+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TRRAP in human Tip60 complex locally refined 1 | |||||||||
![]() | TRRAPP locally refined 1 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Eukaryotic transcription / Histone acetyltransferase / chromatin remodeling / Complex / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transcription factor TFTC complex / protein antigen binding / Swr1 complex / regulation of double-strand break repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SAGA complex / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of RNA splicing / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...transcription factor TFTC complex / protein antigen binding / Swr1 complex / regulation of double-strand break repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SAGA complex / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of RNA splicing / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of DNA repair / transcription coregulator activity / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / helicase activity / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nucleosome / chromatin organization / HATs acetylate histones / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / hydrolase activity / DNA repair / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
![]() | Li C / Smirnova E / Schnitzler C / Crucifix C / Concordet JP / Brion A / Poterszman A / Schultz P / Papai G / Ben-Shem A | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of human TIP60-C histone exchange and acetyltransferase complex 著者: li C / Smirnova E / Schnitzler C / Crucifix C / Concordet JP / Brion A / Poterszman A / Schultz P / Papai G / Ben-Shem A | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 334.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 63.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 669.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 621.6 MB 621.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8qr1C ![]() 8qriC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | TRRAPP locally refined 1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.862 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_18613_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_18613_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Human Tip60 complex
全体 | 名称: Human Tip60 complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human Tip60 complex
超分子 | 名称: Human Tip60 complex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: TRRAP
