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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1813 | |||||||||
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タイトル | Structural Comparison of HIV-1 Envelope Spikes with and without the V1V2 Loop. | |||||||||
![]() | This is the map of the envelope glycoprotein of HIV-1. | |||||||||
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![]() | Virus envelope. | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å | |||||||||
![]() | Hu G / Liu J / Taylor KA / Roux KH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural comparison of HIV-1 envelope spikes with and without the V1/V2 loop. 著者: Guiqing Hu / Jun Liu / Kenneth A Taylor / Kenneth H Roux / ![]() 要旨: We have used cryoelectron tomography of vitreous-ice-embedded HIV-1 virions to compare the envelope (Env) spikes of a wild-type strain with those of a mutant strain in which the V1/V2 loop has been ...We have used cryoelectron tomography of vitreous-ice-embedded HIV-1 virions to compare the envelope (Env) spikes of a wild-type strain with those of a mutant strain in which the V1/V2 loop has been deleted. Deletion of V1/V2 results in a spike with far more structural heterogeneity than is observed in the wild type, likely reflecting greatly enhanced gp120 protomer flexibility. A major difference between the two forms is a pronounced loss of mass from the "peak" of the native Env spike. The apparent loss of contact among three gp120 protomers likely accounts for the more open structure, heterogeneity in configuration, and previous observations that broadly neutralizing epitopes and reactive sites on other structural elements are more exposed in such constructs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 215 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 91 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 186.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 185.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the map of the envelope glycoprotein of HIV-1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Envelope glycoprotein
全体 | 名称: Envelope glycoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1000: Envelope glycoprotein
超分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was ice-embedded. / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Envelope glycoprotein / 組換発現: Yes / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
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試料調製
グリッド | 詳細: Holey carbon grid |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Multi-specimen holer / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Protomo and I3 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Manual |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Manual. The fitting was conducted manually in chimera. The V3 loop is built from the V3 loop of PDB 2B4C. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Manual |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Manual. The fitting was conducted manually in chimera. The V3 loop is built from the V3 loop of PDB 2B4C. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |