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- EMDB-17592: Sub-tomogram average of the open conformation of the Nap adhesion... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17592
タイトルSub-tomogram average of the open conformation of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium.
マップデータ
試料
  • 細胞: Mildly lysed M. genitalium cells
    • タンパク質・ペプチド: Mgp-operon protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Adhesin P1
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: PHOSPHATE IONリン酸塩
  • リガンド: water水
キーワードAdhesion (接着) / Mycoplasma genitalium (マイコプラズマ・ジェニタリウム) / CELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to microvasculature / 細胞接着 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Adhesin P1, C-terminal domain / Adhesin P1, N-terminal / Adhesin P1 / Mycoplasma adhesin P1, C-terminal / Mycoplasma adhesin P1, N-terminal / MgpC adhesin / Mgp-operon protein 3, C-terminal domain / MgpC adhesin / MGP3 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesin P1 / Mgp-operon protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Sprankel L / Scheffer MP / Frangakis AF
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)GRK 2566/1 ドイツ
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron tomography reveals the binding and release states of the major adhesion complex from Mycoplasma genitalium.
著者: Lasse Sprankel / Margot P Scheffer / Sina Manger / Utz H Ermel / Achilleas S Frangakis /
要旨: The nap particle is an immunogenic surface adhesion complex from Mycoplasma genitalium. It is essential for motility and responsible for binding sialylated oligosaccharides on the surface of the host ...The nap particle is an immunogenic surface adhesion complex from Mycoplasma genitalium. It is essential for motility and responsible for binding sialylated oligosaccharides on the surface of the host cell. The nap particle is composed of two P140-P110 heterodimers, the structure of which was recently solved. However, the interpretation of the mechanism by which the mycoplasma cells orchestrate adhesion remained challenging. Here, we provide cryo-electron tomography structures at ~11 Å resolution, which allow for the distinction between the bound and released state of the nap particle, displaying the in vivo conformational states. Fitting of the atomically resolved structures reveals that bound sialylated oligosaccharides are stabilized by both P110 and P140. Movement of the stalk domains allows for the transfer of conformational changes from the interior of the cell to the binding pocket, thus having the capability of an active release process. It is likely that the same mechanism can be transferred to other Mycoplasma species that belong to the pneumoniae cluster.
履歴
登録2023年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17592.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17592.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.000229
最小 - 最大-0.0006011666 - 0.000952682
平均 (標準偏差)0.00000514689 (±0.00009559006)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17592_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17592_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17592_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mildly lysed M. genitalium cells

全体名称: Mildly lysed M. genitalium cells
要素
  • 細胞: Mildly lysed M. genitalium cells
    • タンパク質・ペプチド: Mgp-operon protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Adhesin P1
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: PHOSPHATE IONリン酸塩
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Mildly lysed M. genitalium cells

超分子名称: Mildly lysed M. genitalium cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)

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分子 #1: Mgp-operon protein 3

分子名称: Mgp-operon protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)
分子量理論値: 114.553211 KDa
配列文字列: MKTMRKQIYK KAYWLLLPFL PLALANTFLV KEDSKNVTAY TPFATPITDS KSDLVSLAQL DSSYQIADQT IHNTNLFVLF KSRDVKVKY ESSGSNNISF DSTSQGEKPS YVVEFTNSTN IGIKWTMVKK YQLDVPNVSS DMNQVLKNLI LEQPLTKYTL N SSLAKEKG ...文字列:
MKTMRKQIYK KAYWLLLPFL PLALANTFLV KEDSKNVTAY TPFATPITDS KSDLVSLAQL DSSYQIADQT IHNTNLFVLF KSRDVKVKY ESSGSNNISF DSTSQGEKPS YVVEFTNSTN IGIKWTMVKK YQLDVPNVSS DMNQVLKNLI LEQPLTKYTL N SSLAKEKG KTQREVHLGS GQANQWTSQR NQHDLNNNPS PNASTGFKLT TGNAYRKLSE SWPIYEPIDG TKQGKGKDSS GW SSTEENE AKNDAPSVSG GGSSSGTFNK YLNTKQALES IGILFDDQTP RNVITQLYYA STSKLAVTNN HIVVMGNSFL PSM WYWVVE RSAQENASNK PTWFANTNLD WGEDKQKQFV ENQLGYKETT STNSHNFHSK SFTQPAYLIS GIDSVNDQII FSGF KAGSV GYDSSSSSSS SSSSSTKDQA LAWSTTTSLD SKTGYKDLVT NDTGLNGPIN GSFSIQDTFS FVVPYSGNHT NNGTT GPIK TAYPVKKDQK STVKINSLIN ATPLNSYGDE GIGVFDALGL NYNFKSNQER LPSRTDQIFV YGIVSPNELR SAKSSA DST GSDTKVNWSN TQSRYLPVPY NYSEGIIDAD GFKRPENRGA SVTTFSGLKS IAPDGFANSI ANFSVGLKAG IDPNPVM SG KKANYGAVVL TRGGVVRLNF NPGNDSLLST TDNNIAPISF SFTPFTAAES AVDLTTFKEV TYNQESGLWS YIFDSSLK P SHDGKQTPVT DNMGFSVITV SRTGIELNQD QATTTLDVAP SALAVQSGIQ STTQTLTGVL PLSEEFSAVI AKDSDQNKI DIYKNNNGLF EIDTQLSNSV ATNNGGLAPS YTENRVDAWG KVEFADNSVL QARNLVDKTV DEIINTPEIL NSFFRFTPAF EDQKATLVA TKQSDTSLSV SPRIQFLDGN FYDLNSTIAG VPLNIGFPSR VFAGFAALPA WVIPVSVGSS VGILFILLVL G LGIGIPMY RVRKLQDASF VNVFKKVDTL TTAVGSVYKK IITQTGVVKK APSALKAANP SVKKPAAFLK PPVQPPSKPE GE QKAVEVK SEETKS

UniProtKB: Mgp-operon protein 3

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分子 #2: Adhesin P1

分子名称: Adhesin P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides genitalium G37 (バクテリア)
分子量理論値: 159.809297 KDa
配列文字列: MHQPKKRLAK KSWAFLTAAL TLGVITGVGG YFLFNQNKQR SSVSNFAYQP KQLSVKHQQA VDETLTPWTW NNNNFSSLKI TGENPGSFG LVRSQNDNLN ISSVTKNSSD DNLKYLNAVE KYLDGQQNFA IRRYDNNGRA LYDINLAKME NPSTVQRGLN G EPIFDPFK ...文字列:
MHQPKKRLAK KSWAFLTAAL TLGVITGVGG YFLFNQNKQR SSVSNFAYQP KQLSVKHQQA VDETLTPWTW NNNNFSSLKI TGENPGSFG LVRSQNDNLN ISSVTKNSSD DNLKYLNAVE KYLDGQQNFA IRRYDNNGRA LYDINLAKME NPSTVQRGLN G EPIFDPFK GFGLTGNAPT DWNEIKGKVP VEVVQSPHSP NLYFVLLVPK VALEYHNLNN QVVKESLEVK ATQSSFNPTQ RL QKDSPVK DSSKQGEKLS ETTASSMSSG MATSTRAKAL KVEVERGSQS DSLLKNDFAK KPLKHKNSSG EVKLEAEKEF TEA WKPLLT TDQIAREKGM GATVVSFYDA PYSENHTAFG LVDHIDPKKM VENYPPSWKT PKWNHHGIWD YNARNLLLQT TGFF NPRRH PEWFDEGQAK ADNTSPGFKV GDTDHKKDGF KKNSSSPIAL PFEAYFANIG NMVAIGNSVF IFGGNGHATK MFTTN PLSI GVFRIKYTDN FSKSSVTGWP YAVLFGGLIN PQTNGLKDLP LGTNRWFEYV PRMAVSGVKW VGNQLVLAGT LTMGDT ATV PRLKYDQLEK HLNLVAQGQG LLREDLQIFT PYGWANRPDI PVGAWLQDEM GSKFGPHYFL NNPDIQDNVN NDTVEAL IS SYKNTDKLKH VYPYRYSGLY AWQLFNWSNK LTNTPLSANF VNENSYAPNS LFAAILNEDL LTGLSDKIFY GKENEFAE N EADRFNQLLS LNPNPNTNWA RYLNVVQRFT TGPNLDSSTF DQFLDFLPWI GNGKPFSNSP SPSTSASSST PLPTFSNIN VGVKSMITQH LNKENTRWVF IPNFSPDIWT GAGYRVQSAN QKNGIPFEQV KPSNNSTPFD PNSDDNKVTP SGGSSKPTTY PALPNSISP TSDWINALTF TNKNNPQRNQ LLLRSLLGTI PVLINKSGDS NDQFNKDSEQ KWDKTETNEG NLPGFGEVNG L YNAALLHT YGFFGTNTNS TDPKIGFKAD SSSSSSSTLV GSGLNWTSQD VGNLVVINDT SFGFQLGGWF ITFTDFIRPR TG YLGITLS SLQDQTIIWA DQPWTSFKGS YLDSDGTPKS LWDPTALKSL PNSSTTYDTN PTLSPSFQLY QPNKVKAYQT TNT YNKLIE PVDATSAATN MTSLLKLLTT KNIKAKLGKG TASSQGNNNG GGVSQTINTI TTTGNISEGL KEETSIQAET LKKF FDSKQ NNKSEIGIGD STFTKMDGKL TGVVSTPLVN LINGQGATSD SDTEKISFKP GNQIDFNRLF TLPVTELFDP NTMFV YDQY VPLLVNLPSG FDQASIRLKV ISYSVENQTL GVRLEFKDPQ TQQFIPVLNA SSTGPQTVFQ PFNQWADYVL PLIVTV PIV VIILSVTLGL TIGIPMHRNK KALQAGFDLS NKKVDVLTKA VGSVFKEIIN RTGISNAPKK LKQATPTKPT PKTPPKP PV KQ

UniProtKB: Adhesin P1

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #5: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 99 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Mildy lysed M. genitalium cells

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 420 / 使用した粒子像数: 36720
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 9689
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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