分子 | 名称: TRRAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAFVATQGAT VVDQTTLMKK YLQFVAALTD VNTPDETKLK MMQEVSENFE NVTSSPQYST FLEHIIPRFL TFLQDGEVQF LQEKPAQQLR KLVLEIIHRI PTNEHLRPHT KNVLSVMFRF LETENEENVL ICLRIIIELH KQFRPPITQE IHHFLDFVKQ IYKELPKVVN ...文字列: MAFVATQGAT VVDQTTLMKK YLQFVAALTD VNTPDETKLK MMQEVSENFE NVTSSPQYST FLEHIIPRFL TFLQDGEVQF LQEKPAQQLR KLVLEIIHRI PTNEHLRPHT KNVLSVMFRF LETENEENVL ICLRIIIELH KQFRPPITQE IHHFLDFVKQ IYKELPKVVN RYFENPQVIP ENTVPPPEMV GMITTIAVKV NPEREDSETR THSIIPRGSL SLKVLAELPI IVVLMYQLYK LNIHNVVAEF VPLIMNTIAI QVSAQARQHK LYNKELYADF IAAQIKTLSF LAYIIRIYQE LVTKYSQQMV KGMLQLLSNC PAETAHLRKE LLIAAKHILT TELRNQFIPC MDKLFDESIL IGSGYTARET LRPLAYSTLA DLVHHVRQHL PLSDLSLAVQ LFAKNIDDES LPSSIQTMSC KLLLNLVDCI RSKSEQESGN GRDVLMRMLE VFVLKFHTIA RYQLSAIFKK CKPQSELGAV EAALPGVPTA PAAPGPAPSP APVPAPPPPP PPPPPATPVT PAPVPPFEKQ GEKDKEDKQT FQVTDCRSLV KTLVCGVKTI TWGITSCKAP GEAQFIPNKQ LQPKETQIYI KLVKYAMQAL DIYQVQIAGN GQTYIRVANC QTVRMKEEKE VLEHFAGVFT MMNPLTFKEI FQTTVPYMVE RISKNYALQI VANSFLANPT TSALFATILV EYLLDRLPEM GSNVELSNLY LKLFKLVFGS VSLFAAENEQ MLKPHLHKIV NSSMELAQTA KEPYNYFLLL RALFRSIGGG SHDLLYQEFL PLLPNLLQGL NMLQSGLHKQ HMKDLFVELC LTVPVRLSSL LPYLPMLMDP LVSALNGSQT LVSQGLRTLE LCVDNLQPDF LYDHIQPVRA ELMQALWRTL RNPADSISHV AYRVLGKFGG SNRKMLKESQ KLHYVVTEVQ GPSITVEFSD CKASLQLPME KAIETALDCL KSANTEPYYR RQAWEVIKCF LVAMMSLEDN KHALYQLLAH PNFTEKTIPN VIISHRYKAQ DTPARKTFEQ ALTGAFMSAV IKDLRPSALP FVASLIRHYT MVAVAQQCGP FLLPCYQVGS QPSTAMFHSE ENGSKGMDPL VLIDAIAICM AYEEKELCKI GEVALAVIFD VASIILGSKE RACQLPLFSY IVERLCACCY EQAWYAKLGG VVSIKFLMER LPLTWVLQNQ QTFLKALLFV MMDLTGEVSN GAVAMAKTTL EQLLMRCATP LKDEERAEEI VAAQEKSFHH VTHDLVREVT SPNSTVRKQA MHSLQVLAQV TGKSVTVIME PHKEVLQDMV PPKKHLLRHQ PANAQIGLME GNTFCTTLQP RLFTMDLNVV EHKVFYTELL NLCEAEDSAL TKLPCYKSLP SLVPLRIAAL NALAACNYLP QSREKIIAAL FKALNSTNSE LQEAGEACMR KFLEGATIEV DQIHTHMRPL LMMLGDYRSL TLNVVNRLTS VTRLFPNSFN DKFCDQMMQH LRKWMEVVVI THKGGQRSDG NESISECGRC PLSPFCQFEE MKICSAIINL FHLIPAAPQT LVKPLLEVVM KTERAMLIEA GSPFREPLIK FLTRHPSQTV ELFMMEATLN DPQWSRMFMS FLKHKDARPL RDVLAANPNR FITLLLPGGA QTAVRPGSPS TSTMRLDLQF QAIKIISIIV KNDDSWLASQ HSLVSQLRRV WVSENFQERH RKENMAATNW KEPKLLAYCL LNYCKRNYGD IELLFQLLRA FTGRFLCNMT FLKEYMEEEI PKNYSIAQKR ALFFRFVDFN DPNFGDELKA KVLQHILNPA FLYSFEKGEG EQLLGPPNPE GDNPESITSV FITKVLDPEK QADMLDSLRI YLLQYATLLV EHAPHHIHDN NKNRNSKLRR LMTFAWPCLL SKACVDPACK YSGHLLLAHI IAKFAIHKKI VLQVFHSLLK AHAMEARAIV RQAMAILTPA VPARMEDGHQ MLTHWTRKII VEEGHTVPQL VHILHLIVQH FKVYYPVRHH LVQHMVSAMQ RLGFTPSVTI EQRRLAVDLS EVVIKWELQR IKDQQPDSDM DPNSSGEGVN SVSSSIKRGL SVDSAQEVKR FRTATGAISA VFGRSQSLPG ADSLLAKPID KQHTDTVVNF LIRVACQVND NTNTAGSPGE VLSRRCVNLL KTALRPDMWP KSELKLQWFD KLLMTVEQPN QVNYGNICTG LEVLSFLLTV LQSPAILSSF KPLQRGIAAC MTCGNTKVLR AVHSLLSRLM SIFPTEPSTS SVASKYEELE CLYAAVGKVI YEGLTNYEKA TNANPSQLFG TLMILKSACS NNPSYIDRLI SVFMRSLQKM VREHLNPQAA SGSTEATSGT SELVMLSLEL VKTRLAVMSM EMRKNFIQAI LTSLIEKSPD AKILRAVVKI VEEWVKNNSP MAANQTPTLR EKSILLVKMM TYIEKRFPED LELNAQFLDL VNYVYRDETL SGSELTAKLE PAFLSGLRCA