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- PDB-5vsw: X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and Dk... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vsw | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA/ppGpp complex | ||||||
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![]() | transferase/dna / RNA polymerase / DksA / ppGpp / transferase-dna complex | ||||||
Function / homology | ![]() sigma factor antagonist complex / guanosine tetraphosphate binding / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...sigma factor antagonist complex / guanosine tetraphosphate binding / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / double-strand break repair / response to heat / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murakami, K.S. / Molodtsov, V. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Allosteric Effector ppGpp Potentiates the Inhibition of Transcript Initiation by DksA. Authors: Molodtsov, V. / Sineva, E. / Zhang, L. / Huang, X. / Cashel, M. / Ades, S.E. / Murakami, K.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 160.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 234.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 10 molecules ABGHCIDJEK
#1: Protein | Mass: 36558.680 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / Production host: unidentified plasmid (others) / References: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | Mass: 150820.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 Gene: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 Production host: unidentified plasmid (others) / References: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | Mass: 155366.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / Production host: unidentified plasmid (others) / References: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | Mass: 10249.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: rpoZ, b3649, JW3624 / Production host: unidentified plasmid (others) / References: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-Protein , 2 types, 3 molecules FLM
#5: Protein | Mass: 70352.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: rpoD, alt, b3067, JW3039 / Production host: unidentified plasmid (others) / References: UniProt: P00579 #6: Protein | | Mass: 17554.787 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: dksA, b0145, JW0141 / Production host: unidentified plasmid (others) / References: UniProt: P0ABS1 |
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-Non-polymers , 3 types, 10 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/G4P.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/G4P.gif)
#7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-ZN / #9: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.2 M calcium acetate, 25 % PEG400, 10 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 27, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.3→50 Å / Num. obs: 78563 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 6.8 % / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 4.3→4.37 Å / Num. unique obs: 3852 / Rpim(I) all: 0.718 / % possible all: 95.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.295→46.819 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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