVAYCSTYT HCEIHPSMIL GVCASIIPFP DHNQSPRNTY QSAMGKQAMG VYITNFHVRM DTLAHVLYYP QKPLVTTRS MEYLRFRELP AGINSIVAIA SYTGYNQEDS VIMNRSAVDR GFFRSVFYRS YKEQESKKGF DQEEVFEKPT R ETCQGMRH AIYDKLDDDG LIAPGVRVSG DDVIIGKTVT LPENEDELEG TNRRYTKRDC STFLRTSETG IVDQVMVTLN QE GYKFCKI RVRSVRIPQI GDKFASRHGQ KGTCGIQYRQ EDMPFTCEGI TPDIIINPHA IPSRMTIGHL IECLQGKVSA NKG EIGDAT PFNDAVNVQK ISNLLSDYGY HLRGNEVLYN GFTGRKITSQ IFIGPTYYQR LKHMVDDKIH SRARGPIQIL NRQP MEGRS RDGGLRFGEM ERDCQIAHGA AQFLRERLFE ASDPYQVHVC NLCGIMAIAN TRTHTYECRG CRNKTQISLV RMPYA CKLL FQELMSMSIA PRMMSV

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 31.439074 KDa
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLGL IPLTSDDIVD KLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD LISNSPRVIP VTSRNRDNDP SDYVEQDDIL IVKLRKGQEL R LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVAFEYDP DNALRHTVYP KPEEWPKSEY SELDEDESQA PYDPNGKPER FYYNVESCGS LR PETIVLS ALSGLKKKLS DLQTQLSHEI QSDVLTIN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 20.962621 KDa
配列文字列:
MWGPAQPYSD SALSPKPRPF RAVFRGSALP FPAVRVEVRG RSMAAGGSDP RAGDVEEDAS QLIFPKEFET AETLLNSEVH MLLEHRKQQ NESAEDEQEL SEVFMKTLNY TARFSRFKNR ETIASVRSLL LQKKLHKFEL ACLANLCPET AEESKALIPS L EGRFEDEE LQQILDDIQT KRSFQY

UniProtKB: RNA polymerase II subunit D

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 24.644318 KDa
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLQQELLINI TEHELVPEHV VMTKEEVTEL L ARYKLREN QLPRIQAGDP VARYFGIKRG QVVKIIRPSE TAGRYITYRL VQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit E

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.477001 KDa
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTRA LQIAMCAPVM VELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG VDELIISD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.314283 KDa
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF DPNSNPPCYK TMDEDIVIQQ DDEIRLKIVG TRVDKNDIFA I GSLMDDYL GLVS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162273 KDa
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGTL DDGEYNPTDD RPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG GLLMRLQGDA NNLHGFEVDS RVYLLMKKLA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.541221 KDa
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQIIA DVSQDPTLPR TEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC GHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.655123 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.310284 KDa
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEHK IIIRVQTTPD YSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.018244 KDa
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

UniProtKB: RNA polymerase II subunit K

+
分子 #13: Transcription initiation factor IIB

分子名称: Transcription initiation factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.877949 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASTSRLDAL PRVTCPNHPD AILVEDYRAG DMICPECGLV VGDRVIDVGS EWRTFSNDKA TKDPSRVGDS QNPLLSDGDL STMIGKGTG AASFDEFGNS KYQNRRTMSS SDRAMMNAFK EITTMADRIN LPRNIVDRTN NLFKQVYEQK SLKGRANDAI A SACLYIAC ...文字列:
MASTSRLDAL PRVTCPNHPD AILVEDYRAG DMICPECGLV VGDRVIDVGS EWRTFSNDKA TKDPSRVGDS QNPLLSDGDL STMIGKGTG AASFDEFGNS KYQNRRTMSS SDRAMMNAFK EITTMADRIN LPRNIVDRTN NLFKQVYEQK SLKGRANDAI A SACLYIAC RQEGVPRTFK EICAVSRISK KEIGRCFKLI LKALETSVDL ITTGDFMSRF CSNLCLPKQV QMAATHIARK AV ELDLVPG RSPISVAAAA IYMASQASAE KRTQKEIGDI AGVADVTIRQ SYRLIYPRAP DLFPTDFKFD TPVDKLPQL