QPLIRAKFFE VFDNSMKRRV YERLLYVTCS QNWEAMGNHF WIKQCIELLL AVCEKSTPIG TSCQGAMLPS ITNVINLADS HDRAAFAMVT HVKQEPRERE NSESKEEDVE IDIELAPGDQ TSTPKTKELS EKDIGNQLHM LTNRHDKFLD TLREVKTGAL LSAFVQLCHI STTLAEKTWV QLFPRLWKIL SDRQQHALAG EISPFLCSGS HQVQRDCQPS ALNCFVEAMS QCVPPIPIRP CVLKYLGKTH NLWFRSTLML EHQAFEKGLS LQIKPKQTTE FYEQESITPP QQEILDSLAE LYSLLQEEDM WAGLWQKRCK YSETATAIAY EQHGFFEQAQ ESYEKAMDKA KKEHERSNAS PAIFPEYQLW EDHWIRCSKE LNQWEALTEY GQSKGHINPY LVLECAWRVS NWTAMKEALV QVEVSCPKEM AWKVNMYRGY LAICHPEEQQ LSFIERLVEM ASSLAIREWR RLPHVVSHVH TPLLQAAQQI IELQEAAQIN AGLQPTNLGR NNSLHDMKTV VKTWRNRLPI VSDDLSHWSS IFMWRQHHYQ GKPTWSGMHS SSIVTAYENS SQHDPSSNNA MLGVHASASA IIQYGKIARK QGLVNVALDI LSRIHTIPTV PIVDCFQKIR QQVKCYLQLA GVMGKNECMQ GLEVIESTNL KYFTKEMTAE FYALKGMFLA QINKSEEANK AFSAAVQMHD VLVKAWAMWG DYLENIFVKE RQLHLGVSAI TCYLHACRHQ NESKSRKYLA KVLWLLSFDD DKNTLADAVD KYCIGVPPIQ WLAWIPQLLT CLVGSEGKLL LNLISQVGRV YPQAVYFPIR TLYLTLKIEQ RERYKSDPGP IRATAPMWRC SRIMHMQREL HPTLLSSLEG IVDQMVWFRE NWHEEVLRQL QQGLAKCYSV AFEKSGAVSD AKITPHTLNF VKKLVSTFGV GLENVSNVST MFSSAASESL ARRAQATAQD PVFQKLKGQF TTDFDFSVPG SMKLHNLISK LKKWIKILEA KTKQLPKFFL IEEKCRFLSN FSAQTAEVEI PGEFLMPKPT HYYIKIARFM PRVEIVQKHN TAARRLYIRG HNGKIYPYLV MNDACLTESR REERVLQLLR LLNPCLEKRK ETTKRHLFFT VPRVVAVSPQ MRLVEDNPSS LSLVEIYKQR CAKKGIEHDN PISRYYDRLA TVQARGTQAS HQVLRDILKE VQSNMVPRSM LKEWALHTFP NATDYWTFRK MFTIQLALIG FAEFVLHLNR LNPEMLQIAQ DTGKLNVAYF RFDINDATGD LDANRPVPFR LTPNISEFLT TIGVSGPLTA SMIAVARCFA QPNFKVDGIL KTVLRDEIIA WHKKTQEDTS SPLSAAGQPE NMDSQQLVSL VQKAVTAIMT RLHNLAQFEG GESKVNTLVA AANSLDNLCR MDPAWHPWL UniProtKB: Transformation/transcription domain-associated protein |
-分子 #2: EP400
分子 | 名称: EP400 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MHHGTGPQNV QHQLQRSRAC PGSEGEEQPA HPNPPPSPAA PFAPSASPSA PQSPSYQIQQ LMNRSPATGQ NVNITLQSVG PVVGGNQQIT LAPLPLPSPT SPGFQFSAQP RRFEHGSPSY IQVTSPLSQQ VQTQSPTQPS PGPGQALQNV RAGAPGPGLG LCSSSPTGGF ...文字列: MHHGTGPQNV QHQLQRSRAC PGSEGEEQPA HPNPPPSPAA PFAPSASPSA PQSPSYQIQQ LMNRSPATGQ NVNITLQSVG PVVGGNQQIT LAPLPLPSPT SPGFQFSAQP RRFEHGSPSY IQVTSPLSQQ VQTQSPTQPS PGPGQALQNV RAGAPGPGLG LCSSSPTGGF VDASVLVRQI SLSPSSGGHF VFQDGSGLTQ IAQGAQVQLQ HPGTPITVRE RRPSQPHTQS GGTIHHLGPQ SPAAAGGAGL QPLASPSHIT TANLPPQISS IIQGQLVQQQ QVLQGPPLPR PLGFERTPGV LLPGAGGAAG FGMTSPPPPT SPSRTAVPPG LSSLPLTSVG NTGMKKVPKK LEEIPPASPE MAQMRKQCLD YHYQEMQALK EVFKEYLIEL FFLQHFQGNM MDFLAFKKKH YAPLQAYLRQ NDLDIEEEEE EEEEEEEKSE VINDEVKVVT GKDGQTGTPV AIATQLPPKV SAAFSSQQQP FQQALAGSLV AGAGSTVETD LFKRQQAMPS TGMAEQSKRP RLEVGHQGVV FQHPGADAGV PLQQLMPTAQ GGMPPTPQAA QLAGQRQSQQ QYDPSTGPPV QNAASLHTPL PQLPGRLPPA GVPTAALSSA LQFAQQPQVV EAQTQLQIPV KTQQPNVPIP APPSSQLPIP PSQPAQLALH VPTPGKVQVQ ASQLSSLPQM VASTRLPVDP APPCPRPLPT SSTSSLAPVS GSGPGPSPAR SSPVNRPSSA TNKALSPVTS RTPGVVASAP TKPQSPAQNA TSSQDSSQDT