+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1770 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 30S-002mRNA (after classification) | |||||||||
マップデータ | 30S-002mRNA (after classification) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Julian P / Milon P / Agirrezabala X / Lasso G / Gil D / Rodnina MV / Valle M | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2011 タイトル: The Cryo-EM structure of a complete 30S translation initiation complex from Escherichia coli. 著者: Patricia Julián / Pohl Milon / Xabier Agirrezabala / Gorka Lasso / David Gil / Marina V Rodnina / Mikel Valle / 要旨: Formation of the 30S initiation complex (30S IC) is an important checkpoint in regulation of gene expression. The selection of mRNA, correct start codon, and the initiator fMet-tRNA(fMet) requires ...Formation of the 30S initiation complex (30S IC) is an important checkpoint in regulation of gene expression. The selection of mRNA, correct start codon, and the initiator fMet-tRNA(fMet) requires the presence of three initiation factors (IF1, IF2, IF3) of which IF3 and IF1 control the fidelity of the process, while IF2 recruits fMet-tRNA(fMet). Here we present a cryo-EM reconstruction of the complete 30S IC, containing mRNA, fMet-tRNA(fMet), IF1, IF2, and IF3. In the 30S IC, IF2 contacts IF1, the 30S subunit shoulder, and the CCA end of fMet-tRNA(fMet), which occupies a novel P/I position (P/I1). The N-terminal domain of IF3 contacts the tRNA, whereas the C-terminal domain is bound to the platform of the 30S subunit. Binding of initiation factors and fMet-tRNA(fMet) induces a rotation of the head relative to the body of the 30S subunit, which is likely to prevail through 50S subunit joining until GTP hydrolysis and dissociation of IF2 take place. The structure provides insights into the mechanism of mRNA selection during translation initiation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1770.map.gz | 7.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1770-v30.xml emd-1770.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1770.tif | 3.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1770 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1770 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1770_validation.pdf.gz | 208.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1770_full_validation.pdf.gz | 207.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1770_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1770 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1770 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 30S-002mRNA (after classification) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 30S.mRNA complex
全体 | 名称: 30S.mRNA complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: 30S.mRNA complex
超分子 | 名称: 30S.mRNA complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
---|
-超分子 #1: Ribosome
超分子 | 名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: mRNA
分子 | 名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, and 7 mM MgCl2 |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo_EM |
グリッド | 詳細: Quantifoil grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
---|---|
撮影 | デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Cryo Specimen Holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spire / 使用した粒子像数: 48000 |
---|---|
最終 2次元分類 | クラス数: 2 |