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- EMDB-1801: Single particle cryo-electron microscopy analysis of unliganded H... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1801
タイトルSingle particle cryo-electron microscopy analysis of unliganded HIV-1 Env
マップデータThis is an image of a surface rendered unliganded HIV-1 Env
試料
  • 試料: Unliganded HIV-1 Env
  • タンパク質・ペプチド: gp160deltaCTSOS
キーワードHIV-1 spike / Membrane Fusion / Structural Transition / Cryo-EM / Single Particle
機能・相同性Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Wu SR / Loving R / Lindqvist B / Hebert H / Koeck P / Sjoberg M / Garoff H
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Single-particle cryoelectron microscopy analysis reveals the HIV-1 spike as a tripod structure.
著者: Shang-Rung Wu / Robin Löving / Birgitta Lindqvist / Hans Hebert / Philip J B Koeck / Mathilda Sjöberg / Henrik Garoff /
要旨: The HIV-1 spike is a trimer of the transmembrane gp41 and the peripheral gp120 subunit pair. It is activated for virus-cell membrane fusion by binding sequentially to CD4 and to a chemokine receptor. ...The HIV-1 spike is a trimer of the transmembrane gp41 and the peripheral gp120 subunit pair. It is activated for virus-cell membrane fusion by binding sequentially to CD4 and to a chemokine receptor. Here we have studied the structural transition of the trimeric spike during the activation process. We solubilized and isolated unliganded and CD4-bound spikes from virus-like particles and used cryoelectron microscopy to reconstruct their 3D structures. In order to increase the yield and stability of the spike, we used an endodomain deleted and gp120-gp41 disulfide-linked variant. The unliganded spike displayed a hollow cage-like structure where the gp120-gp41 protomeric units formed a roof and bottom, and separated lobes and legs on the sides. The tripod structure was verified by fitting the recent atomic core structure of gp120 with intact N- and C-terminal ends into the spike density map. This defined the lobe as gp120 core, showed that the legs contained the polypeptide termini, and suggested the deleted variable loops V1/V2 and V3 to occupy the roof and gp41 the bottom. CD4 binding shifted the roof density peripherally and condensed the bottom density centrally. Fitting with a V3 containing gp120 core suggested that the V1/V2 loops in the roof were displaced laterally and the V3 lifted up, while the core and leg were kept in place. The loop displacements probably prepared the spike for coreceptor interaction and roof opening so that a new fusion-active gp41 structure, assembled at the center of the cage bottom, could reach the target membrane.
履歴
登録2010年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年10月8日-
マップ公開2010年10月29日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_1801.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of a surface rendered unliganded HIV-1 Env
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.5 Å/pix.
x 72 pix.
= 252. Å		3.5 Å/pix.
x 72 pix.
= 252. Å		3.5 Å/pix.
x 72 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.8 / ムービー #1: 2.8
最小 - 最大-4.92636 - 7.24269
平均 (標準偏差)0.0606024 (±1.00079)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 252 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-4.9267.2430.061

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Unliganded HIV-1 Env

全体名称: Unliganded HIV-1 Env
要素
  • 試料: Unliganded HIV-1 Env
  • タンパク質・ペプチド: gp160deltaCTSOS

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超分子 #1000: Unliganded HIV-1 Env

超分子名称: Unliganded HIV-1 Env / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Trimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 550 KDa / 理論値: 420 KDa / 手法: Blue Native PAGE

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分子 #1: gp160deltaCTSOS

分子名称: gp160deltaCTSOS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HIV-1 Env / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: JR-FL / 別称: HIV-1
分子量実験値: 550 KDa / 理論値: 420 KDa
組換発現生物種: 293T / 組換プラスミド: p C AGGS JRFL 160deltaCTSOS
配列GO: viral envelope
InterPro: Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1.8 mM CaCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No stain was applied
グリッド詳細: 200 mesh Cu Holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
温度最低: 93 K / 最高: 96 K / 平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using online FFT
Legacy - Electron beam tilt params: No Tilt
日付2008年11月18日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.5 µm / 実像数: 148 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 43300
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each Digitized Image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 11213
最終 2次元分類クラス数: 131

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3jwd


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: O
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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