LTEQITLENQ VHQRIAELRK AGLWSQRRLP KLQEAPRPKS HWDYLLEEMQ WMATDFAQER RWKVAAAKKL VRTVVRHHEE KQLREERGKK EEQSRLRRIA ASTAREIECF WSNIEQVVEI KLRVELEEKR KKALNLQKVS RRGKELRPKG FDALQESSLD SGMSGRKRKA SISLTDDEVD DEEETIEEEE ANEGVVDHQT ELSNLAKEAE LPLLDLMKLY EGAFLPSSQW PRPKPDGEDT SGEEDADDCP GDRESRKDLV LIDSLFIMDQ FKAAERMNIG KPNAKDIADV TAVAEAILPK GSARVTTSVK FNAPSLLYGA LRDYQKIGLD WLAKLYRKNL NGILADEAGL GKTVQIIAFF AHLACNEGNW GPHLVVVRSC NILKWELELK RWCPGLKILS YIGSHRELKA KRQEWAEPNS FHVCITSYTQ FFRGLTAFTR VRWKCLVIDE MQRVKGMTER HWEAVFTLQS QQRLLLIDSP LHNTFLELWT MVHFLVPGIS RPYLSSPLRA PSEESQDYYH KVVIRLHRVT QPFILRRTKR DVEKQLTKKY EHVLKCRLSN RQKALYEDVI LQPGTQEALK SGHFVNVLSI LVRLQRICNH PGLVEPRHPG SSYVAGPLEY PSASLILKAL ERDFWKEADL SMFDLIGLEN KITRHEAELL SKKKIPRKLM EEISTSAAPA ARPAAAKLKA SRLFQPVQYG QKPEGRTVAF PSTHPPRTAA PTTASAAPQG PLRGRPPIAT FSANPEAKAA AAPFQTSQAS ASAPRHQPAS ASSTAASPAH PAKLRAQTTA QASTPGQPPP QPQAPSHAAG QSALPQRLVL PSQAQARLPS GEVVKIAQLA SITGPQSRVA QPETPVTLQF QGSKFTLSHS QLRQLTAGQP LQLQGSVLQI VSAPGQPYLR APGPVVMQTV SQAGAVHGAL GSKPPAGGPS PAPLTPQVGV PGRVAVNALA VGEPGTASKP ASPIGGPTQE EKTRLLKERL DQIYLVNERR CSQAPVYGRD LLRICALPSH GRVQWRGSLD GRRGKEAGPA HSYTSSSESP SELMLTLCRC GESLQDVIDR VAFVIPPVVA APPSLRVPRP PPLYSHRMRI LRQGLREHAA PYFQQLRQTT APRLLQFPEL RLVQFDSGKL EALAILLQKL KSEGRRVLIL SQMILMLDIL EMFLNFHYLT YVRIDENASS EQRQELMRSF NRDRRIFCAI LSTHSRTTGI NLVEADTVVF YDNDLNPVMD AKAQEWCDRI GRCKDIHIYR LVSGNSIEEK LLKNGTKDLI REVAAQGNDY SMAFLTQRTI QELFEVYSPM DDAGFPVKAE EFVVLSQEPS VTETIAPKIA RPFIEALKSI EYLEEDAQKS AQEGVLGPHT DALSSDSENM PCDEEPSQLE ELADFMEQLT PIEKYALNYL ELFHTSIEQE KERNSEDAVM TAVRAWEFWN LKTLQEREAR LRLEQEEAEL LTYTREDAYS MEYVYEDVDG QTEVMPLWTP PTPPQDDSDI YLDSVMCLMY EATPIPEAKL PPVYVRKERK RHKTDPSAAG RKKKQRHGEA VVPPRSLFDR ATPGLLKIRR EGKEQKKNIL LKQQVPFAKP LPTFAKPTAE PGQDNPEWLI SEDWALLQAV KQLLELPLNL TIVSPAHTPN WDLVSDVVNS CSRIYRSSKQ CRNRYENVII PREEGKSKNN RPLRTSQIYA QDENATHTQL YTSHFDLMKM TAGKRSPPIK PLLGMNPFQK NPKHASVLAE SGINYDKPLP PIQVASLRAE RIAKEKKALA DQQKAQQPAV AQPPPPQPQP PPPPQQPPPP LPQPQAAGSQ PPAGPPAVQP QPQPQPQTQP QPVQAPAKAQ PAITTGGSAA VLAGTIKTSV TGTSMPTGAV SGNVIVNTIA GVPAATFQSI NKRLASPVAP GALTTPGGSA PAQVVHTQPP PRAVGSPATA TPDLVSMATT QGVRAVTSVT ASAVVTTNLT PVQTPARSLV PQVSQATGVQ LPGKTITPAH FQLLRQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQTTTTSQ VQVPQIQGQA QSPAQIKAVG KLTPEHLIKM QKQKLQMPPQ PPPPQAQSAP PQPTAQVQVQ TSQPPQQQSP QLTTVTAPRP GALLTGTTVA NLQVARLTRV PTSQLQAQGQ MQTQAPQPAQ VALAKPPVVS VPAAVVSSPG VTTLPMNVAG ISVAIGQPQK AAGQTVVAQP VHMQQLLKLK QQAVQQQKAI QPQAAQGPAA VQQKITAQQI TTPGAQQKVA YAAQPALKTQ FLTTPISQAQ KLAGAQQVQT QIQVAKLPQV VQQQTPVASI QQVASASQQA SPQTVALTQA TAAGQQVQMI PAVTATAQVV QQKLIQQQVV TTASAPLQTP GAPNPAQVPA SSDSPSQQPK LQMRVPAVRL KTPTKPPCQ UniProtKB: E1A-binding protein p400 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |