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Yorodumi- PDB-5w1t: X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and Dk... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5w1t | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase and DksA complex | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / RNA polymerase / DksA | ||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor antagonist complex / guanosine tetraphosphate binding / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...sigma factor antagonist complex / guanosine tetraphosphate binding / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / double-strand break repair / response to heat / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.5 Å | ||||||
Authors | Murakami, K.S. / Molodtsov, V. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2018 Title: Allosteric Effector ppGpp Potentiates the Inhibition of Transcript Initiation by DksA. Authors: Molodtsov, V. / Sineva, E. / Zhang, L. / Huang, X. / Cashel, M. / Ades, S.E. / Murakami, K.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5w1t.cif.gz | 2.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5w1t.ent.gz | 2.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5w1t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/5w1t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5vswC 5w1sC 4yg2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 3 types, 8 molecules ABGHCIDJ
#1: Protein | Mass: 36558.680 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | Mass: 150820.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 Gene: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | Mass: 155366.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase |
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-Protein , 3 types, 6 molecules EKFLMN
#4: Protein | Mass: 10249.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0A800 #5: Protein | Mass: 70352.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoD, alt, b3067, JW3039 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00579 #6: Protein | Mass: 17554.787 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: dksA, b0145, JW0141 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0ABS1 |
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-Non-polymers , 2 types, 8 molecules
#7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-ZN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CA-ACETATE, 15% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.5→50 Å / Num. obs: 70723 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 16.6 |
Reflection shell | Resolution: 4.5→4.58 Å / Redundancy: 5.7 % / Num. unique obs: 3518 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.776 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YG2 Resolution: 4.5→47.081 Å / SU ML: 0.62 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.5→47.081 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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