UniProtKB: Transcription initiation factor IIB

+
分子 #15: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.729938 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI ...文字列:
MDQNNSLPPY AQGLASPQGA MTPGIPIFSP MMPYGTGLTP QPIQNTNSLS ILEEQQRQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQ QQQQQQAVAA AAVQQSTSQQ ATQGTSGQAP QLFHSQTLTT APLPGTTPLY PSPMTPMTPI TPATPASESS G IVPQLQNI VSTVNLGCKL DLKTIALRAR NAEYNPKRFA AVIMRIREPR TTALIFSSGK MVCTGAKSEE QSRLAARKYA RV VQKLGFP AKFLDFKIQN MVGSCDVKFP IRLEGLVLTH QQFSSYEPEL FPGLIYRMIK PRIVLLIFVS GKVVLTGAKV RAE IYEAFE NIYPILKGFR KTT

UniProtKB: TATA-box-binding protein

+
分子 #17: General transcription factor IIF subunit 1

分子名称: General transcription factor IIF subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.343578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAALGPSSQN VTEYVVRVPK NTTKKYNIMA FNAADKVNFA TWNQARLERD LSNKKIYQEE EMPESGAGSE FNRKLREEAR RKKYGIVLK EFRPEDQPWL LRVNGKSGRK FKGIKKGGVT ENTSYYIFTQ CPDGAFEAFP VHNWYNFTPL ARHRTLTAEE A EEEWERRN ...文字列:
MAALGPSSQN VTEYVVRVPK NTTKKYNIMA FNAADKVNFA TWNQARLERD LSNKKIYQEE EMPESGAGSE FNRKLREEAR RKKYGIVLK EFRPEDQPWL LRVNGKSGRK FKGIKKGGVT ENTSYYIFTQ CPDGAFEAFP VHNWYNFTPL ARHRTLTAEE A EEEWERRN KVLNHFSIMQ QRRLKDQDQD EDEEEKEKRG RRKASELRIH DLEDDLEMSS DASDASGEEG GRVPKAKKKA PL AKGGRKK KKKKGSDDEA FEDSDDGDFE GQEVDYMSDG SSSSQEEPES KAKAPQQEEG PKGVDEQSDS SEESEEEKPP EED KEEEEE KKAPTPQEKK RRKDSSEESD SSEESDIDSE ASSALFMAKK KTPPKRERKP SGGSSRGNSR PGTPSAEGGS TSST LRAAA SKLEQGKRVS EMPAAKRLRL DTGPQSLSGK STPQPPSGKT TPNSGDVQVT EDAVRRYLTR KPMTTKDLLK KFQTK KTGL SSEQTVNVLA QILKRLNPER KMINDKMHFS LKE

UniProtKB: General transcription factor IIF subunit 1

+
分子 #18: General transcription factor IIF subunit 2

分子名称: General transcription factor IIF subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.427309 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAERGELDLT GAKQNTGVWL VKVPKYLSQQ WAKASGRGEV GKLRIAKTQG RTEVSFTLNE DLANIHDIGG KPASVSAPRE HPFVLQSVG GQTLTVFTES SSDKLSLEGI VVQRAECRPA ASENYMRLKR LQIEESSKPV RLSQQLDKVV TTNYKPVANH Q YNIEYERK ...文字列:
MAERGELDLT GAKQNTGVWL VKVPKYLSQQ WAKASGRGEV GKLRIAKTQG RTEVSFTLNE DLANIHDIGG KPASVSAPRE HPFVLQSVG GQTLTVFTES SSDKLSLEGI VVQRAECRPA ASENYMRLKR LQIEESSKPV RLSQQLDKVV TTNYKPVANH Q YNIEYERK KKEDGKRARA DKQHVLDMLF SAFEKHQYYN LKDLVDITKQ PVVYLKEILK EIGVQNVKGI HKNTWELKPE YR HYQGEEK SD

UniProtKB: General transcription factor IIF subunit 2

+
分子 #20: Transcription initiation factor IIA subunit 1

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.544551 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MANSANTNTV PKLYRSVIED VINDVRDIFL DDGVDEQVLM ELKTLWENKL MQSRAVDGFH SEEQQLLLQV QQQHQPQQQQ HHHHHHHQQ AQPQQTVPQQ AQTQQVLIPA SQQATAPQVI VPDSKLIQHM NASNMSAAAT AATLALPAGV TPVQQILTNS G QLLQVVRA ...文字列:
MANSANTNTV PKLYRSVIED VINDVRDIFL DDGVDEQVLM ELKTLWENKL MQSRAVDGFH SEEQQLLLQV QQQHQPQQQQ HHHHHHHQQ AQPQQTVPQQ AQTQQVLIPA SQQATAPQVI VPDSKLIQHM NASNMSAAAT AATLALPAGV TPVQQILTNS G QLLQVVRA ANGAQYIFQP QQSVVLQQQV IPQMQPGGVQ APVIQQVLAP LPGGISPQTG VIIQPQQILF TGNKTQVIPT TV AAPTPAQ AQITATGQQQ PQAQPAQTQA PLVLQVDGTG DTSSEEDEDE EEDYDDDEEE DKEKDGAEDG QVEEEPLNSE DDV SDEEGQ ELFDTENVVV CQYDKIHRSK NKWKFHLKDG IMNLNGRDYI FSKAIGDAEW

UniProtKB: Transcription initiation factor IIA subunit 1

+
分子 #21: Transcription initiation factor IIA subunit 2

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.469091 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MAYQLYRNTT LGNSLQESLD ELIQSQQITP QLALQVLLQF DKAINAALAQ RVRNRVNFRG SLNTYRFCDN VWTFVLNDVE FREVTELIK VDKVKIVACD GKNTGSNTTE

UniProtKB: Transcription initiation factor IIA subunit 2

+
分子 #22: General transcription factor IIE subunit 1

分子名称: General transcription factor IIE subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.516094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADPDVLTEV PAALKRLAKY VIRGFYGIEH ALALDILIRN SCVKEEDMLE LLKFDRKQLR SVLNNLKGDK FIKCRMRVET AADGKTTRH NYYFINYRTL VNVVKYKLDH MRRRIETDER DSTNRASFKC PVCSSTFTDL EANQLFDPMT GTFRCTFCHT E VEEDESAM ...文字列:
MADPDVLTEV PAALKRLAKY VIRGFYGIEH ALALDILIRN SCVKEEDMLE LLKFDRKQLR SVLNNLKGDK FIKCRMRVET AADGKTTRH NYYFINYRTL VNVVKYKLDH MRRRIETDER DSTNRASFKC PVCSSTFTDL EANQLFDPMT GTFRCTFCHT E VEEDESAM PKKDARTLLA RFNEQIEPIY ALLRETEDVN LAYEILEPEP TEIPALKQSK DHAATTAGAA SLAGGHHREA WA TKGPSYE DLYTQNVVIN MDDQEDLHRA SLEGKSAKER PIWLRESTVQ GAYGSEDMKE GGIDMDAFQE REEGHAGPDD NEE VMRALL IHEKKTSSAM AGSVGAAAPV TAANGSDSES ETSESDDDSP PRPAAVAVHK REEDEEEDDE FEEVADDPIV MVAG RPFSY SEVSQRPELV AQMTPEEKEA YIAMGQRMFE DLFE

UniProtKB: General transcription factor IIE subunit 1

+
分子 #23: Transcription initiation factor IIE subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIE subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.106824 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDPSLLRERE LFKKRALSTP VVEKRSASSE SSSSSSKKKK TKVEHGGSSG SKQNSDHSNG SFNLKALSGS SGYKFGVLAK IVNYMKTRH QRGDTHPLTL DEILDETQHL DIGLKQKQWL MTEALVNNPK IEVIDGKYAF KPKYNVRDKK ALLRLLDQHD Q RGLGGILL ...文字列:
MDPSLLRERE LFKKRALSTP VVEKRSASSE SSSSSSKKKK TKVEHGGSSG SKQNSDHSNG SFNLKALSGS SGYKFGVLAK IVNYMKTRH QRGDTHPLTL DEILDETQHL DIGLKQKQWL MTEALVNNPK IEVIDGKYAF KPKYNVRDKK ALLRLLDQHD Q RGLGGILL EDIEEALPNS QKAVKALGDQ ILFVNRPDKK KILFFNDKSC QFSVDEEFQK LWRSVTVDSM DEEKIEEYLK RQ GISSMQE SGPKKVAPIQ RRKKPASQKK RRFKTHNEHL AGVLKDYSDI TSSK

UniProtKB: Transcription initiation factor IIE subunit beta

+
分子 #14: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)
分子量理論値: 43.236555 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG) (DT)(DT)(DC)(DG)(DT) ...文字列:
(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG) (DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DT) (DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DG) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DC)(DA)(DT)(DG)(DA) (DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)

+
分子 #19: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 19 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)
分子量理論値: 42.569098 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DG)(DT)(DT)(DC) ...文字列:
(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG) (DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DC)

+
分子 #16: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 16 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)
分子量理論値: 2.508593 KDa
配列文字列:
ACACCCAG

+
分子 #24: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 10 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #25: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

12613

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87097
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る